爱华网总体而言，目前制度演化分析呈现了一种智力投入不断增长，研究成果不断涌现的繁荣局面。但相关研究中仍然存在一些问题有待解决，主要包括以下几个方面：
首先，关于演化经济学中的生物学类比问题的探索有待进一步深入。经济分析中的生物类比如同社会达尔文主义一样，本质上是以达尔文进化论为基础来解释社会进化事实的。该方法明显继承了达尔文进化论在解释社会进化和人类文明时可能面临的所有尴尬。但达尔文进化论是一种“无意识演化”的进化说明，该过程将进化主体视为外部环境变化的被动受体，而没有任何主动性和意识思维的理性可言。达尔文进化论中主体所能做的唯一选择，就是通过遗传来“适应”，而一旦无法适应外部环境时，其生存的所有希望都被锁定在“基因突变”这一神奇的过程中。当我们将达尔文进化论类比地应用于解释社会进化和人类文明的历史事实时，面临的第一个问题就是：必须在社会进化中找到一种类似生物基因一样的“等价类比物”。如果无法找到一种像遗传基因一样的有机载体，那么达尔文进化论对人类进化的解释就可能失效。目前的研究表明，纳尔逊和温特在企业组织的演化理论中将惯例视为基因类比物的方法有待商榷。其次，我们面临的第二个问题是：如果在今天仍然求助于斯密的“看不见的手”这种超验的力量来解释社会进化，那么我们在智力上似乎不是进步了，而是倒退了[1]。这意味着我们所处的经济学领域，必须在自然科学和人类技术文明突飞猛进的今天，继续在尴尬中宣扬自己的科学地位而毫无羞愧感。最后，我们面临的第三个问题是：如同新古典经济学引入“理性经济人”来阐释斯密“看不见的手”这一神秘机制一样，如果我们承认人在生物有机体的特征之外，具备理性思维和认知进化的能力，那么就不可能无视认知的存在及其可能发挥的角色和作用。其实，哈耶克已经模糊地意识到了这一问题，但是他所需要的用以解释人类个体行为和集体行为的知识理论，仍然需要进一步的探索来加以完善。尽管我在博士论文批判了达尔文进化论在经济学分析中的类比可能带来的误解和滥用，但正如华莱士指出的那样，一旦人的多样性进入博物学家的视野，它们就只能在进化论之外给予独立的证明。这也是我试图通过引入脑进化研究成果，对认知进化以及理性参与制度演化过程进行探索的初衷和目的所在。
其次，关于制度演化分析的方法论问题的争论有待整合，需要形成一种立足于方法论多元主义的宽容和开放心态。方法论的争论最初主要集中于演化范式和新古典的均衡范式的分歧，新近的研究中，黄少安和黄凯南（2004）、王越子（2007）等人论证了演化与博弈分析的不可通约性，他们基于库恩的科学范式的界定，对两种方法论在理性条件上的不相容性作了分析，最终得出了演化论和博弈论不可通约的结论。但新古典的有限理性和演化论中的进化理性本身是否在本质上相同或者可以转换则未被考虑，这也是导致不可通约结论的重要前提。事实上，库恩科学范式的不可通约性遭到置疑的根本问题在于科学研究的语言结构及其语言要素的涵义是否就是精确不变的，而特定语言词汇的意义漂移本身是和互动行为的场景和环境涨落有关的，也即是与认知进化本身相关的，并不存在严格意义上的不可通约性。就演化论和博弈论的方法论优势而言，前者并非绝对排斥理性参与的纯粹自然演化，而当论及社会和制度演化的事实时，人类的理性参与和互动行为与演化过程本身始终处于一体的共同进化过程中；同样，博弈论的方法在动态博弈中虽然假定了有限理性，但其实该过程已经内涵了一种学习机制，参与者在不同博弈阶段的策略调整明显是学习的结果，本质上也是认知进化和理性参与演化过程的行为结果。此外，演化论和均衡论在对过程关注方面的分歧一定程度上也被绝对化了，客观的讲，目前演化论在过程分析方面虽然具有历史分析和动态分析的优势，但是其弊端在于没有有效突破生物进化论的自然选择和被动适应的局限，这导致对大量由理性参和人类动因影响而引发的制度演化无法作出合理的解释；而均衡论则由于新古典的最优化教条导致部分研究者忽视了动态均衡分析的方法论优势。其实，一旦博弈论采用适应理性假定时，就已经在理性条件上与演化论之间搭建了必要的认知桥梁，问题只是需要我们如何丛达尔文的“无意识演化”本身转向有人类理性参与的“有意识演化”。
再次，关于行为研究的焦点从对竞争行为的关注转向对合作行为的关注作为一种研究动向，仍然无法根本上解释秩序起源及其演化的奥秘。相反，这种“跷跷板式”的视角转换，一方面反映了以往经济行为研究中对合作行为的忽视和对竞争行为的过分强调，另一方面这种视角的转向很可能会是放下了一个麻烦而拿起了另外一个麻烦。因为，关于合作行为和利他主义的研究早在18世纪苏格兰启蒙运动时期的道德哲学研究中就曾被关注，而克鲁鲍特金的《互助论》更是将合作和利他行为视为竞争之外的另一种进化力量；此外，社会学领域对社会信任的研究也在一定程度上解释了合作行为对于社会秩序演化的影响。因此，目前经济学在行为研究领域的转向，不论怎样试图通过合作行为和利他主义来解释秩序演化的事实，都无法用合作行为来替代广为存在的竞争行为，并消解主体间的利益冲突。鲍尔斯和金迪斯等人新近提出的“亲社会性”似乎也不是一个十分合理的解释，因为这种解释在动物行为学和社会生物学关于社会性生物的研究中同样存在大量的例证，因此，根本上讲，“亲社会性”无法证明人类社会的秩序和文明是如何高于其他生物界的秩序状态的。换言之，达尔文进化论的无意识演化在除人以外的其他生物物种那里都得到了验证，但是却在人的进化问题上遭遇了尴尬，“亲社会性”必须能够证明人类秩序高于其他物种秩序的有限理性和认知进化条件，但是我们不难发现，金迪斯和鲍尔斯利用“亲社会性”所作的解释仍然是无法令人满意的。进而，他们所遭遇的难题其实和华莱士所提出的关于人类进化的“独立证明”是联系在一起的。概言之，如果我们无法对人类独特的理性和认知能力作出合理的解释，那么试图说明人类社会秩序起源及其演化的奥秘，恐怕是不可能的。
最后，关于制度演化的动力学分析仍然是个尚未解决的重大课题。从目前制度研究领域和经济演化分析的成果来看，虽然有部分成果借助系统动力学的原理对经济系统的政策作用机制和优化、区域经济发展、资源与环境经济和产业聚积演化做了动力学解释，但是根本上看，这种解释仍然是缺乏说服力的。福瑞斯特（J.M. Forrester）于1956年创立的系统动力学主要是通过系统中不同要素之间的信息反馈（输入或输出）对系统结构及其变化作出过程描述的综合方法。该学说综合了控制论和信息论的部分成果，是关于系统结构、功能和过程演化的综合分析，属于横跨自然科学和社会科学的横向学科。但从目前在经济系统领域的应用来看，研究者对系统动力学的认识仍然拘泥于福瑞斯特的理论本身而缺乏有效的突破。本质上讲，系统动力学之后的热力学发展和复杂系统理论的进展都将系统动力归结为一种特定的交换机制，要素之间、系统之间或者系统与要素之间互通反馈的信息，只是一种经过对原始质料进行神经元加工后的编码，这些编码需要借助不同的符号体系的结构来产生行为指令，随后在特定频度的互动行为中借助记忆进行筛选，进而型塑为某种特定的互动行为模式。但是，该原理在应用于经济系统或制度系统的演化动力学说明时，缺乏一种与反馈信息路径对应的交换机制作为载体，也即一个理想的制度演化的动力学说明需要明确这种交换机制的行为载体究竟是什么及其运作机制是怎样的。但系统动力学由于以控制论和信息论为基础，因而仍然是机械的，对于解释人类社会和制度演化这样的复杂系统问题而言，有待于借助耗散结构的热力学原理和复杂系统理论来做出解释。但从热力学原理和复杂系统理论的核心结论来看，作为复杂系统演化的开放性和多样性以及交换机制的必要性仍然是系统演化和秩序演化的基本条件。对于人类社会系统和制度演化这样的复杂性问题而言，如果试图解释其演化的动力学奥秘，就必须找到一种恰当的承担交换机制的互动行为来作为该系统演化的动力机制。
[1] 这里是指现代经济学在解释人类行为是所采用的前后矛盾的解释：即一方面他们试图说明人具有完备理性，另一方面，当这一假设遭到批判时，他说求助于“市场选择”的不可知力量，来解释这种经济结果。但一个悖论就是前者的进化是有方向和目的的，但市场选择的进化则是无方向和非目的论的。
