爱华网2003年9月，陈峰北上参与《新京报》的创办工作，担任《新京报》北京新闻部主编。《新京报》是南方报业传媒集团和光明日报集团合作创办的新报纸，创办伊始，《南方都市报》成建制地派遣采编、经营人员到北京。陈峰的老上司杨斌也北上，陈峰则追随过去。陈峰在广州做过时政报道，为此杨斌让他负责《新京报》的时政新闻，而不是深度报道。陈峰担任主编期间，试验了很多的文体，培养新记者。2004年，南都案爆发。《南方都市报》高管喻华峰、李民英因贪污公款的罪名被判刑，程益中后被无罪释放，这是一个震动新闻业界的案件，也被视为司法部门打击媒体的一则冤案。业界认为，孙志刚案件报道和南都案件有一定的牵连。陈峰对此深感不安，2004年3月21日，陈峰发表了一封公开信。公开信呼吁广州市有关方面领导人，在喻华峰和程益中两人的案件中，应正确发挥影响力，尽快用实际行动解除公民的疑虑，澄清外界传言，以正国内外视听；同时也呼吁广东省委、省政府确保程益中和喻华峰两位新闻从业人士能得到公开、公正、公平的对待。转眼到了2005年年底，陈峰又一次辞职。陈峰的老上司王跃春跳槽到搜狐担任常务副总编，也把陈峰挖到搜狐担任新闻中心副总监。2005年前后，南方报业传媒集团的采编人员流向网络媒体公司的情况比较多，尤其是三大门户网站之一的网易，其编辑部高管大部分来自南方报业传媒集团。南方报业传媒集团作为国内最为优秀的传媒机构，其采编人员辞职后，往往不愿意再到其他的传统媒体中工作，或者到其他传统媒体工作后难以适应又会再次辞职。
与此同时，随着网络媒体影响力的日益增大以及财务上的改善，网络公司已有实力聘用传统媒体的优秀人才。新浪、搜狐、网易这三大媒体对传统媒体人而言有足够的吸引力，加之网络那时也想提升新闻的品质，也有意请传统媒体人过来掌管新闻工作。于是，双方你情我愿，南方的传统媒体人纷纷投奔网络媒体公司。像《南方周末》的多名知名记者集中在网易、腾讯，担任总编辑或者副总编辑一职。但是，传统媒体和网络的业态存在很大的差异。如传统媒体的企业文化是抵触商业文化，而网络媒体则是十分强调投入与产出比，迎合用户的需求。同时，编辑部门在网络公司中的地位并不高，总编辑也只是一名普通的中层干部，上面有诸多的“婆婆”管理，让一贯备受重视的传统媒体人难以适应。加之网络编辑采取的技术手段比较多，也使得传统媒体人倍感压力。虽然工作量比以往增加了数倍，自己的笔记本电脑从早上7点到晚上9点都一直开着，但陈峰并不想回传统媒体。在陈峰的眼中，传统媒体的影响力式微，从长远来看没有前途，而网络媒体尽管现在还存在诸多的问题，但再经过些年的成长与完善，网络媒体能够培养出一批优秀的网络采编人才。
