爱华网自2000年9月至2005年10月，国务院相继批准设立57个出口加工区，其中，37个已封关运作。五年来，出口加工区的经济总量和进出口均获得高速增长，推动了区域外向型经济的发展，对提升海关的管理水平，促进区域产业结构优化，促进加工贸易转型升级起到了一定的作用；同时，经过几年来的运作，出口加工区在有限的土地资源上吸引了大批优质工业项目，已经成为国内土地利用集约化程度最高的区域之一。但是，随着出口加工区的不断发展，也逐渐暴露出了功能设置单一、管理体制不完善、产业规划不明确、内生经济增长能力弱等问题。从中长期发展看，出口加工区的发展思路仍有待进一步的调整。从目前来看，出口加工区发展面临的问题有：
1、与区域经济的协调发展程度及其综合贡献度较低
（1）地方财政负担较重，税收贡献较低
在出口加工区建设和发展的过程中，地方政府的财政负担较重。以基础设施建设为例，通常达到设施较为完善的“七通一平”或“九通一平”的标准，每平方公里需投入的成本约达到几亿元人民币，地方承担成本较高。从调研反映的情况看，无论是东部地区发展较快的出口加工区还是中西部地区发展相对较慢的出口加工区，均面临着巨大的资金缺口。此外，除初期的巨额资金投入外，出口加工区今后发展过程中，其基础设施及网络监管系统维护等方面仍需持续投入大量的资金，而长期依靠地方政府财政承担，则可能加大出口加工区发展的资金窘迫程度，影响其持续稳定发展。
在成本高昂的同时，出口加工区对区域税收增长的贡献较低。从目前出口加工区发展的实际情况看，已产生的税收中大部分的税源来自个人所得税，其他方面的来源几乎为零。即便在昆山、松江等发展较好的地区，其税收贡献率依然较低。2005年1-7月，昆山出口加工区国税征收的税收总额仅为1亿元人民币，其中，主要是个人所得税、房屋税和工商税收，只有10余家区内企业产生了企业所得税，同昆山出口加工区的发展规模极不对等。出口加工区“入不敷出”的情况严重。这一方面是由于出口加工区本身存在较多的减免税的政策优惠，另一方面，由于我国相关法律体系尚不健全，企业通过转移价格避税的现象也较为普遍。
出口加工区对区域经济发展的综合贡献程度仍然较低，从长期发展的角度看，对地方的财政负担能力形成严峻的挑战。
（2）与区域经济发展联系不够紧密
从我国出口加工区的发展现状看，其同所处区域经济的融合程度仍有待进一步加强。一方面是大部分的内资企业仍然处于区外，经济的内生增长能力尚未形成。另一方面，出口加工区同所处区域经济发展的联系也不够紧密，内源型经济与外源型经济的“断层”现象明显，产生“飞地”效应的可能性依然存在。
（3）未能有效弥合地区经济发展的差距
对于经济发展和对外开放程度本来就较为落后的中西部地区而言，由于其原本加工贸易的总规模（存量）和发展势头（增量）的制约，出口加工区发展步伐依然比较迟缓，因此就更难以发挥加工区对区域经济的带动作用了。在这种情况下，不可避免地出现东部地区愈强而中西部地区愈弱的经济发展局面。从目前情况看，出口加工区的发展未能有效弥合地区经济发展的差距，反而进一步拉大了彼此间的距离。
2、各出口加工区产业同构现象严重，资源竞争激烈
从产业结构上看，各出口加工区之间存在着严重的产业同构现象。课题组调研的主要出口加工区中，大多以电子信息产业为主导产业。例如，昆山出口加工区内汇集了台湾主要的笔记本电脑生产厂商；在松江出口加工区A区，目前已投产的55家企业中有30多家是区内笔记本电脑生产商达丰的配套企业；深圳出口加工区也以电子信息、家电和家具制造业等产业为主；武汉出口加工区主要产业集中在显示器及其零部件加工等行业；成都出口加工区集中于芯片封装、精密机械加工等行业。
由于各出口加工区的主导产业结构趋同，导致相互间的资源竞争非常激烈。这种竞争，首先表现在招商引资的竞争中为达到吸引外资企业落户的目的，往往竞相开出更为优惠的条件。包括赠送土地、延长免税期等“割让”措施。这种慷国家之慨的恶性竞争，造成了国家土地资源和税收资源的流失，使国家总体利益蒙受损失。其次，临近加工区之间的人力资源竞争也非常激烈。这不仅表现在高端人才的竞争中，也表现在对低端加工环节技术工人的竞争上。近年来，“民工荒”问题在某些地方已经出现，如原在珠三角工作的劳动力开始大批向长三角地区转移，使珠三角地区出口加工区发展面临的劳动力紧缺问题日趋严重。在长三角地区的各出口加工区之间劳动力资源竞争也非常激烈。据调研，长三角地区几个主要加工区的人员流动性均较高，劳动力供给很不稳定。由于各地工资存在一定差异，因此，一些工人在熟练掌握技术后往往从低工资地区流向高工资地区，不仅使原有企业一时难觅合格人才，影响企业的稳定发展，也助推了劳动力成本的相互拉上，导致我国劳动力资源优势的逐步弱化。
从整体上看，全国出口加工区的产业布局缺少有力的宏观调控和引导，相互间未能建立良好的分工合作机制，未能以出口加工区为载体，形成错位发展的产业集群。
3、出口加工区功能设置较为单一，未能实现与国际自由贸易区的同步发展，与其他海关特殊监管区存在功能重叠，政策优势日趋减弱
由于我国出口加工区设定的功能较为单一，只能从事出口加工制造，且产品必须形成实质性加工后才能进出出口加工区，因此，在实践上对出口加工区和区内企业的发展构成了障碍。事实上，这种单一的功能设定，既不符合国际自由贸易区的发展趋势，也不符合区内企业发展的需要，加上加入WTO、海关监管手段改进等因素的影响，及与其他海关特殊监管区存在功能重叠，导致出口加工区的政策优势有所减弱。
4、出口加工区的发展缺乏完善的法律体系保障，相关管理机构的职能仍不协调，管理体制和细节尚未理顺
（1）缺少完善的法律制度保障
根据国际上的成功经验，设立特殊经济区域一般都是先立法，明确特殊经济区域的性质和作用，再推广实施。而我国的特殊监管区域则在特殊的历史背景条件下，没有立法，而是陆续颁布了一些部门规章和地方性的管理法规。这种先天性的不足，为出口加工区区后来发展中出现的问题留下了隐患。这种由全国性规章、地方性法规和出口加工区管理细则等构筑的管理体系，一方面使出口加工区的运作缺少统一法令，各行其是；另一方面，由于没有明确的国家法令，也使企业在某些问题的具体运作上无所适从。
（2）多头管理，政策理解和执行存在不统一
立法滞后、法律依据不完善，加上条块分割严重，造成了出口加工区多头管理，政出多门，各相关主管部门对相关政策的理解和解释也不尽相同，对区内企业运营造成了较大的影响。如对“境内关外”的理解。有些地方的商检部门认为出口加工区虽算作关外，但实属境内，因而区外对区内的货物出口不提供商检证明。而外汇管理部门则过分强调“关外”。对于企业如办公用品采购等所需的小额人民币使用控制较严，导致部分出口加工区企业只能委托专门的外贸公司进行。在政策执行上也存在缺少明确的实施细则，各地相关主管部门职能根据各自的理解进行操作，导致各地在具体问题的操作和执行上存在不统一的问题。
（3）出口加工区发展缺少科学的规划
部分地区的出口加工区部分地方政府对出口加工区的选址缺乏前瞻性，建设和配套尚存较大缺陷。如深圳出口加工区设在远离口岸的大工业区，交通不畅、物流不便。该区一次围网3平方公里，运行四年后周边仍缺少企业发展必须的生活后勤配套。特别是规划时未考虑区内企业职工宿舍用地，对稳定企业和进一步发展都留下隐患。广州出口加工区也因二期预留土地挪作它用，本田汽车（中国）进区全部占用一期网内土地后，己无法就近扩区招商。其他发展较好的地区已明显出现土地资源不足的情况，而同时发展较慢的地区则出现了土地资源的闲置。由于缺少规划，未能从比较优势出发开展项目引进，导致先期入驻企业规模小、产业链短，占用了宝贵的土地资源。各出口加工区在招商引资的过程中，往往是来者不拒，对进驻产业类型、企业规模等均没有明确的规定。
（4）管理和操作细节尚未理顺
退税政策操作困难。国内原材料和相关物资进区视同出口，出口加工区企业生产耗用的水、电、气享受出口退税，都是出口加工区的政策比较优势，但实施中困难较多。如有的地方对国内采购实行一批一报、一单一报，不仅报关费超过退税额，而且办事成本高，费时误事。有的地方退税政策无主管部门操作兑现，企业有受骗的看法，如水、电、气退税政策至今在部分地区未能很好贯彻落实。
区域之间手续繁琐。“一次申报、一次审单、一次查验”是出口加工区最大的比较优势，但这个初衷在实践中并不理想，目前出口加工区企业进出货物与跨关区的口岸海关、保税区和其他出口加工区之间转关的手续还比较繁琐。
废料处理没有明确做法。虽然《中华人民共和国海关对出口加工区监管的暂行办法》对加工过程中产生的边角料、残次品、废品的处理有相应的条文，但有为数不少的企业反应政策需要再细化，因目前没有一个具体的规定，所以对废料的处理方面存在一定难度，如昆山出口加工区的富士康集团就反映其企业所产生的边角料、残次品、废品无法按此作业；这同时也造成了我国的废品、次品再利用率很差的状况，浪费了资源。
此外，在内销比例、3C认证、外发加工保函等诸多细节问题上都存在缺少统一做法，各出口加工区自行其是的问题。如各地对出口加工区企业内销比例的规定以及企业3C认证等方面的做法不一，镇江规定内销比例为30％，而苏州内销比例低于30％，昆山规定的内销比例比苏州还要低；此外在通关方面，有的海关要求提交3C证正本，而有些海关要求提交副本即可；模具、半成品外发保函因《中华人民共和国海关对出口加工区监管的暂行办法》没有明确是何种保函，有些加工区以企业信用出保函，有些加工区是银行出保函，从而造成企业成本存在较大差距。
从我国的实际情况看，出口加工区的发展正处于上升阶段。但由于上述在规划、管理及功能设定方面的问题，出口加工区同所处区域经济协调发展能力较差，对区域经济的综合贡献度依然比较低，不仅制约了出口加工区自身的发展，也影响到出口加工区同区域经济发展的协调统一。从未来发展趋势判断，随着我国加入WTO后加工区优惠政策的逐步消失，其他特殊海关特殊监管区的迅速发展，及海关电脑联网监管手段的日渐成熟，出口加工区现有的政策优势将逐步减弱。但是，在目前乃至相当一段时间内，出口加工区对我国经济发展来说仍具有不可替代的作用。因此，在未来的实践当中，我们必须顺应全球出口加工区的发展趋势，进一步完善和提升我国出口加工区的功能，密切结合我国国情和设区当地的实力和条件，明确各出口加工区的定位与特色，充分发挥各自的特长和比较优势，加强对出口加工区的规划和管理，促进其与区域经济更大范围、更高程度地融合，更好地带动区域经济的发展。
