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海鲜中的病菌主要是副溶血性弧菌等，耐热性比较强，80℃以上才能杀灭。除了水中带来的细菌之外，海鲜中还可能存在寄生虫卵以及加工带来的病菌和病毒污染。一般来说，在沸水中煮4-5分钟才算彻底杀菌。因此，在吃“醉蟹”、“生海胆”、“酱油腌海鲜”之类不加热烹调的海鲜一定要慎重，吃生鱼片的时候也要保证鱼的新鲜和卫生。
贝类本身带菌量比较高，蛋白质分解又很快，一旦死去便大量繁殖病菌、产生毒素，同时其中所含的不饱和脂肪酸也容易氧化酸败。不新鲜的贝类还会产生较多的胺类和自由基，对人体健康造成威胁。选购活贝之后也不能在家存放太久，要尽快烹调。过敏体质的人尤其应当注意，因为有时候过敏反应不是因为海鲜本身，而是在海鲜蛋白质分解过程中的物质导致的。
在吃海鲜时最好别饮用啤酒。虾、蟹等海产品在人体代谢后会形成尿酸，而尿酸过多会引起痛风、肾结石等病症。如果大量食用海鲜的同时，再饮用啤酒，就会加速体内尿酸的形成。所以，在大量食用海鲜的时候，千万别喝啤酒，否则会对身体产生不利影响。
吃完海鲜不宜吃水果。鱼、虾、蟹等海产品含有丰富的蛋白质和钙等营养素。而水果中含有较多的鞣酸，如果吃完海产品后，马上吃水果，不但影响人体对蛋白质的吸收，海鲜中的钙还会与水果中的鞣酸相结合，形成难溶的钙，会对胃肠道产生刺激，甚至引起腹痛、恶心、呕吐等症状。最好间隔2小时以上再吃。
吃完海鲜不宜喝茶的道理与不宜吃水果的原因类似。因为茶叶中也含有鞣酸，同样能与海鲜中的钙形成难溶的钙。在食用海鲜前或后吃海鲜，都会增加钙与鞣酸相结合的机会。因此，在吃海鲜时最好别喝茶。同理，也是最好间隔2小时以上。
任何海鲜都只有在高度新鲜的状态下才能做成清蒸、白灼之类的菜肴。水产海鲜与肉类不同，它们体内带有很多耐低温的细菌，而且蛋白质分解特别快。如果放在冰箱里多时，虾体的含菌量增大，蛋白质也已经部分变性，产生了胺类物质，无论怎么样都达不到活虾的口感、风味和安全性，当然也就不适合白灼的吃法了。不过，冰鲜的虾可以高温烹炒或煎炸，同时也能呈现出美味噢。
多种海产品，如虾、蟹、蛤、牡蛎等，体内均含有化学元素砷。一般情况下含量很小，但日益严重的环境污染可能使这些动物体内砷的含量达到较高水平。虾体内所含砷的化合价是五价，一般情况下，五价砷对人体是没有害处的。理论上讲，高剂量的维生素C（一次性摄入维生素C超过500毫克）和五价砷经过复杂的化学反应，会转变为有毒的三价砷（即我们常说的“砒霜”），当三价砷达到一定剂量时可导致人体中毒。
据专业人士解释，一次性摄入50个中等大小的苹果或30个梨或10个橙子或生吃3斤以上的绿叶蔬菜，才会大剂量地摄入维生素C。如果经过加热烹调过程，食物中的维生素C还会大打折扣。因此，在吃海产品的同时食用水果或青菜，只要不超过上述的量是没有危险的。金属类元素容易沉积在海鲜的头部，所以尽量不要吃虾头、鱼头。
如果海鲜已经高温彻底烹熟，么只需马上放入冷藏室，下餐加热后即可食用。如果海鲜并未经过充分加热，但已经死去，那么应当放进冷藏室，下一餐之前化冻，然后彻底加热烹熟，不要再贪恋生鲜口感。由于海鲜类食品的蛋白质质地细腻，分解很快，拿回家之后应当在一天之内食完，不要长时间存放。
