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我国已经进入了一个金融创新的时代。金融创新决定一家股份制商业银行的生存和发展，同时我国商业银行的创新程度也决定着整个商业银行的生存和发展。在商业银行的各种创新中，制度创新是最基础的。以金融制度的创新作为后盾，金融制度的创新既是广义金融创新的组成部分，同时又是狭义微观金融创新的必不可少的外部条件。从长远来看，以商业银行作为创新主体的金融创新需要宽松适宜的外部环境，这就必须以金融制度的创新为后盾。但在我国最具有创新精神和创新能力的股份制商业银行的创新中，由于宏观政策和配套环境的欠缺，大都局限于原有产品的修补和改进，对制度创新难有涉及和突破，制度创新存在许多障碍和难点，严重影响了商业银行的创新能力和效能。
一、 制度进入障碍：金融创新与现行制度的矛盾。
我国商业银行的发展方向是按照现代企业制度的要求，实行规范的股份制改革，实现所有权和经营权分离，实现产权主体的多元化，真正建立银行追求利润最大化的内在机制。商业银行是稳健经营的行业，其高风险性决定了商业银行制度的稳定性。但由于我国商业银行进入壁垒较高，我国的商业银行没有真正经历市场经济优胜劣汰的洗礼，我国的商业银行制度一直沿用了计划经济的运行惯性，与市场经济体制的制度要求相去甚远。从制度进入角度看，我国股份制商业银行存在着严重的进入障碍，我国现有的股份制商业银行的股份设计基本上是以国有资本和国有资本的代表国有法人企业投资为主，即使以民营资本出现的我国第一家股份制商业银行—民生银行，国有投资也占有相当大的比例，为了稳健经营、规避风险，商业银行的有些制度规定就缺乏了一定的灵活性，金融创新与现实制度产生了矛盾，从而制约了金融创新的步伐。外资进入25%限制是必要的，但非国有成份的限制是致命的。从现代企业治理结构制度上讲, 要把商业银行办成真正的现代商业银行，就必须建立产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学为基本特征的法人治理结构、现代企业制度。从现代公司制度和资本组织的角度，股份制明显特征之一是投资主体多元化，产权清晰，出资者和经营者权责明确，所有权和经营权分离，使企业真正成为自主经营、自担风险、自主平衡、自负盈亏、自我发展的法人实体和市场竞争的主体。从一般原则讲，股权分散的商业银行运营效率和盈利水平远远超过一般股权集中的银行。实现银行所有权的分散化和多元化则是改善中国的银行公司治理结构的第一步，继而制定并实施切实可行的方案，达到最终改善银行治理结构的目的。但我国股份制商业银行在治理结构制度设计时,注意和强调了股权的分散化，但缺乏股权的多元化，这无异于把家族企业变成兄弟姐妹共同拥有，虽然比单一所有制前进了一步，但难以承担和完成现代金融企业要求的科学的公司治理结构和责任。
二、 制度设计障碍：三会职责不清，多头管理、多级经营
现代企业制度的中心是建立现代公司治理结构，其突出特征是所有权和经营权相分离，是在所有权和经营权分离的情况下，正确处理股东、董事会、经理层、债权人、职工不同的利害关系、相关者关系的一整套制度的科学的安排，以保证在利害相关者之间建立相互独立、权责明确、相互协调而且互相制约的关系，及其相应的机制来保证各自的权责关系，这样的公司治理结构是现代公司制度的核心。根据市场经济体制下的各个国家的经验，银行能否建设金融制度，能不能经营好，首先取决于是不是建立有效的公司治理结构。任何企业制度都是设计的产物，股份制的设计是股份制公司按照公司法的要求，建立股东大会，董事会，监事会和经营管理层各司其职、各负其责、权责明确、相互制约的机制，他们之间既互相独立、又互相制衡，互相协调。股东大会制定商业银行的战略决策和发展方向、模式、决定董事会、监事会的成员，董事会任免经营管理层，经营管理层行使经营权，监事会对经营管理层的经营行为实行监督，这样就形成了权力机构、决策机构、监管机构和经营管理层经营管理执行机构的制衡机制，公司治理结构中权责利都很分明，有利于进行民主的管理和科学的决策。但我国股份制商业银行的三会设计存在明显的障碍，一是职责不清，任何一家股份制商业银行的三会职责都不尽相同，都是三会之间权力博弈的结果而不是制度设计的结果；二是多头管理，董事会、党委、经营管理层不能协调运转，而是职责不清，政出多门；三是总行、分行、支行多级经营，效率低下。这就是为什么我国有些股权高度集中的金融机构的运营效率反而比股权分散的金融机构效率高，而有的股份制金融机构股权极其分散，但业绩很差的原因。另外，在股权分散的情况下，要注意防止内部人控制问题；在股权集中的情况下，要注意防止侵害小股东利益和大股东关联贷款问题。在股份制商业银行的制度设计中，三会的职责是否明确、边界是否清晰、经营管理是否符合现代企业制度的要求，是决定着商业银行发展是否良性化的制度基础，也是决定商业银行金融创新的制度基础。
