爱华网1054年，东正教和天主教正式分裂，这两大基督教教派在欧洲长期对立。但是在18-19世纪，由于当时天主教在宗教上的主要敌人反而是新教，所以天主教和东正教的相互敌意已经大大缓解，这也导致在北京的东正教教团和自明朝以来一直在中国发展经营的天主教（耶稣会）势力没有发生太激烈的冲突。不过这也并不意味着双方总是处于友好合作的态势。 在清王朝的世界里，皇帝才是主宰一切的根本，无论东正教还是天主教都是外来者，都必须小心翼翼才能生存发展。在异乡，他们并不缺少合作。 在东正教教堂建好之前，北京的俄国人曾前往一个天主教教堂做礼拜，据1675年来北京的俄国使节斯帕法里称，天主教传教士向他索要了一幅东正教圣像置于堂中，以便来自祈祷的俄国人注目膜拜。 东正教教士和天主教教士不可能不接近。除了一般的兴趣外，生活的现实也让他们建立密切关系。东正教教士请天主教教士协助配置教堂附属设施，如圣像壁，向其匠人订购圣像，学习天主教教士的各种技艺，如种植葡萄等。甚至从那里借用汉译基督教书籍，如《圣经》和宗教道德内容典籍的片段。 另外，耶稣会会士要离开中国返回欧洲，只能走澳门或者广州，如果没有俄国沙皇的许可，他们不能过境俄国。所以还曾有耶稣会会士、威尼斯人皮洛蒂请求俄国教团成员帮助致信俄国大臣，希望受到照顾。有时候东正教教士也请前往澳门的耶稣会会士转交他们往欧洲的信件。 尽管有合作的一面，心理上的对立还是经常存在。19世纪末的第十六、十七届传教团的尼古拉·阿多拉茨基颇为得意地认为，天主教和新教传教士多次遭遇被驱逐的命运，俄国教会代表者们尽管处于北京的监督之下，但在与当地民众的相处中几乎从未受到过限制。无论什么时候，只要传教团向理藩院寻求保护和主持公道，几乎总能得到满足。而且，与中国老百姓相比，他们有时甚至还会得到偏袒。 北京的东正教教团对康熙驾崩以后雍正帝对天主教势力的打击多少感到幸灾乐祸。他们指责，耶稣会在传播福音的同时，暴露出其追求商业利益以及其他目的的自私本质。他们拥有很多作坊店铺、承接各种生意，获得官爵和地位，极力控制教众，使后者腐化堕落到无以复加的地步。还认为耶稣会的被打击是和其介入康熙的诸皇子的斗争有关，耶稣会支持九阿哥。 俄方还有另外记载，1719年，彼得大帝派遣禁卫军大尉列夫·伊兹马伊诺夫作为特使访华，受到清政府高规格接待。康熙在其会谈时，专门问到俄国人是否会对自己通过耶稣会会士与他们交谈感到反感？从俄方记载看，康熙还强调，自己并非把耶稣会会士当做官员聘用，但是乐于从他们那里学习知识。 然而在另一方面，东正教在中国的影响力却长期落后于天主教，不但在民间缺乏信徒，东正教教士的影响力也比不上天主教教士。他们不得不带着情绪地抱怨天主教的“接地气”。阿多拉茨基写道：耶稣会迎合中国人的性情，不用圣像和十字架装饰祭坛，甚至在做礼拜时不着法衣，而穿上中国儒者的普通外衣。为了吸引中国人皈依基督教，罗耀拉的弟子们教导说，孔子与基督耶稣没有差别，借口给予暂时的宽容而允许新入教者维持原有的生活方式，维持多神教习俗等。他们允许皈依基督教的汉人庄重地拜祭孔子，在祖先坟前祭祀，对于入教的满人，则允许其举行自己的洗礼及多神教许愿仪式。 东正教教士斯莫尔热夫斯基写道，（耶稣会会士）在北京的装束都是中国式的：蓄有胡须，梳着辫子，剃光了头，参加公开葬礼时与其他中国人的举止一样。在家里穿中国短款暗色（蓝色或黑色）花纹布大褂。出门时像其他中国人那样穿上贵重的好衣服。那些在各省居住的穿中国粗布衣服、好似名副其实的庄稼汉，只是比庄稼人整洁些。 东正教教团的不自信还从一个小插曲中有所反映，18世纪初，从北京回来的费力蒙辅祭散布了一个不实的传闻，就是康熙皇帝似乎要接受洗礼，而这是受到其身边的天主教传教士如汤若望、南怀仁等的影响。这自然不是事实，不过受到这个刺激，俄国加深了对中国派遣教团的努力。 不过，第五届传教团时，大司祭阿姆夫罗西本人也都穿满人或汉人的服饰，这样出门就不会被中国人视为怪物。北京东正教教团还曾向本国请示，因为中国北方太冷，能否在洗礼时加入温水。这说明东正教也在学习天主教的入乡随俗。
