爱华网1999年10月12日，巴基斯坦总理谢里夫宣布解除穆沙拉夫的参谋长联合委员会主席等所有职务。穆沙拉夫随即宣布解散政府，成立国家安全委员会，亲自出任首席执行官。 2001年6月20日，穆沙拉夫宣布终止拉菲克·塔拉尔的总统职务，并于当天宣誓就任总统，成为巴基斯坦历史上第四位军人总统。他多次承诺，将在2002年10月大选之后将国家行政权力移交给新任总理。 2001年9月17日，美国发生“9·11”恐怖袭击事件后，穆沙拉夫表态巴基斯坦将坚定与美国站在一起，同时派遣一组高级军官前往阿富汗，要求塔利班政府交出本·拉登及其高级助手。 2001年9月20日，穆沙拉夫通过全国电视讲话再次强调，巴基斯坦将与美国联手抓捕本·拉登。 2002年1月12日，穆沙拉夫声明，巴基斯坦不会成为任何恐怖组织的基地，并且发出打击极端主义势力的号令。巴斯斯坦被美国视为反恐战争中的亲密盟友。 2002年4月6日，穆沙拉夫宣布将举行全民公决，并称自己并不是对权力饥渴的人。 2002年8月21日，穆沙拉夫提出对巴基斯坦宪法进行29处修改，这次修改赋予总统解散国民议会、任免总理、否决政府最高大法官任命等大权。 2002年9月12日，穆沙拉夫访美，表示美国攻打伊拉克的决定会激怒巴基斯坦国内及其他地区的伊斯兰极端分子，巴基斯坦不想参与到战事中。 2003年12月25日，穆沙拉夫在首都伊斯兰堡附近的拉瓦尔品第市逃过一次暗杀，这是11天中发生的第二次暗杀行动。 2006年9月，穆沙拉夫发表自传《在火线》。 2006年9月27日，大选前几个月，穆沙拉夫宣布解除巴最高法院首席大法官伊夫提哈·穆罕默德·乔杜里的职务，引起全国律师的不满，发起反对穆沙拉夫的抗议。 2007年7月10日，巴政府军强攻红色清真寺，穆沙拉夫表明政府根除毒瘤的决心，要将藏匿在寺中的恐怖分子一网打尽。 2007年7月20日，巴高等法庭推翻总统穆沙拉夫将首席大法官乔杜里撤职的决定。 2007年10月6日，穆沙拉夫在总统选举中获胜，但是反对派发起示威游行。 2007年11月3日，面对国内反对之声，穆沙拉夫宣布全国实行紧急状态，并颁布临时宪法令。 2007年11月28日，穆沙拉夫卸下军装，转型文职总统，由基亚尼接任他的军队职务。 2007年12月27日，总统候选人贝·布托在拉瓦尔品第遇刺，穆沙拉夫面临困境。 2008年2月18日，巴基斯坦举行议会选举，支持穆沙拉夫的穆斯林联盟（领袖派）落败，两大主要政党人民党和穆斯林联盟（谢里夫派）在选举中获胜。 2008年8月7日，谢里夫以及贝·布托的丈夫扎尔达里发表联合申明称，准备弹劾穆沙拉夫。 2008年8月18日，重重压力之下，穆沙拉夫宣布辞职。 ??
