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首先，由于产品变得越来越杂，单个设计人员甚至一个小组已不能有效地进行设计，加上开发项目比较多，因此，就要采用矩阵式组织结构来完成项目。一般来说，许多大公司原有的组织结构是根据不同功能来建立的。在这种情况下，组织中的人员被划分到不同功能组内，构成了矩阵组织图中的垂直栏，。然后从每个功能组中选择几个人来完成某个项目，于是构成了矩阵组织的水平栏。这种组织形式的问题之一是，项目管理者必须依赖于从各个不同部门来的人来完成项目，但对这些人却几乎无权管理。小组成员忠实于其原功能部门，因为在那里他们被考核、发酬金并得到提升。这种功能部门组织将各专业工程技术人员分开，而最显著的是把设计人员同生产人员分隔开了。
一些公司认识到功能性结构对产品和过程设计小组的工作不利，为了克服传统组织的这种弊端，他们正在试验用不同的组织机构采用多功能小组来实施并行工程进行产品开发。麦道公司把矩阵结构转动90度，这样变成了主要是根据产品来建立企业的结构，允许产品主管人员对雇员进行考核。不仅如此，有些公司还成立了一个支持部门，主要为了维持和改进全企业范围内协作过程中的水平横向联系。水平集成与过程有关，垂直集成与产品有关。
但有一些公司认为功能型组织结构并不妨碍设计工作。事实上，当子系统或元器件不是单独通过生产线时，比如当产品兼容性和零件通用性很好时，功能型机构还是有许多优点。这些公司把在传统组织机构中实施并行工程小组称为传统中的协同工作。多功能项目小组由不同功能部门的人员组成。这些小组指导并把产品和过程设计中所有技术方面集成起来，比过去项目小组有了更多的职责和权利。项目领导人掌握了更多权利，小组成员向项目领导人汇报，项目领导人再向更上一级的管理人员汇报。很显然，这种管理方式有可能引起职能部门管理人员的不满，他们会认为这是对其权利的剥夺。这是在传统组织中成功地实施并行工程小组必须克服的障碍。GDLS公司就是按功能划分部门的，M1A2坦克并行工程实施方法取得了成功。并行工程小组起的是系统集成小组的作用，小组成员也是各个产品和过程设计小组成员。在实施过程中，负责技术数据的总工程师和M1A2项目的并行工程领导都要向同一层管理人员汇报。然而该小组的教训是人们常以没有足够的政策和管理措施必须有助于在企业形成一种观念，即并行工程和全面质量管理是每一个人的工作。
