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抗生素以前被称为抗菌素，事实上它不仅能杀灭细菌而且对霉菌、支原体、衣原体、螺旋体、立克次氏体等其它致病微生物也有良好的抑制和杀灭作用，近年来通常将抗菌素改称为抗生素。
针对目前抗生素滥用和耐药细菌增加的现状，澳大利亚isaacs报告了新生儿期如何合理使用抗生素。
正确使用抗生素
晚期新生儿败血症：1987年，在牛津，用青霉素g和庆大霉素治疗临床怀疑的早期新生儿败血症(生后48小时以内)，用氟氯西林和庆大霉素治疗临床怀疑的晚期新生儿败血症。以后，早期新生儿败血症的病原菌变化甚微，b族链球菌和大肠埃希菌仍然是主要的致病菌，其经验治疗仍采用青霉素g或氨苄西林与一种氨基糖甙类抗生素联合应用。可是，晚期新生儿败血症的病原菌发生了改变。在澳大利亚、美国、英国及许多其他国家，凝固酶阴性葡萄球菌是晚期新生儿败血症最常见的病原，占50%以上，且大多数对甲氧西林耐药(澳大利亚占90%以上)。
万古霉素和耐万古霉素病原菌：随着葡萄球菌感染的增加，很多澳大利亚和英国新生儿病房，将万古霉素用作可疑晚期新生儿败血症的一线经验用药之一。万古霉素是一种糖甙类抗生素，对大多数革兰阳性菌有效，对革兰阴性菌及厌氧菌无效。目前尚无有效抗生素治疗的耐万古霉素革兰阳性菌的出现令人担心。最早出现的是耐万古霉素肠球菌，以后又出现耐万古霉素金黄色葡萄球菌。
氟氯西林：由于危险较小，人们把氟氯西林和氨基糖甙类抗生素作为一线药物，除非血培养为凝固酶阴性葡萄球菌(或革兰阳性球菌)才改用万古霉素。
氨基糖甙类：氨基糖甙类抗生素既便宜又有效，但有3个问题影响其应用：1耐药性;2与第3代头孢菌素不同，氨基糖甙类抗生素通过无炎症脑膜能力差;3检测氨基糖甙类抗生素血药浓度费用较贵。
第三代头孢菌素：由于氨基糖甙类存在的问题，许多新生儿病房使用第3代头孢菌素来治疗可疑晚期新生儿败血症。第3代头孢菌素是一种广谱抗生素，对大多数革兰阴性菌及许多革兰阳性菌有效。然而，长时使用，可致真菌感染。1983年，德国首次报道了产超广谱β内酰胺酶革兰阴性菌的出现，显然与滥用第3代头孢菌素有关。(archdischildfetalneonataled2000，82∶f1)
总之，对于可疑晚期新生儿败血症，如病房无耐甲氧西林金黄色葡萄球菌且患儿脑脊液正常时，首选氟氯西林和氨基糖甙类抗生素(如庆大霉素)。在暴发流行时或患儿脑脊液不正常时，可选用第3代头孢菌素。缩短抗生素的疗程非常重要。如果新生儿没有肺炎，从气管插管吸出物中培养出细菌可作带菌处理，不是感染，不必用抗生素。对存在有创性器械(如脐动、静脉插管，胸腔引流管，甚至气管插管)病儿预防性使用抗生素，不能预防败血症的发生，并有可能导致多重耐药菌株的出现。
isaacs认为，1合理使用抗生素，严格控制抗生素的使用;2尽可能使用窄谱抗生素;3保留强广谱抗生素以后需要时应用;4如果血培养阴性，2～3天后尽早停用抗生素;5治疗败血症而不治疗带菌状态;6如果没有确切有效证据，不预防性使用抗生素。
