爱华网1、参保对象不同
新农合必须是农村户口才可以办理，社保不一定。
2、缴费不同
社保缴费远高于新农合。
3、报销范围不同
新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，到市级以上医院报销比例相对社保较少，但两者都是随着医院的级别升高而降低。
4、两者只能择一报销
用社保报销，新农合就不可以报销;用新农合报销，社保就不可以报销。所以两者是冲突的。
5、门诊医疗有区别
社保在门诊这一块几乎是不怎么报销的，新农合在门诊上的报销比例相对较大。
关于新农合新型农村合作医疗，简称“新农合”，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
合作医疗是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。它为世界各国，特别是发展中国家所普遍存在的问题提供了一个范本，不仅在国内受到农民群众的欢迎，而且在国际上得到好评。在1974年5月的第27届世界卫生大会上，第三世界国家普遍表示热情关注和极大兴趣。联合国妇女儿童基金会在1980～1981年年报中指出，中国的“赤脚医生”制度在落后的农村地区提供了初级护理，为不发达国家提高医疗卫生水平提供了样本。世界银行和世界卫生组织把我国农村的合作医疗称为“发展中国家解决卫生经费的唯一典范”。
新农合门诊的报销范围(1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
(2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
(3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(5)中药发票附上处方每贴限额1元。
(6)镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
