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加盟店不按时缴纳货款，也是特许双方合作中常见的纠纷话题。探究其原因，主要是因为加盟店平日向总部反映的问题没有得到真正解决，或加盟店认为总部在资源配置与服务上偏重直营店，而心生不满，于是以拖延货款作为对总部抗议的手段。第二个原因，是加盟店怀疑总部使用管理的方式。加盟店遵守合约规定，向总部缴纳一定的管理费用，当然有权知道总部是怎样花这些钱的，如果总部的回答语焉不详，没有办法向加盟者提供具体的资料，因此指望加盟店乖乖地上缴货款，当然不太容易。第三个原因，是由于加盟店自身财务状况所致。
总部面对加盟店不按时付款的问题时，不应该武断地判定都是加盟店的责任。因为对于加盟店反应的问题没有得到总部真正解决，通常是向总部辅导沟通部门出现了问题。为了避免这类争议的出现，总部应采取公开说明的做法，在召集各加盟店长开会的时候，针对总部的年度商品采购计划，逐项加以说明，让加盟店了解总部预定执行的商品进销存及对账、付款的方式，彼此也可借此机会交换意见，打消加盟店对总部的怀疑。
加盟店得到总部帮助的同时，按照合约规定的期限准时给付货款，本是合作过程中应该遵守的原则。加盟店拖延付款发生的频率和次数过多的话，总部应该加以警觉，反思是否制度运作出了问题。如果是的话，应立即加以改善，以免造成更多的冲突与损失;如果不是因为加盟店不赚钱，而是加盟者挪用该付给总部的款项，总部则应减少该加盟店的进货量、进货次数，或改以每日结算方式，甚至直接解除合约。这样，才能维护总部正常运作，确保总部权利不受侵害。
