爱华网在要不要自己做电商的问题上，并不是每一家银行都愿意如此旗帜鲜明的投入。 遑论上线准备时间，如善融商务前期筹备近一年，更重要的还是运行之后对整个银行体系带来的全新挑战。不少电子银行部的负责人就私下告诉记者，银行做电子商务的想法之前大家都很难接受，毕竟此前电子银行部门只是作为渠道，而现在工作量很大。 抛开部门之间的协调，做电商需要把资金流、信息流、物流，包括企业内部的运作流程整合到一起，财务、采购、营销、销售和供应链管理，全部整合到一个平台上来，这已经不仅是资金投入和人力投入，更重要的是对银行传统业务模式的改变。 据了解，善融商务所有的功能开发和运营管理都由总行主导，包括与银联、第三方公司的合作以及系统的搭建等，分行作为使用者和接入者；所有产品和服务的设计需要调动电子银行研发中心，而后台的运营和维护则由电子银行业务中心负责，而两个部门则分居不同的城市；而在各级分行内部，各个部门之间也需要相互联动，比如客户营销和技术支持由电子银行部负责，并计入绩效考核；而后期的金融服务则由相关部门跟进实施。 显然，这对银行各部门之间的协同要求更强：在面对客户营销的时候，一方面涉及电商，另一方面涉及金融，这也需要专业化的团队来合作推进。有建行分行长就告诉记者，在分行层面，电子银行部、公司部和经办行的客户经理都会一起参与，共同提供服务方案。
但如此纵横交错的合作网络并不容易理顺。例如，某分行从客户端了解到改进意见，交由后台运营人员改善，运营人员要找到研发中心，开发出相应的功能，再通过总行电子银行部进行IT系统改进。“这涉及很多部门协调，需要长时间的磨合。” 挑战或许才刚刚开始。“一个电商如果是公司化运作应该更顺畅，但是银行内部就会有多部门协同工作和部门利益梳理的问题。”某银行电子银行负责人就表示，对银行来说，这个问题显得非常重要，未来银行或许需要单独成立公司运作电商。 这也是银行系电商必须要面对的；而从另一方面来看，目前银行成千上万家的网点也为其带来了传统电商所难以匹配的客户营销网络，如果能够有效借力这个优势，拥有庞大客户资源和充裕资本的银行系电商前景将不可限量。因此，毫无疑问，谁更好地解决了这个部门协同的问题，谁将可能在电商大战中胜出。 而先行试水的善融商务也还有更多的难题待解：比如，未来龙卡商城也要整合到善融商务的整体业务中，网上融资的E评级也需要系统建设的支持，更重要的，各部门之间在协同作战的同时，快速响应的机制也有待完善。
