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集团总部对价值创造活动的影响主要经由组织、战略、业务和财务等途径实现的。如何发挥大集团公司总部的价值创造功能，减少破坏的作用，成为集团总部持久研究的命题。追源集团公司的存在，无非是通过组织的变化来发挥更高的价值创造功能。从投资者的眼光来看，如果所耗用的成本大于创造的价值，那么总部的设立是不成功的，不经济的，是失败的投资行为，即集团的总体价值被破坏。破坏价值的典型表现为决策失误、管理失控、名不副实、治理不全以及评判不公等五大方面。
一、集团总部决策失误
总部对价值最严重的破坏莫过于决策失误。总部战略决策失误,导致集团战略偏离方向,下属分子公司不知所措,对于整体发展把握不定,造成整个集团巨大的资源浪费；总部投资决策失误,产业布局优势得不到发挥,造成集团资金的整体优势发挥欠佳；总部人才决策失误,轻则人才流失,重则其中所涉产业板块全军覆灭；总部营销公关决策失误，轻则造成集团人脉资源的浪费，重则很多项目的推进将受到严重的制约。
二、集团总部管理失控
集团组织结构不规范，公司治理存在缺陷，经营和管理职能不明，这些集而不团的现象往往导致企业集团资源分散，进而削减集团的价值基础。管理失控，导致下属分子公司各行其是，成为一个个小诸侯，整体战斗力极差。正如很多地方为了产业的整合，人为的将很多类似小企业进行整合，形成一个大企业，但是管理基本没有，只要上缴相应的管理费用即可。
三、集团总部名不副实
总部优势、资源与行业特点不匹配，在多元化业务的企业集团中表现最为突出。由于总部往往对各业务单位的经营活动直接或间接施加影响，因此总部能否对下属业务单位提供必要的技术支持及内行管理就十分关键，一旦出现跨行业领导的情况，整个集团的价值就会被破坏。严重者造成下属公司对总部的严重鄙视，认为只是总部只是耀武扬威的幌子而已。
四、集团总部治理不全
集团企业在发展过程中普遍存在内部多级法人的问题，法人治理结构混乱，关系复杂。曾经问过几十家集团公司老总，没有一个集团企业老总明确知道-爱华网-下属企业的数目，有些甚至相差很远。一般集团公司的多层代理管理机制，导致每个管理层对自己所属的权限范围纷纷想设立相应的小金库，但是风险很大，于是，就以设置相应的三产来替代，久而久之，就形成了下属子公司，加之又有管理层的投资，做的很多是公司的关联交易。
五、集团总部评判不公
大多数集团总部并不直接面向产品市场从事经营活动，对下属业务单位的业绩考核往往注重年度投资回报和利润实现等近期功利性指标，而对市场份额、销售额等企业赖以生存的长期指标视而不见，这样很可能削弱下属企业在市场中的竞争力，损害企业的长期价值。虽然央企在不同层面推行EVA，但很大程度是隔靴搔痒，很难见多大实效。
