爱华网商业银行在实施矩阵管理中，将遇到不少困局，主要表现在四个方面：
困局之一，条块权利冲突加剧。矩阵结构的组织形式也造成了混乱，并隐藏着权力斗争的倾向。放弃了统一指挥原则，也就在相当程度上增加了组织的模糊性。这种混乱和模糊性反过来培植着权力斗争的种子。矩阵结构中分支行的作用定位、与众多事业部之间的隶属关系是管理流程设计的基础。在矩阵管理架构中，如果各产品事业部与区域组织结构之间的责、权、利划分合理，责、权、利三者之间联动运作到位，则有利于减轻条块权利矛盾冲突；如果各产品事业部与区域组织结构之间的责、权、利划分不合理，责、权、利三者之间不联动运作到位，则往往有可能加剧条块权利矛盾冲突。分支行组织结构设计既要维护各个事业部的领导权威，保证事业部的全国性市场战略目标、年度经营目标得到实现，又要赋予分支行必要的权力，使之能对区域内分属各产品事业群的人员、客户、产品实行有效管理，达到拓展区域细分市场的目的，真正体现矩阵式管理的优越性。然而，要达到以上要求是比较困难的。责、权、利是施行有效管理的前提，权力过度集中于事业部可能使区域机构徒有其名，缺乏内涵，发挥不出开拓区域市场应有的作用；权力过度下放，却又可能产生多个权力中心、各自为政、指挥失灵的诸侯经济弊端，影响全局目标的实现。
困局之二，管理流程构造复杂。管理流程程序化是确保矩阵式管理取得成功的关键措施。管理流程包括指令流、信息流、物流、资金流，程序化就是以文件、程序书方式明确规定涉及各流程的作业应遵从的顺序、约定、权限，告诉每个人何事该向谁负责，接受谁的领导。矩阵管理存在纵向与横向流程交叉的问题，其流程设计相当复杂。当一个人必须同时面对两个以上的直接领导时，困惑的事很多，必须加以明确。流程设计不合理，效率很低；规定不明确，办事人员往往感觉罔然，只好凭感觉做事，严重的可造成物流、资金流混乱，后果可想而知。
困局之三，纵横整合管理艰难。纵向与横向领导双方意见不统一时容易产生矛盾，发生错误不易分清责任，执行命令者容易左右为难。组织结构不稳定，纵向和横向冲突不可避免。在实施矩阵管理当中，由于商业银行业务跨度大，时空交错，业务与专业交叉，加大沟通难度。业务职能部门既要接受条条上的上级业务职能部门领导，又要接受块块上的行长和分管行长领导；员工接受产品经理和职能经理的双重领导，经常能体会到焦虑与压力。在现实经济生活中，上级业务职能部门与块块上的行长（分管行长）之间、产品经理与职能经理之间的指令往往会发生时间上的冲突，甚至是性质上的冲突。这时，双重主管的业务职能部门必须能够面对上级业务职能部门与块块上的行长（分管行长）、员工必须能够面对产品经理和职能经理的指令，形成一个综合决策来确定如何分配他的时间，合理确定完成时间顺序（时间上的冲突整合还好办）。但是，如果是性质上的冲突，在纵横整合时却非常困难，作为业务职能部门既不能不执行上级业务职能部门的指令，也不能不执行块块上的行长（分管行长）的指令。
困局之四，运营成本上升陷阱。矩阵结构在沟通方面的多环节性，往往造成内部决策和流程缓慢的情况，决策慢、流程复杂是矩阵企业所面临的一个共性问题。纵向与横向管理线条交叉的节点数增加、人员膨胀是矩阵式管理架构的一大特点。随着产品线的不断增加，事业群个数将从事业部的结构高点开始形成建制的横向扩展。由于各产品事业部在每个一级分行（二级分行、支行）都有一个节点，N个产品事业部的节点数较之单一市场事业部方式多了（N－1）倍。如果每个节点一个客户经理，客户经理人数是原来的N倍。有官必有兵，官多兵也多，人员的膨胀是必然的。
