爱华网水系
有几条河源自撒哈拉沙漠外，为沙漠内提供了地面水和地下水，并吸收其水系网放出来的水。
尼罗河的主要支流在撒哈拉沙漠汇集，河流沿著沙漠东边缘向北流入地中海;有几条河流入撒哈拉沙漠南面的乍得湖，还有相当数量的水继续流往东北方向重新灌满该地区的蓄水层;尼日河水在几内亚的富塔贾隆地区上涨，流经撒哈拉沙漠西南部然后向南流入海。
从阿特拉斯山脉和利比亚、突尼斯、阿尔及利亚以及摩洛哥的沿海高地流入的溪流和干河床(季节性溪流)提供了额外的水量。
尤其引人注目的是与提贝提斯山脉相关的干河床、湖泊、池塘组成的综合网络，以及塔西利-恩-阿耶(Tassili-n-Ajjer)和阿哈加尔山脉的类似网络，如塔曼拉基特(Tamanrasset)河。撒哈拉沙漠的沙丘储有相当数量的雨水，沙漠中的各处陡崖有渗水和泉水出现。
土壤
撒哈拉沙漠的土壤有机物含量低，且常常无生物活动，尽管在某些地区有固氮菌。洼地的土壤常含盐。沙漠边缘上的土壤则含有较集中的有机物质。
撒哈拉沙漠干旱地貌类型多种多样。由石漠(岩漠)、砾漠和沙漠组成。石漠多分布在撒哈拉中部和东部地势较高的地区,尼罗河以东的努比亚沙漠主要也是石漠。砾漠多见于石漠与沙漠之间,主要分布在利比亚沙漠的石质地区、阿特拉斯山、库西山等山前冲积扇地带。
沙漠的面积最为广阔,除少数较高的山地、高原外,到处都有大面积分布。
著名的有利比亚沙漠、赖卜亚奈沙漠、奥巴里沙漠、阿尔及利亚的东部大沙漠和西部大沙漠、舍什沙漠、朱夫沙漠、阿瓦纳沙漠、比尔马沙漠等。
面积较大的称为“沙海”,沙海由复杂而有规则的大小沙丘排列而成,形态复杂多样,有高大的固定沙丘,有较低的流动沙丘,还有大面积的固定、半固定沙丘。
固定沙丘主要分布在偏南靠近草原地带和大西洋沿岸地带。从利比亚往西直到阿尔及利亚的西部是流沙区。流动沙丘顺风向不断移动。在撒哈拉沙漠曾观测到流动沙丘一年移动9米的记录。
撒哈拉沙漠的自然资源植物
撒哈拉沙漠植被整体来说是稀少的，高地、绿洲洼地和干河床四周散布有成片的青草、灌木和树。在含盐洼地发现有盐土植物(耐盐植物)。在缺水的平原和撒哈拉沙漠的高原有某些耐热耐旱的青草、草本植物、小灌木和树。
撒哈拉沙漠高地残遗木本植物中重要的有油橄榄、柏和玛树。高地和沙漠的其他地方还发现的木本植物有金合欢属和蒿属(Artemisia)植物、埃及姜果棕、夹竹桃、海枣和百里香。
西海岸地带有盐土植物诸如柽柳(Tamarix senegalensis)。草类在撒哈拉沙漠则广泛分布，包括下列品种
