爱华网GATT由于其产生背景的特殊性，在其发展过程中不可避免地存在着一些局限性，而最终导致被WTO取代，这是历史发展必然。总协定的局限性主要表现在以下几个方面：
1．GATT在成立之初就是一个“临时协定”。
1948年1月1日生效后，逐步演变成一个越来越庞大的国际组织，但又不是正式的国际组织，只能算一个准国际组织。
2．GATT的许多规则不严密，执行起来有很大空隙，有些缺乏法律的约束力。
一些国家按照各自的利益理解协定条文。总协定又缺乏必要的核查和监督手段。如总协定“用倾销手段将一国产品以低于正常价值的办法进入另一国国内市场，如因此对某一国领土内已建立的某项工业造成实质性损害或产生实质性威胁”的规定，实际执行起来很难界定。于是一些国家就用国内立法来征收倾销税，使其成为这些国家推行贸易保护主义的重要手段。后来“东京回合”虽补充了有关的多边协议，但贸易保护主义浪潮迭起。
3．GATT中还存在着大量“灰色区域”，有很多例外。
某些缔约国违背GATT的原则，用国内立法和行政措施来对别国实行贸易歧视。它们利用“灰色区域”，通过双边安排，强迫别国接受某些产品的出口限制的事屡见不鲜。由于GATT原则的例外过多，致使许多原则不能得到很好的贯彻实施。例外过多和滥用例外，已侵害到GATT的一些基本原则。尽管GATT在关税减让方面成绩显著，但由于总协定中存在着漏洞，许多缔约国便绕开关税采用非关税壁垒。尽管规定了一般取消数量限制，但由于例外，数量限制仍是贸易保护主义的主要手段。
4．解决纠纷常常无法议决，难以取得实际成效。
GATT在解决国际经济贸易纠纷上，起到了不小的作用。但GATT解决国际经济贸易纠纷的主要手段是协商，最后是缔约方的联合行动。至今没有具有法律约束性的强制手段，这就使许多重大国际贸易争端无法解决。
鉴于GATT的局限性，各缔约方普遍认为有必要在GATT基础上建立一个正式的国际经贸组织，来协调、监督、执行乌拉圭回合的成果。
1990年初，欧共体轮值主席国意大利提出建立多边贸易组织的倡议。7月9日，欧共体把这一倡议以12个成员国的名义向乌拉圭回合谈判体制职能谈判小组正式提出。同年4月，加拿大也非正式地提出建立一个体制机构。瑞士与美国也分别于1990年5月17日和10月18日，向GATT体制职能谈判小组正式提出过提案，这些设想从各自不同的角度提出未来国际贸易组织机构的职责及性质。
经过磋商，1990年12月，在乌拉圭回合布鲁塞尔部长级会议上，贸易谈判委员会提议起草一个组织性决议。为此，“建立多边贸易组织协定”成为1992年12月的乌拉圭回合最终协议草案的一个有机组成部分。经过两年多的修改和各谈判方的讨价还价后，1993年11月，乌拉圭回合谈判结束前，各方原则上形成了“建立多边贸易组织协定”。在美国代表的提议下，决定将“多边贸易组织”易名为“世界贸易组织”（World Trade Organization）。 1993年12月15日，乌拉圭回合谈判胜利结束。1994年4月15日，在摩洛哥的马拉喀什召开的GATT部长会议上，乌拉圭回合谈判的各项议题的协议均获通过，并采取“一揽子”方式（无保留例外）加以接受。经104个参加方政府代表签署，1995年1月1日正式生效。至此，根据其中的《建立世界贸易组织协定》的规定，1995年1月1日WTO正式成立，1995年、与1947年的GATT共存一年后，担当起全球经济贸易组织的角色，发挥其积极作用。
WTO在成立伊始便面临着诸多矛盾和重重困难，甚至当WTO诞生的时候，连总干事都没有能够推选出来。在总干事的人选问题上，美国与欧盟之间存在着激烈的矛盾。由于种种原因，美国最后同意了由欧盟推举的意大利前贸易部长雷纳托·鲁杰罗出任总干事。鲁杰罗于1995年5月1日正式上任。1999年4月30日，WTO首任总干事任期届满，各国对新的总干事人选又发生诸多争议。最后经多方协调，才决定由新西兰的迈克尔·穆尔担任前两年总干事，泰国的素帕猜任后两年总干事。
WTO继承了GATT的基本原则和精神，但是它与GATT之间存在着重要的差别，主要表现是：
一是GATT是临时生效的，从未经过缔约方各国或地区议会的法律批准，它不是一个实质性的组织，而WTO则是一个正式的组织，其协议是永久性的，其成员国或地区都在法律上批准了WTO的协议。
二是WTO的法律规定是强制性的，而GATT的法律规定则是非强制性的，只具有规劝性。
三是GATT的功能主要在于处理国际间的货物贸易，而WTO还适用服务贸易和知识产权等其他领域。
四是WTO的争端解决体制比GATT体制更有效率，大大缩短了解决国际贸易争端的时间。
