爱华网以原国家、部门（行业）和地方所属科研院所为核心承载主体的科研体系，是国家科技创新的旧有体系；目前正在构建的以重点实验室和工程中心为核心承载主体的科研体系，是国家科技创新的新建体系。新旧体系正在更替。复斯管理咨询公司研究表明，在此更替背景下，作为旧体系下产物的科研院所，惟有实现向新型科研主体的“蜕变”、产业化公司的转型或创新发展模式才是根本出路。
一、国家新型科技创新体系正在构建
从《“十一五”国家科技基础条件平台建设实施意见》（2005年）上看，新体系的构建思路已经成熟。新体系对旧体系有利用，但不是在旧体系基础上的优化、改造，而是一套新型的“以共享机制为核心，……六大平台为主体框架的科技基础条件平台”体系。
1.1“硬体系”基本成型
实施上，目前的进展是“硬体系”（资源建设和主体构造）基本成型。除了其中的自然科技资源平台、科学数据共享平台等均在建设中外，典型表现是：已建成一批相当数量的新型科研主体，初步形成了“两阶段、两层级”的主体设置体系——按基础研究（基础及应用基础研究）和工程化研制的两阶段划分，分别设置重点实验室和工程中心两类承载主体；每类主体再按国家和部门/地方的两级分类进行管理的组织。以其中的国家级科研主体为例，包括2008年新批准的36家在内，目前共建有国家重点实验室258个，试点国家实验室6个；截至2007年底，建成并验收的国家工程中心也已有166家。
1.2“软体系”尚未到位
但是，“软体系”（运行方式和机制）尚未到位。尤其是重点实验室和工程中心等新体系下微观主体的“软管理”没有到位，包括这些主体自身的管理和在其内部运行的科研项目的管理，实践表现为：多数依托单位将其视为下属二级机构，用原管理思维和方式进行管理，新型运行方式和机制尚未形成或未在实践中得到深度运用，这些主体自身及其承接的科研项目，尚未达到新体系所要求的运行和管理状态；进而，整个体系的一些“软”要求（如设备共享、开放交流等）又因缺乏微观运行基础，多半只能停留在纸面规定上。
二、旧体系将被新体系逐步替代
新旧体系的功能类型完全一致，以各自的科研主体为例，新体系下的重点实验室功能定位为：科研、（基础和应用研究类）人才培养和专业建设；工程中心的功能定位为：研发、产业化转化和（工程技术研究类）人才培养，分别与旧体系下基础类和应用类科研院所的功能完全一致——是对旧体系具有完全替代性的一个体系。
2.1新体系的创新效率更高
功能强度上，新体系的功能更强，体现在功能目的（即创新）的可实现程度上，新体系的创新效率更高。
与旧体系相比，新体系有三大特征：其一，“公用性”而非专属性。新体系下投资形成的资源在直接所属关系上为国家或地方政府所有（表现为由负责投资和建设的代表性部门所有），而不再是为特定的科研院所专有，属社会公用性资源，使用上可由社会“共享”，依托单位与其之间只是代管关系；其二，“平台做实、人员做虚”。在科研设备等条件资源、平台管理人员和专属程度较高的科研人员（如学术带头人）上，采用实际投资和实际配置的方式。而非专属科研人员，在平台上则不作实际配置，而是根据项目需要临时聘任；其三，“项目式组织、项目式管理”。新体系下运行的科研项目，在组织上，根据需要在社会范围内聘任科研人员组建项目组；在管理上，完全以项目为管理单元进行管理，相关人员的绩效考评和收益等与项目运行情况和结果直接关联。
因此，新体系更具创新效率：（1）公用性投资，实现了条件资源建设和使用的规模经济，较之旧体系下分散投资、分散使用的模式，可达到更高的建设水平和使用效率。同时，过程中形成的数据、信息等知识性资源的积累和使用也存在同样性质的规模经济；（2）非专属科研人员社会化配置，实现了科研人员在更大范围（甚至全球）的流动和专业化分工，具体项目对所需科研人员的可获得性和质量都更高。该规模经济优势和专业分工效率，再通过“项目式组织、项目式管理”的运行和管理得以实现；（3）上述优势实现并表现出来后，会形成反馈，再次促进规模经济的加强和专业分工的扩大与深化，使新体系内含的创新效率不断提升到一个新的、更高水平。
2.2“软管理”的到位过程就是更替的实现过程
效率差异使更替同时有了内在需求和动力，国家主推的新旧体系更替的实现是必然的。国家目前主要围绕六大平台建设进行投资，条件资源建设投资完全流向新体系，除此前提性工作之外，接下去国家一定会着力在促进“软体系”、尤其微观主体“软管理”的到位上——不如此，新型科研主体反而会被旧主体所同化、侵蚀，并异化成旧主体获取投资与科研业务的一个招牌，科研项目实际还是运行在旧体系下。随着“软管理”到位，替代必将在更大范围和更深层次上发生。
实际替代主要以两种方式实现：（1）业务替代。更多的创新产出，激励国家（包括其他外部市场主体）更多的通过以新型平台为载体的课题委托和课题资助（如科技部自2000年开始，试点设立“实验室主任基金”，由实验室自主部署前瞻性原创性研究）方式进行科研项目的委托和立项。这种科研业务形成方式的变化，将使科研院所的科研业务趋于萎缩、直至为零；（2）人员吸附。更好的机制和更高的效率将吸引科研人员、尤其是优秀科研人员和优秀科研管理人员，从旧体系流向或部分地流向新体系（如大部分时间受聘于新体系下的项目组），而科研院所则会出现严重的人才流失，渐失科研的人力资源基础。
三、“蜕变”、转型或创新发展模式是科研院所的根本出路
3.1思路一：向新型科研主体“蜕变”
即实现在新旧体系间的角色转换，转换成承载有更多重点实验室或工程中心的主体，这是一个“蜕变”过程，并通过新型主体重获在国家科技创新体系中的位置。
实践该思路，首先要有两个正确认识：一是关于重点实验室和工程中心身份性质的认识。要认识到它们与科研院所根本不同，是新体系的组成部分，要把蜕变成这类主体提升到是重获在国家科技创新体系中的位置的高度来看待；二是关于“实体虚置”的认知。新型科研主体是独立的实体，不属于依托单位，而是国家有条件置放（即“虚置”）在依托单位。过程中继续置放还是撤消，主要取决于其功能的实现与效率的发挥程度，如根据《国家重点实验室评估规则》（2003年）的每年评估结果。因此，要清醒地认识到，如果不能实现其功能、发挥其效率，申请设立新型科研主体顶多不过是获取了一个项目式机会（初始性投资和项目），而丧失的却是战略性机会，因为最终必然会被撤销，或等同于撤销。
行动上：对于条件具备的科研院所，除积极申请设立新型科研主体，争取实现在新体系中的“占位”外，更重要的是，申请成功后，在进行“硬体系”建设的同时，要特别重视相应“软管理”的同步构建，以期通过实现新型主体的高效运行“固化”代管资格。根据复斯管理咨询公司的经验，“软管理”关键内容有四项：主体自身的组织管理体系、业绩管理体系，和在其内部运行的科研项目的组织管理体系与业绩管理体系。
3.2思路二：向产业化公司转型
即实现从传统科研院所向现代企业的角色转变，这是一个转型过程——从相对单一功能组织向多功能（科研、生产、经营等）组织的转型，从简单组织向更为复杂组织的跃升式转型。即以自身科研成果形成的相关产品或服务为直接对象，进行实业化经营，发展成为现代生产制造型企业或工程服务（包括总承包）型企业。
根据复斯管理咨询公司经验，这是一项更为系统和艰巨的任务，要解决一系列难题，如：可规模化业务的形成；稀缺性资源（资金、企业经营与管理资源等）的解决和功能培育；如何aihuau.com实现从基础及应用研究、工程化研制、小规模经营向大规模经营的快速推进；如何解决成熟程度不同、规模化程度不同、市场特点不同的多类业务，在同一个体系内运行的兼容性管理问题；如何在进行产业化发展的同时，又不过分削弱科研能力，保有继续生发的基础；如何进行产业化发展的体制和机制设计，构造适合现代企业的组织管理体系，并能实现对上述各项问题的有效解决，等等。
思路三：创新发展模式
“蜕变”为单纯的科研机构，往往由于缺乏有效的科研需求拉动和成果有效转化的通道，而导致发展空间受限；转型为产业化公司，不仅转型任务艰巨，成功率低，而且即便转型成功，多半也不过是成为一般性的工业制造型企业，容易丢失作为科研机构有价值的特色性东西。因此，上述“思路一”和“思路二”其实是两种简单化的发展思路，有条件的科研院所应进行发展模式的创新，形成既能利用自身优势，又能避免上述两种思路缺陷的高绩效和有生命力的发展模式，向创新型企业方向发展。
