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嘉庆即位不出数年，发生了天理教围攻紫禁城之变。天理教属于白莲教支派，是京畿大兴县人林清和河南滑县人李文成、冯克善等联合成立的一个民间秘密宗教。基本教众是贫苦农民和小生产者，也有少量的小地主和下层官吏入教，仅黄村一地即有万余家。嘉庆十六年秋天，西北天空出现彗星。钦天监说这象征有战争，报告嘉庆将嘉庆十八年闰八月改为十九年闰二月。天理教教徒因此附会说，闰八月不吉利；又因为天理教的经书中有“二八中秋，黄花落地”的话，更加以神秘化，说根据星象，应在九月十五日午时，乘嘉庆去木栏秋狝时，天理教就占领京城。于是，嘉庆十七年正月，各地教首聚会于滑县的道口镇，决定“以十八年九月十五日午时起事”。李文成又至大兴县黄村会见林清，约定由李文成先在滑县发动起义，河南、山东、直隶同时揭旗造反后，立即直趋京畿；林清则在京师城内响应，与李文成等起义军里应外合，夺取京城，占领清朝统治中心。
嘉庆十八年八月底，由于滑县天理教铸造军械机密失泄，李文成被知县强克捷逮捕入狱，打断双腿。李文成的党羽因为事情紧急，没有等到约定的期限，就在九月初七那天聚众3000多人，一举攻下滑县城，救出李文成等人，提前造反，知县强克捷被迫自杀（一说被杀），直隶的长垣、东明，山东的曹、定陶、金乡等县同时起来杀死官员，包围县城，成功拿下曹县与定陶县城。嘉庆在途中听到造反的消息，当即命令直隶总督温承惠派兵前去镇压。由于清军的堵截拦阻，起义队伍未能迅速北上。
而林清此时在北京对滑县之变毫无所知，仍按原计划进攻紫禁城：十五日一早，参加起义的京畿200多名天理教教徒分成东西两队，乔装改扮，潜伏在东华门和西华门外，由太监接应，开门入宫。西路的30多名起义者在冲进西华门后，打到隆宗门，亦有几名起义者准备由门外诸厢房越境进入养心殿。此时，正在上书房读书的皇次子旻宁（即后来的道光帝），闻变戎装上阵，登城垣，“发鸟殪之，再发再殪”。皇三子旻恺紧随皇兄之后，冲到苍震门，也发枪射击。午后，留京的礼亲王昭槤等人带兵由神武门增援，又临时将准备派往滑县镇压李文成起义的1000多名火器营官兵调入宫内狙击起义军，终把这一小支起义军残酷镇压下去。
此时，嘉庆帝正在热河围猎。闻讯后，曹振镛劝嘉庆一定要保持冷静，内阁大臣董诰极力请求嘉庆回京，甚至掉了眼泪（这就是“庸庸碌碌曹丞相，哭哭啼啼董太师”的由来）。嘉庆马上启程回京，并派吏部尚书英和先行处理善后事宜。英和回京后派人逮捕了林清和太监刘得财、刘金等。十八日，嘉庆帝草拟了“罪己诏”，哀叹这次“变生肘腋，祸起萧墙”，实为“汉唐宋明未有之事”。然后说：“旻宁系内廷皇子，在上书房读书，一闻有警，自用枪击毙二贼，余贼始纷纷潜匿，不敢上墙，实属有胆有识。朕垂泪览之，可嘉之至，笔不能宣。宫廷内地，奉有祖考神御，皇后亦在宫中。旻宁身先捍御，护保安全，实属忠孝兼备，著加恩封为智亲王。”十九日，嘉庆帝回到北京，诸王大臣迎驾于朝阳门内。皇帝感慨地说：“我大清以前何等强盛，今乃致有此事！”众大臣也都呜咽痛哭。
这次起义使清朝最高统治者第一次认识到自入关170年来，清朝的统治已潜藏着巨大的危机。嘉庆回宫后颁布“罪己诏”，承认这次起义“祸积有日”，但又把“当今大弊”归因于“因循怠玩”四字，同时声称要把起义者斩尽杀绝。
九月二十三日，嘉庆亲往中南海丰泽园审讯了林清和太监刘得财、刘金。廷讯开始，先命将刘得财、刘金二人带来，斥问为何“萌此逆谋”，并将二人夹打后处决。接着提审林清，林清在重刑面前毫无畏惧，坦然承认此次进攻紫禁城的目的就是要把皇帝赶回关东，嘉庆帝恼羞成怒。喝令将林清推出午门外凌迟处死，将首级送到直、鲁、豫地区示众。此后，嘉庆怒气未消，派兵火烧起义据点大兴县宋家庄，处决林清的姐姐、妻子。再三严令对其他被捕的起义者进行严刑审讯，施用了各种惨绝人寰的酷刑。最后把被捕者及其家属共300多人处死，或流放边疆，或在内地为奴。起义者的房屋、地产被查抄分赏给八旗官兵。嘉庆还发现，有6名起义的骨干分子在大搜捕中漏网，于是多次给各地官员下达搜捕令，并以巨金悬赏。最初规定凡捕获6人中的一人赏银3000两，后来又将悬赏价码提高一倍至6000两。但清廷长期抓不到他们，嘉庆指责未能抓到“六逆”正身的官员为“无耻、无能、废物”，直至他临终的前一年（嘉庆二十四年），还在大臣的奏折中批示：“有天良之大臣永不忘十八年之变，丧尽天良之辈早已付之云烟之外”，不厌其烦地告诫大臣要把镇压起义放在头等地位。
嘉庆皇帝在遇到上述两次变故之后，为了吸取教训，防患于未然，决定加强京师特别是紫禁城的防卫措施，以保证“大内”更加“固若金汤”。他的主要措施是：严密保甲法；搜缴1000本“奸盗邪淫”书籍，披阅后于殿廷烧毁；对太监严加管束，禁止随便走出紫禁城；不准八旗宗室、旗人居住城外；在京师城内及紫禁城、圆明园增设哨卡，添置、整修防御工事和设备，增加驻防军队；严格紫禁城内值班大臣的交接班制度等等。
在处理紫禁城之变的同时，嘉庆帝加大力度镇压天理教起义。最初，李文成占据滑县要率众北上，有个姓吕的教谕假装投降“教匪”，乘机出主意说：“当年四川、湖北的白莲教军队纵横天下9年，最后终于失败，是因为不占据城市，没有驻守的地方。如今咱们应该闭关自守，以等其他郡县的援兵到达，然后再一起北上，这才是万全之策。”李文成听信了吕教谕的话，在道口屯兵，给京城的天理教徒作后援。温承惠一看起义队伍没有动静，自己也就按兵不动。十月，嘉庆将温承惠撤职，派陕甘总督那彦成取代。那彦成，杨遇春到达卫辉，攻打道口，将道口占领了。同时，山东运使刘清、代理直隶总督章煦也把境内“教匪”肃清。而滑县城墙坚固，粮草充足，一时攻不下来。那彦成便与工部侍郎护军统领庆祥、陕西提督杨遇春、西安将军穆克登布、副都统富僧德、徐州总兵徐洪率领各路人马围攻滑县。十一月，李文成出走辉县司寨，想招集党羽，扰乱官兵后方，但被总兵杨芳追上，便放火自焚。十二月滑县县城被攻下，活捉“教匪”牛亮臣等人，将他们处死。
三省刚刚平定，陕西南山木商的工匠又因饥饿罢工、抢劫，聚众数千，将城镇焚毁。巡抚朱勋向嘉庆报告“教匪”再度闹事，嘉庆命令长龄、常遇春率兵前去镇压。以后又陆续发生多起起义暴乱。
湖月故事网《历史版.嘉庆篇》
