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全书的引子是《明史》一案，吴之荣告发、鳌拜下令严查、江南无数读书人惨遭牵连，乃是清初最著名的文字狱。而通过顾炎武、黄宗羲、吕留良三位大儒的口述，引出了两个人，一个是天地会总舵主陈近南，另一个是大力将军吴六奇。
吴六奇沦落街头时曾受名士查继佐(字伊璜)之恩，日后发达并身居高官，又在《明史》案中救了查继佐。这段令人津津乐道的传奇并不是金庸原创，早在蒲松龄《聊斋志异》中就已记述过(不过名字叫做「吴六一」)，而查继佐是金庸祖上先辈。引入这个故事一是为了增加剧情的趣味性，二也是为纪念先人。
不过，历史上的吴六奇除了救人报恩一事之外，并不算多么正义的人物，主要原因是他身为明朝总兵却率部降清，并在清朝身居要职。而故事中的吴六奇是个慷慨豪迈的奇男子，暗地里反清复明，结交仁人志士，还做了天地会红旗香主，只可惜最后身遭暗害。
而那个告密小人吴之荣，史载他死于疟疾。书中安排韦小宝带他去庄家灵堂后活活吓死，也算是出了一口恶气吧。
鳌拜身为辅政大臣，在索尼死后大权独揽，又擅杀苏克萨哈、在朝中跋扈嚣张甚至连皇上都不放在眼里，最后终于被长大成人的康熙帝亲率一群习武的少年人擒获，这是百分之百的史实。但里面加了个韦小宝，戏剧化与惊险程度大增。
顺治偏宠董鄂妃、在她死后心灰意冷乃至剃度一事也是史实。而且师傅正是那个玉林禅师、连自己的法名都叫行痴――这些都和书中一致。但不同的是玉林深明世务，力劝皇帝虽可以学佛法、但身为天子不能真的出家为僧。顺治只好重新蓄发，但精神支柱垮掉的他不久就驾崩了，并没有跑到五台山去出家。
「永不加赋」是康熙后期的经济政策，也是国家政局安定后为了体恤民生而采取的措施。倘若在三藩未平、外患未除的情况下就这么搞，那简直是在开玩笑，属于自断手臂了。而且顺治的施政水平和他儿子天差地远，自己都未必能想出这四个字来。
书中有三个整日吃闲饭、拍马屁、贪钱财的官员：明珠、索额图、康亲王，之所以塑造成这样，那完全是为了趣味性以及衬托韦小宝了。
历史上的纳兰明珠是康熙朝中重臣，可不是那个唯唯诺诺、为人圆滑之极的马屁精。力排众议撤三藩、支持施琅的攻台计划都是他的功绩，不过全被揽到了韦小宝头上……
索额图则是扳倒鳌拜的功臣，平定三藩时也出了不少力气，而最大的功劳则是签订《尼布楚条约》，确立东北中俄疆界。这些功劳也归了韦小宝，他自己成了远远躲开战场的胆小鬼……
康亲王杰书更是一代名将，在三藩叛乱时临危受命，平定了耿精忠，而后进军福建，收复厦门、金门等地，把郑经赶回了台湾。这回总算没让韦小宝抢走，可他在书中也变成了个整日饮酒作乐的寻常王爷……
建宁公主嫁吴应熊确有其事，但韦小宝无论如何都没法赶上。因为真正的建宁不是康熙的妹妹，而是姑姑，比康熙大十三岁……她嫁给吴应熊时是顺治十年，第二年康熙才出生。
既然担任赐婚使一事不存在，那韦小宝在云南的种种见闻也都并不是实情了。日后三藩叛乱、吴三桂称帝后不久死亡等等均是史实，但此时韦小宝被软禁在通吃岛，没法参战，内心甚感遗憾。
正史中陈圆圆没有和李自成怎样，因为抢走她的是李手下大将刘宗敏。清兵入关后陈圆圆又被吴三桂抢了回来，并随他一起去了云南。至于结局如何，有人说是病死了，有人说她不愿和吴三桂的其他姬妾争宠而出家了，道号寂静，吴三桂叛乱被平后不知所踪。小说里选了后一种解释，其中她最大的功劳大概就是生了个女儿阿珂，顺便引出了九难师太等一系列剧情。
当然，如果有「百胜刀王」胡逸之时刻随侍在侧，那陈圆圆也能安度晚年了吧。
清初著名的河西四汉将：张勇、赵良栋、孙思克、王进宝，在小说中都成了韦小宝的结义兄弟。
赵良栋一出场时只是个不起眼的大胡子武官，因为不拍韦小宝马屁而留下了深刻印象。历史上赵良栋的性格也确实是耿直不阿，但人家并非默默无闻之辈，康熙初年已经升任总兵，正二品，也就是说韦爵爷视察天津驻军时如果他在场，那必然是总负责人，怎会连名字都记不住……
书中张勇、孙思克、王进宝是在吴应熊府中与韦小宝见面的，而且除了张勇是云南提督之外，孙、王都只是副将。这也与史实不同，张勇此时已调任甘肃提督十余年，后两人也是他麾下总兵，哪里还会受吴三桂节制?
不过这四人在平三藩之乱时都屡立战功，加官进爵倒是真的。另有一件轶事：张勇曾受过箭伤，走路不便，经常坐在轿里指挥战斗;书中改为被神拳无敌归辛树一掌击伤。
居然连这种细节都搬过来了，令人叹服。
葛尔丹王子和桑结喇嘛即是历史上的噶尔丹和桑结嘉措，一个在蒙古夺了准噶尔汗位后意欲入侵大清，另一个隐匿五世达赖圆寂的消息，假借其名号令青藏地区。而且两人勾结也是实情，互相为对方的野心造势。
多年之后噶尔丹被康熙亲征所灭，桑结的种种阴谋也已败露。此时的桑结连忙推出一个傀儡作为六世达赖，即传奇诗人仓央嘉措。但这并没能挽救他的失势，不久后桑结就在西藏各势力内斗中被和硕特汗王拉藏所杀。
三藩叛乱时康熙为免外患，容忍了两人的种种跋扈行为并各加封赏。小说中则把这部分功劳也归于韦小宝从中调停顺便又结拜了两个兄弟……
郑家在台湾的内斗，如冯锡范、刘国轩支持次子郑克
