爱华网2013年3月22日，中共中央组织部副部长潘立刚在北京大学宣布了中共中央、国务院的任免决定，王恩哥担任北京大学校长(副部长级)；因年龄原因，周其凤不再担任北京大学校长职务。媒体报道称：“会上，周其凤在任期内的工作得到了高度评价。” 然而，在会场之外，周其凤其人其事则备受争议。尤其是针对他在北大校长任期内的评价，可谓呈一边倒的状态：众生喧哗中鲜有佳评。 网名为“tryto”的北大学生在校园网站“三角地”论坛发帖，通过列举周其凤的三大功绩，以飘忽的网络手法论证周其凤是北大历史上最伟大的校长之一：“一是提高了青年教师待遇，留住了人才；二是将校园卡和太阳卡两卡合一；三是给学生宿舍装上了空调。”虽然这一评价似乎更适用于人力资源和后勤部门，但似乎也可视为用生活的淡定、客观的事实，表达了一个北大学子对卸任校长的看法，据说颇获同学们的认同。 而北大校友、歌手陈思思则在微博上发布了她和周其凤的合影，并盛赞周其凤是北大百余年校史上两位可以载入史册的校长之一，另一位是蔡元培。她的理由是，周其凤提出了“共享北大”，“让北大成为全国人民的北大”，在空间层面拓展了北大教育的广度，堪与倡导“兼容并包、思想自由”，在思想层面拓展了北大教育广度的蔡元培媲美。故而“无疑是北大精神的继承者、发展者、创新者！”—不得不承认，这一评价在娱乐性十足的同时，靠巨大的反差，炫耀着自我炒作的机敏。 回首往事，在不足五年的任期，周其凤成为中国公众知名度最高的大学校长，北京大学固然是重要因素，但更为关键原因却在周其凤自己身上，而基本上可以聚焦于他在任期间体现于外而总被引发热议的言行。 2011年10月，周其凤在北大校长任上，以高分子化学家的身份，做了一次歌词作者，为庆祝国际化学年写了《化学是你，化学是我》歌词，歌中唱道：“父母生下的你我，啦啦啦，是化学过程的结果；你我的消化系统，啦啦啦，是化学过程的场所……”被网友惊呼为“神曲”。 尽管有科学家从自身专业角度出发，认为歌词并非肤浅，而是有丰富化学生物学方面的科学内涵，但歌曲毕竟是艺术品，这首歌的歌词文采贫乏、缺乏美感，毫无文学性，音乐性，也是不可否认的事实。这显然暴露了周其凤这位苏式教育体制催生优秀工科生，在人文素养方面的亏欠。特别是其中周其凤的角色错乱，可见他对北大校长这一职务身份，一言一行可能给北大声誉带来的影响可能缺乏认知和尝试，无疑也折射了当下大学精神失落和高等教育品格欠缺的事实。
2011年12月24日，周其凤在长沙某中学演讲中，以美国“每一任总统都不懂得尊重人，总是把自己的意愿强加于别人”为理据，推断出“美国教育一塌糊涂”的结论。 这种攻其一点不及其余的武断说法，既没礼貌，更失风度，显然有损大学校长的名誉，尤其是其中的逻辑和常识的荒诞，更难以想象是出自一位知名化学家、科学院院士之口。周其凤自己便曾在美国接受教育而获得硕士、博士学位，据说其女儿也曾在美国留学。 周其凤出身寒微且学习刻苦，由一位农村孩子成长为学术成果斐然的化学专家，显然自有其独到的优点和长处。比如在“文革”动乱中，他躲在被窝里攻读英文版《普通化学》，可谓胆识过人。在美国获得博士学位返国时，他用私人积蓄为学校购买仪器设备，也颇合当时“无私”的主流价值观；他为人谦和亲切，竟以博导之尊、弱小之躯为学生扛行李，乃至被弟子和友人不无戏谑地称为“好人中的极品”。 甚至，从他经常引起耸动的言行，也不难看出他尚属于性情中人，至少在于在立场站稳之后善于直抒胸臆。但是，无论他的脸是朝着学生还是上级，他在陪同领导视察中满面的笑容引人瞩目；以及他在其母90大寿时惊人的一跪和一哭非议颇多。 周其凤是一个出色的高分子化学家，是一个副部级学官，他是朋友学生眼中的极品好人，也是北大校史上的迄今为止最具争议的校长。在目前的教育僵局之中，他是一出尚未谢幕的悲剧中提前退场的喜剧角色。
