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中央银行的内部机构设置，是为了保证中央银行顺利行使其职能，准确、有效地进行中央银行的业务操作。纵观世界各国的中央银行，尽管其内部机构设置不尽相同，名称也有差异，但总体来看，都是根据其担负的任务，按照高效率和便于配合协调等原则设置的。这些任务通常包括货币政策的组织实施、与各类金融机构的业务往来、金融监管等等。
一般来说，中央银行具有“发行的银行”、“银行的银行”和“政府的银行”三大基本职能。不同的国家因应其不同的发展阶段和实行的社会制度，其中央银行肩负的职能也有差别。第一种是一元式的中央银行。是指一个国家只设立一家统一的中央银行行使中央银行的权力和履行中央银行的全部职责。中央银行机构自身上下是统一的，机构设置一般采取总分行制，逐级隶属；第二种是二元式的中央银行。这是指中央银行体系是由中央和地方两级相对独立的中央银行机构共同组成，中央级中央银行和地方级中央银行在货币政策方面是统一的，中央级中央银行是最高金融决策机构，地方级中央银行要接受中央级中央银行的监督和指导；第三种是复合式中央银行。国家并不专门设立专门具备中央银行职能的中央银行，而是由一家集中央银行与商业银行职能于一身的国家大银行兼行中央银行职能。这是中央银行发展的初级阶段，但在一些实行计划经济的国家也有这样形式的设计；第四种是准中央银行。这种国家通常不设完整意义上的中央银行，而是设立类似中央银行的金融管理机构执行部分中央银行的职能，并授权某个或若干个商业银行也执行部分中央银行职能的中央银行制度。 但是不管履行的职能是否完整，只要是中央银行，其具体部门一般都包括金融机构业务往来部门、货币政策操作部门、货币发行部门、组织清算部门、金融监管部门、统计分析部门、研究部门、行政管理部门、服务部门和后勤保障部门等。因应中央银行在不同历史时期的不同作用，其职能是有变化的，相应的其职能部门的设置也有调整。像日本中央银行内部机构就有发行局、国库局、国债局、管理局、调查统计局、储蓄推进局、监察局等；而法国的中央银行内部机构则有发行局、贴现局、信贷局、国外业务局、银行管理局和业务局等；中国人民银行则还设有货币金银局。 各国中央银行内部机构的不同设置，其目的都是为了充分发挥中央银行的作用，切实保障国家金融稳健运行。通过中央银行对国家宏观经济的控制和调节，带动宏观经济的协调发展，促进生产、流通，最终达到推动经济结构和比列调整的目标。
