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，1951年同济大学图书馆医学部分图书及医学院图书室随学院从上海迁至武汉，与原武汉大学医学院图书室合并组成中南同济医学院图书馆，1955年更名为武汉医学院图书馆，1985年改名为同济医科大学图书馆，2000年合校后名为华中科技大学同济医学院图书馆，2006年更名为华中科技大学图书馆医学分馆。本馆是为学校教学、科研、医疗和管理决策服务的医学文献信息中心，是同济医学院的文化中心，也是湖北省医学文献收藏开发利用中心。由于馆内德文文献比较丰富，是本馆的特色藏书，因此本馆也是中国的德文医学文献中心。
1990年，在全省率先实现图书馆采编、流通、文献查询等业务工作的计算机管理。
1992年，开通了MEDLARS国际联机终端。同年被湖北省图书馆情报工作协调委员会评为“湖北省研究级藏书单位”。
1993年，被卫生部授权为首批卫生部医药卫生科技项目查新咨询单位。
1994年，在湖北省高等学校“办馆条件和文献加工水平”评估中被评为“优秀级图书馆”。
1996年，图书馆局域网与校园网连通，可通过CERNET进行国内外文献信息的检索和查新。
2000年，在湖北省高等学校“读者服务测评”评估中被评为“优秀图书馆”。
2000年合校后，根据图书馆的发展需要和我馆实际情况，按照“精简机构、提高效能”的改革精神，医学院图书馆机构调整为四部一室：文献资源部、文献流通阅览部、多媒体技术服务部、信息咨询部和办公室。
2002年，建成现代化的多媒体阅览室。
2003年，更新了图书馆自动化管理系统，构建了一个主干为千兆、百兆交换到桌面的高带宽、高可靠的网络平台。
2006年，更名为华中科技大学图书馆医学分馆，机构调整为：读者服务部、参考咨询部、技术部和办公室。
2010年5月新馆开馆，馆舍面积12000多平方米，阅览座位1200余个，开放时间达到98小时/周。截止2011年11月底，馆藏总量累计近50万册，其中外文期刊有英、德、日、法、俄文4000余种，中文现刊1300多种，外文现刊200多种。
主要服务项目有：图书借阅、期刊阅览、文献复制、文献传递、上网服务、图书荐购、学位论文提交、学科服务、医学科技查新、医学情报调研、医学信息咨询、代查代检、定期进行各类读者培训、接受外单位人员进修等。
