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我国目前的农村财政运行体系是沿袭了计划经济条件下的财政运行机制，已经不适应社会经济发展的需要，急需加以改革。这种不相适应可以从农村对公共产品的需求和农村公共产品的供给两个方面来考察。
（一）农村公共产品的需求远未得到满足
从农村对公共产品的需求来看，统筹城乡发展、构建和谐社会要求增加农村公共产品的供给。改革开放以来，农村公共产品的供给有明显的改善，但仍然跟不上社会经济发展的需要。随着社会的进步与生活水平的提高，社会对公共产品数量和质量的要求越来越高。农民在满足其基本的生活需要之后，随着收入水平的不断提高，就会要求消费更高和更好的公共产品，如对医疗保健、文化娱乐、教育交通等的需求会显著提高。国家统计局的调查资料表明，2003年农村居民消费支出中增长最快的交通及通讯支出，人均163元，比上年增加34元，增长26.5%，增幅第二的是医疗支出，人均支出116元，增长11.4%（社科院农村发展研究所等，2004），说明农民对交通道路、医疗卫生等公共产品的需求增长很快。近年来农村的恩格尔系数已经下降到50%以下，说明农村对公共产品的需求数量将越来越大，需求层次也将越来越高，这就要求财政增加农村公共产品方面的支出。但是目前农村公共产品的供给远远不能满足农民的需求，农民行路难、上学难、就医难、用电饮水难等问题日益突出，公共产品供给不足已成为农村经济持续发展的瓶颈。
（二）农村公共产品的供给不足
非均衡的经济发展模式和非均衡的城乡公共产品供给体制导致了农村公共产品供给的严重短缺。虽然从目前财政支出的范围看公共财政基本涉及了农村所有公共产品和公共服务领域，但总量投入不足，整体覆盖力度不够，城乡差距较大，区域差别明显却又是一个不争的事实。
1．总量投入不足
随着国家财政实力的显著增强，财政支出中对于农业的支出绝对数量增长较快，但相对增长并不明显。1952年国家财政支农支出为9.04亿元，2002年这一数量为1457亿元，提高了100多倍，但1980年以后农业支出占财政支出的比重一直在10%一下，90年代后这一比重又呈下降的趋势，1999年为8.23%，2000年为7.75%，2002又下降到7.7%，这一比例与农业在国民经济中的地位和作用极不相称，远低于农业在国民生产总值中的贡献比例。
2． 基础设施
基础设施的投入包括乡村道路、农田水利、供电、自来水、体育文化设施等方面。我国农业基础设施的建设方面欠帐很多，目前普遍存在着农业基础设施老化问题。农村道路交通状况落后，有相当一部分乡村尚未通公路，已通公路的路况也较差，晴通雨阻，抗灾能力低；农田水利设施年久失修，大部分已经不能够发挥排涝抗旱的功效；农村电网设施老化，相当多的地方电价要高出城市好几倍；一半以上的地方人畜饮水困难，基本生存条件无法保障；大部分农村的体育文化娱乐设施建设就几乎为零。
3． 农村义务教育
我国的农村义务教育实行的是以县为主的地方负责制，其经费主要来自县乡财政和农民集资，中央和省的教育经费用于农村的比例很低。由于县乡财政困难和农民收入水平低，导致了农村义务教育经费的严重短缺，农村义务教育的发展可谓是举步维艰。义务教育状况城乡差距明显，农村义务教育硬件设施落后，还存在着许多危房；教育收费过高，农民无法承受，导致儿童入学和辍学率很高；师资水平低，教学质量也不高。
4．公共卫生
在我国农村公共卫生和预防保健的工作十分薄弱。改革开放后，随着人民公社的变更，原有的农村基本医疗体系也随之解体，享受基本医疗保健的农民从90%下降到9%左右。政府瑞然采取了一些措施，但仍然没有改变农村基本医疗卫生落后的局面，农村医疗卫生投入不足，效率低下且缺乏保障。1991---2000年占中国人口近70%的农村人口每年只消耗大约32%--37%的卫生费用，村级诊疗室的医疗器材简单，仅限于体温计、血压计等；乡镇卫生院设备条件差，设施陈旧，只能诊治一般的小病。另一方面，农村医疗收费相对较高，只要一生大病，农民就有可能倾家荡产。
5．社会保障
目前，农村仍是以家庭保障为主，国家的社会保障尚未完全覆盖到广大的农村地区。除养老保险和医疗保险在部分地区小范围试点外，其它社会保障基本未能建立。最低生活保障是现代国家的社保体系中不可或缺的组成部分，但在我国，大部分的农民仍未享受到最低生活保障，只是在一小部分地区刚刚起步。同时，城乡享受到的社保也存在巨大差别，目前，按享受社保的人口计算，城乡社保覆盖率比例为22：1。
