爱华网在新制度经济学中，对制度结构含义的把握经历了一个发展过程。较早对制度结构进行研究的是舒尔茨。他在1968年发表的《制度与人的经济价值的不断提高》一文中认为，制度结构由以下四种基本形式的制度构成：第一、用于降低交易费用的制度；如货币、期货市场等；第二、用于影响生产要素的所有者之间配置风险的制度，如合约、分成制、合作社、公司、保险、公共社会安全计划等；第三、用于提供职能组织与个人收入之间的联系的制度，如财产，包括遗产法、资历和劳动者的其它权利等；第四、用于确立公共品和服务的生产与分配的框架的制度，如高速公路、飞机场、学校和农业试验站等。
舒尔茨对制度结构的初步分析，其优点是比较具体，缺点是抽象性、概括性不足，并且主要是从制度的不同功能来进行划分。由于制度的功能往往是多重的，因而其制度分类难免具有重叠性。如分成制、公司制等，并非只有配置风险的功能，它们同样具有节约交易费用的功能。林毅夫在1989年发表的《关于制度变迁的经济学理论》一文中将制度结构明确定义为：“一个社会中正式的和不正式的制度安排的总和”。而制度安排是“管束特定行动模型和关系的一套行为规则。制度安排可以是正式的，也可以是不正式的。正式的制度如家庭、企业、工会、医院、大学、政府、货币、期货市场等。相反，价值、意识形态和习惯就是不正式的制度安排的例子”。林毅夫的制度结构定义具有很强的概括性和抽象性，但仍然存在不足，主要是他把各种组织机构如家庭、企业等都看成了制度安排。
其实，在制度经济学中，对组织是不是制度一直存在着分歧。这里主要有两种观点，一种是肯定的观点，主要代表有康芒斯、舒尔茨和拉坦。康芒斯说：“制度——这三种类型的交易（指买卖的交易、管理的交易和限额的交易）合在一起成为经济研究上的一个较大的单位，根据英美的惯例，这叫做运行中的机构。这种运行中的机构，有业务规则使得它们运转不停；这种组织，从家庭、公司、工会、同业协会直到国家本身，我们称为制度。”可以看出，在康芒斯看来组织内的业务规则是制度，各种组织（如家庭和公司等）也是制度。舒尔茨也认为组织就是制度，他在谈到制度结构的构成时，把合作社、公司、飞机场、学校和农业试验站等各种组织都当做制度。持否定观点的主要代表有诺思、柯武刚和布罗姆利。诺思明确指出，要将制度与组织区分开来。他认为：“组织是在基础规则即制度约束下，为实现一定目标而创立的个人团体。制度类似于运动员的比赛规则，而组织则是运动员在该规则下为赢得比赛胜利，把其策略和技能加以组织或模型化的方式。制度是基本规则”，这一规则不仅创造了一系列机会，也形成了约束，组织是在既定约束下为了捕捉这些机会以实现一定目的而创立的。组织的存在和演进受到制度的根本影响。德国学者柯武刚也认为组织不是制度，他说：“普通英语的习惯用法经常将这里所定义的制度与组织混为一谈。组织是对资源的系统安排，其目的在于实现一个共同目标或目标集。因此，公司、银行、政府机构是有目的的组织，而基督教的‘十诫’和交通规则却是制度。”布罗姆利在《经济利益与经济制度》一书中对拉坦和速水将组织与作为规则的制度都当做制度并在此基础上建立诱致性制度变迁模型提出了质疑。他说：如果对制度的定义不能对作为便于协调人们行为的社会规则和准则的institutions与作为诸如市政委员会、大学、教堂、农业研究所和其他政府机关之类组织的institutions作出区分，那么就有理由对建立在这一概念之上的制度创新模型抱谨慎态度。
我们认为，第二种观点即认为组织不是制度的观点是有道理的。各种组织内部虽然存在各种各样的作为规则的制度，但组织本身不是制度，因为，组织机构往往是具体的。例如，微软是国际上著名的大公司，它是一个典型的企业组织，我们能不能说微软是制度呢？显然不能。这里，人们之所以会将组织看做制度，主要是没有将组织与组织制度区分开来。所谓组织制度，指的是有关组织这种主体的构造形式或结构的内部规则。它是不同组织区分开来的依据。例如，政治组织与经济组织之所以不同，就在于其内部构造规则不同。同样是经济组织，由于内部构造规则不同，有不同的性质，有些是营利性的企业组织，有些是非营利性的经济组织。企业组织也因为构造形式不同而分为多种。如股份公司制度与独资企业的制度就不同。总之，我们承认组织内部存在组织制度，但不能把各种组织机构本身看成是制度。
基于上述认识，我们可以把制度结构定义为：一个社会中正式的制度安排（不包括各种组织机构）和非正式的制度安排的总和。什么是技术创新的制度结构？技术创新的制度结构就是促进和支持技术创新的各种正式制度（不包括各种组织机构）与非正式制度的总和。众所周知，迄今为止，为促进技术创新，人类社会已经创立了不少的制度安排，如知识产权制度、奖励制度、税收补贴制度、研究开发制度和风险投资制度等。还有一些制度安排，如市场制度、企业制度和教育制度等，虽然不是专为技术创新而由人们创立的，但对技术创新也起着十分重要的促进作用。此外，还有一些政治、思想、文化方面的正式与非正式制度，都可能对技术创新起到直接与间接的促进作用。这种由多种多样的促进技术创新的正式与非正式的制度安排构成的制度体系，就是我们所说的技术创新的制度结构。技术创新制度结构的特征表现在以下几方面：
第一，复杂性。技术创新制度结构的复杂性是指支持技术创新的制度安排体系的复杂性。支持技术创新的制度安排之所以复杂，是因为它几乎涉及社会制度的各个方面：既有经济制度，也有政治和思想文化制度；既有正式的制度安排，也有非正式的制度安排：既有人们为重新分配技术创新所创造的新收入而有意识创立的制度安排，也有大量并非专为促进技术创新而由人们加以创立，但对技术创新具有重要促进作用或者构成技术创新得以正常进行的基础性的制度安排。技术创新制度结构的复杂性，决定了我们对其进行全面分析的复杂性。
第二，层次性。技术创新制度结构的层次性是指促进技术创新的各种制度安排在重要程度上的差别。我们既可以把社会经济制度分为根本性制度、重大性制度和辅助性制度，又可以依据不同制度安排在技术创新活动中的重要程度，把技术创新制度结构分为根本性制度、重大性制度和辅助性制度三个层次。根本性制度是指对技术创新活动起决定性作用的制度安排，没有这些制度，一个国家和地区的技术创新活动要持续、稳定地出现就不可能。那么，哪些制度可以列入这种根本性制度呢？我们认为，激励性的产权制度和竞争性的市场制度当属其中。重大性制度是指那些虽然对技术创新的持续出现并非不可或缺，但一旦形成就能够有力地促进技术创新的制度安排。像股份制、企业内部研究开发制度、政府支持技术创新的政策（如政府采购与税收——补贴制度）、风险投资制度等就应属于这种有利于技术创新的重大制度之列。至于技术创新制度结构中的辅助性制度则是指那些对技术创新的促进作用要弱于前两者或者虽然作用较大但以非正式制度形式存在的制度安排。
第三，关联性。技术创新制度结构的关联性是指有关各种制度安排之间的相互依存与相互影响。实际上，制度结构中任何一项制度安排的运行效率都必定内在地联结着其它的制度安排，共同“镶嵌在”制度结构中，即是说它的效率还取决于其它制度安排的完善程度。换句话说，一项制度安排的效率不是独立于其它制度安排的运作结果，而是取决于制度结构中制度安排间的耦合作用。从这层意义上讲，任何一项制度安排均是制度结构中其它制度安排的函数。就技术创新的制度结构来说，不同制度安排也是相互关联的、耦合在一起的。就技术创新制度结构的层次来说，一些非根本性制度（包括重大性制度与辅助性制度）的运作效率就受到根本性制度的决定性影响；同样，根本性制度与重大性制度的运作效率也会受到辅助性制度的制约。例如，许多国家技术创新的制度结构之所以是低效的，主要在于其辅助性制度（特别是政治思想文化制度）与根本性制度或重大性制度存在矛盾和冲突，从而使其根本性制度或重大性制度难以发挥作用。某些国家在引进、移植其他国家有利于技术创新的先进制度时，常出现移植制度变形和效率低下的情形，这实际上是这些国家支持技术创新的辅助性制度与引进制度不协调造成的。总之，技术创新制度结构中的各项制度安排绝不是毫无联系的，而是相互依赖和相互影响的。
第四，演进性。技术创新制度结构的演进性是指促进技术创新的制度安排是逐渐变化的。技术创新的制度结构之所以是演进的，就在于这类制度安排要随生产技术发展的要求而变化。也正是技术的创新和生产力的发展，才推动了技术创新制度结构的演进。“随着科学和技术的发展，不同科学和技术领域里的研究与发展的特点会发生变化，同样，和研究与发展相适应的制度结构也会变化”。技术创新制度结构的演进性表现为两种类型：一是如纳尔逊所说的“剧变”，即形成一种全新的促进技术创新的制度安排，它在原来的制度结构中是不存在的；二是技术创新制度结构中原有制度安排的进一步发展和完善，即纳尔逊所说的“渐变”。在技术创新制度结构的演进中，渐变是其常态，剧变则是渐变后的一种必然结果。技术创新制度结构的剧变表现为促进技术创新的根本性制度或重大性制度的变革。
