爱华网综合起来，民营科技园区发展的障碍主要有：
1．思想观念陈旧。具体表现在以下两方面：第一，我国长期受旧思想禁锢，民营历来受轻视。近年来尽管这种情形有所改观，但民营机构从银行获得贷款所需的条件和审批程序相比较而言更加苛刻；再加上官本位等级观念较为严重，计划经济下企业级别思想的长期存在，商品经济意识、风险意识和竞争意识较为淡薄，使得民营科技园区发展受到严重制约。第二，不能正确地对待民营科技企业，甚至歧视民营科技企业。有些经济主管部门和公务员，至今还对民营科技企业存有偏见和误解，把从业的科技人员视为小商小贩。对民营科技企业进行合理的投入，怕被别人说是“国有资产流失”；为民营科技企业服务、帮助解决实际问题，怕被别人说是得到了什么“好处”。由于上述思想问题的存在，使民营科技企业存在的大量实际问题不能及时得到解决。
2．人才严重缺乏。近几十年来国际国内经济发展的经验表明，人才、知识作为经济增长和可持续发展最重要的因素，是一些国家和地区迅速崛起的秘诀，也是另一些国家和地区陷入发展滞缓及其贫困的根源。我国民营经济和其它经济发展的差距，归根到底就是人才和知识方面的差距。人才是民营科技园区发展最重要的资源，但我国民营科技园区的人才却严重缺乏。一方面是人们对民营企业和民营科技园区还没有正确的认识，另一方面是对有限人才的利用效率不高且流失严重。我国20世纪八、九十年代培养的技术人才目前有相当一批在国外留学和工作。我国第一批从事“863”计划的年轻科技人才，现在仍在国内的已所剩无几。高科技人才和管理人才的缺乏，给我国民营科技园区的发展造成了巨大的障碍。
3. 资金严重短缺。我国的民营科技园区从地理位置、空间分布来看，其在交通、资源和地理环境等各方面都具有绝对优势，园区建设发展零星化的科学性和可行性在选址时都得到精心详细的论证。民营科技园区建设目标主要包括征收土地、整修场地、兴修公路、建造厂房、绿化环境以及提供必要的生活设施等。但是就园区自身的建设而言，除少数园区建设得比较好外，部分园区尚未完成建设目标，有的要么绿化工作没有落实，要么生活服务设施、娱乐设施等配套服务设施跟不上。民营科技园区的建设任务艰巨，完成建设目标所需资金巨大。但是通过实地调查，我们发现民营科技园区投入的建设资金普遍偏低。比如，在我们调查的几十家民营科技园区中，大多数园区投入的建设资金只有一亿到两亿元，甚至只有0.2亿元。另外，部分园区的建设资金至今仍然未能得到妥善落实。资金缺乏对所有企业都是永恒的问题，而对于民营科技园区企业更为突出，已经成为制约民营科技企业产业化和集团发展的主要因素。近年来商业银行企业化管理的加强以及股票发行方式和配股政策的改变，使争取银行增加贷款和股票上市难度加大。再加上多数省区没有建立国家提倡的技术创新基金和有关贷款担保机构，民营科技企业完全靠自我滚动发展，因而绝大多数难以做大。商业银行出于对自身效益和安全的考虑，贷款时首先常常考虑有无固定资产抵押或者可靠担保；而多数民营科技企业在发展之初，自身既无固定资产，又难以找到有效的担保，技术成果作为无形资产质押的政策在实际运作中也难以兑现，因而民营科技企业即使有很好的技术项目，包括国家火炬计划在内，也无法获得银行贷款的支持。
4．融资渠道不宽，融资不畅。民营科技园区得不到政府的拨款，也不能获得像国家级高新技术产业开发区所享受的那种特殊待遇。在资金筹集上，民营科技园区实行“自愿筹资”，但是，在现实情况下，这种仅靠少数几个人自筹资金的融资方式，想要筹集到足够的资金，并非易事。通常来讲，除此之外，最直接的融资渠道就是银行贷款。但是，许多民营科技园区反映很难从国有银行获得足够的贷款。这有多方面的原因。一是我国长期受旧思想禁锢，民营历来受轻视，尽管这种情形有所改观，但民营机构从银行获得贷款所需的条件和审批程序相比较而言要更加苛刻；二是我国银行业正在改革，实行自主经营、自负盈亏的原则。在当前经常出现坏帐、呆帐和滞帐等情况下，同时还要保证足够的资本金和维持自身周转、维护自身利益，银行面临着巨大的风险，在作出拨放贷款决定时自然要十分谨慎；三是我国民营科技园区的现状不容乐观：目前我国民营科技园区尚处在建设时期，没有多少可作抵押的固定资产。因此对于民营科技园区来说，从国有银行获得渺茫。民营科技园区融资渠道不宽、融资不畅导致资金困难，资金短缺导致园区建设目标难以完成、硬环境条件差，落后的硬环境则直接影响到民营科技园区招商引资的力度，而招商引资工作直接关系着企业入园的数量和质量，入园企业数量少、层次低，这又影响到民营科技园区的管理经费，严重影响到民营科技园区的建设进程和发展速度，牵制了园区的管理及其辐射等功能的发挥。因此，资金短缺是民营科技园区发展的一大掣肘，解决问题的关键一则在于融资渠道的拓宽，二则有赖于政策的支持。
5．公平竞争的环境尚未形成。在党的十五大后，国家已在竞争性领域保障国营和民营实行公平、公正、公开的竞争。然而不少民营科技企业反映，目前还不存在这种公平、公正、公开竞争的环境。许多民营科技企业提出在项目审批、土地征用、银行贷款以及办理有关手续时有关管理部门对待国营和民营不是一视同仁，有的甚至设置人为障碍，有的刁难不予办理，有的则存在踢皮球现象，从而导致了一些民营科技企业“要人难、入户难、征地难、出国考察难”等问题。
6．园区数量少、规模小、产业结构趋同，辐射能力弱。从全国民营科技园区的发展情况来看，到目前为止河北有8个、广东有7个、山东有7个、安徽有5个、江苏有4个、福建有2个、湖南有2个，数量明显偏少。从规模来看，大多数民营科技园区引进的民营科技企业不到100家，有的甚至只引进了2家，表明这些民营科技园区缺乏足够的吸引力。民营科技企业从平均企业职工人数来看，所调查的14家民营科技园区内每家企业平均只有职工37人，由此可见民营科技园区中的企业规模普遍较小，属中小型企业。在产业结构方面，部分园区（如云南民营科技园、上海嘉定民营技术密集区、安庆民营科技企业示范区、莱州民营科技密集区等）有一定特色，把科学技术与当地的丰富资源有机结合起来，因而产业上的个性特点比较鲜明，发展的后劲比较充分。但目前多数民营科技园区还没有搞好两者的结合，在产业结构、产品结构等方面不同程度地存在着彼此雷同、模仿现象。这样不可避免地带来重复建设，造成资源和人力的巨大浪费。从技术研究和生产开发能力来看，14家民营科技园区共承担国家级技术项目56项，省级技术项目148项。这一数据明显很低，而且值得指出的是这并不意味着民营科技园区本身具有科研开发能力。从目前调查所了解的情况来看，大多数民营科技园区内都没有设立专门的研究机构或科研院所。当前，由民营科技园区牵头，许多民营科技企业开始与高校等科研院所联系，对后者的科研成果采到一次性买断，或拨出一部分资金请科研机构来对其技术进行改进，走“产学研”一体化道路。这一办法对于处在发展初期的民营科技企业来说非常切实可行。但是从整体和长期来看，这种做法略有容易产生短视行为、注重短期利益之不足。民营科技园区内的民营科技企业数量少、规模小、层次低、技术创新能力薄弱、产业结构雷同，这样，民营科技园区的区域经济带动作用和园区内企业的国徽能力就必然受到限制而略显微弱。
7．管理体制不完善，政策不到位。目前我国民营科技园区在管理上还比较混乱。我国长期以来政企不分，反映在民营科技园区的管理体制和管理机构的设置等方面是有的民营科技园区的“民营”特色难以凸显。目前，绝大多数民营科技园区都是由市、地级科委和各级政府来主管，园区管理委员会的成员也主要是由各级各部门行政干部兼任，尽管民营科技园区管理者承认，在建园初期，政府官员的参与能使民营科技园区更及时更容易地获得支持，但从长期来看，民营科技园区管理委员会的职能和权限规定不十分明确的话，这将会使管委员对民营科技园区的管理缺乏力度，因为，不同的利益主体、不同的职责、不同的思考处理将造成管理关系的不顺畅，从而直接或间接地影响民营科技园区的开发建设和发展。其次，到目前为止，国家尚未就民营科技园区的管理体制问题制定专门文件，只是地方上各自制定和颁布了一系列有关民营科技园区管理办法和优惠政策，由于地方政策权威性不强以及各方理解不一致而容易产生偏差等原因，这些优惠政策往往难以得到具体落实。比如税费返还问题。按照政策规定，民营科技园区内的民营科技企业所上缴的税费实行部分返还，归民营科技园区支配，维持其正常运转。但是，由于目前体制不健全，民营科技园区未建立一级财政，致使民营科技企业上缴的税费不能实现返还。此外也是由于政策不到位、体制不健全等缘故，使得本来按政策规定也应归园区支配的经费比如土地出让费等相当一部分税源流失。这样就导致了部分园区举步维艰，管理缺乏效率，这种状况严重限制了这部分民营科技园区的长足发展。由于政策不到位，致使部分民营科技园区原本设想的良性循环不能实现。
8．管理人才严重缺乏。由于我国民营科技园区发展还不成熟，仍处在摸索阶段，这方面的管理人才严重缺乏，因而在对园区及园内企业进行管理时，容易产生一些问题。比如有的园区已经意识到对入园企业的审批不够严格，有的企业污染严重，不利于园区的长远发展，有的园区则意识到本身缺乏特色，或产业结构不合理，也有的由于经验不足，在引进外资企业时上当受骗。
