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与曹锟极为熟稔的第三镇参谋官杨雨辰后来也在其回忆录中说：“这场兵变是有预谋、有组织而发动的，是袁氏父子早在数日前就蓄谋制造的乱局。”根据杨雨辰的回忆，兵变前的2月21日，袁世凯长子袁克定曾在其公馆召集姜桂题、曹锟、杨士琦等北洋要人谈话，要他们将南方代表“吓回去再说”。次日袁克定又把曹锟单独叫去，随后曹便召集手下布置具体事宜。杨雨辰此说与唐绍仪的回忆倒是能够相互印证。
还有一个问题不可不提，参与兵变的乱兵起初只是放枪，不杀人、不奸淫、不动官家财物、不犯租界，他们抢劫的目标主要是当铺、金店、银号、钱铺、粮店、绸缎庄以及百货店等，乱兵嘴里还高声嚷嚷着“宫保(指袁世凯)要走了，我们没人管了”，世上竟有如此井然有序、彬彬有礼的变兵？再者，据说袁世凯手下主管内务的警察头子赵秉钧当天就已传令全城巡警不得干预乱兵。这一切都说明兵变事先早有部署，而其中最有可能的主谋就是袁世凯。
但也有学者认为，将这次兵变指为袁世凯的预谋，目前还缺乏直接的史料来证明，如果贸然下结论似有“因人定罪”之嫌。这便是关于“北京兵变”的第二种说法：与袁世凯无关说。
实事求是地说，作为在政坛浸染多年的老手，袁世凯应该有很多办法达到自己不离开北京的目的。
事实上支持他的各方势力也不在少数，其中甚至包括像蔡锷这样的非北洋实力派人物，所以说，袁氏完全没有必要煽动兵变，玩火自焚。他的女儿袁静雪在《我的父亲袁世凯》中也透露说：“兵变的借口是反对我父亲离开北京。事后听说这次兵变的把戏，是我大哥串通第三镇统制曹锟搞起来的。我父亲事先并不知道。”
袁世凯有一个叫陶树德的侍卫，曾写过一篇记述北京兵变的文章，颇具史料价值：“据我所知，当兵变时，袁正在石大人胡同外交大楼临时总统府楼上看公事。突然闻变，即传梁保森给曹锟打电话，梁原系袁任直隶总督时的中军(相当副官长)……正赶那天他去前门外吃春酒，遍找无着，袁十分急躁。此时楼窗玻璃已被枪弹打破数处，袁仍不肯下楼。内卫傅国宝见势危急，即强掖袁下地窖休息。工夫不大，见曹锟来伏地请罪，根据此种经过非袁授意已明。”陶树德估计兵变可能与当时传言的裁兵、减饷有关，作为袁氏身边的亲随，他的这个说法有一定的可信度。
不管袁世凯是不是这次兵变的主谋，但他的确是这一事件的最大受益者。从这个角度讲，“北京兵变”改变了中国历史的进程。
