爱华网043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048-049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057-058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170-171暗阁中的死角（新出登场）
176-178与黑暗组织的再会（组织）
188-193危命的复活（新一，兰）
226-227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230-231谜一样的乘客（赤井登场）
258-259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269-270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271-272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277-278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284-285中华街雨中的似曾相识
286-288工藤新一NY事件
307-308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309-311与黑色组织的接触（组织）
335-336东都显影所的秘密（有神秘人）
338-3394辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340-341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343-344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案
346-347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
425黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场)
429-430无法回到从前的两个人(本堂)
462黑衣组织的影子年幼的目击者
463黑衣组织的影子奇妙的照明
464黑衣组织的影子谜样的高额报酬
465黑衣组织的影子珍珠的流星
466坚不可摧的雪人（前篇）
467坚不可摧的雪人（后篇）
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491红与黑的碰撞开端
492红与黑的碰撞血缘
493红与黑的碰撞疾呼
494红与黑的碰撞冥土
495红与黑的碰撞昏睡
496红与黑的碰撞侵入
497红与黑的碰撞觉醒
498红与黑的碰撞扰乱
499红与黑的碰撞伪装
500红与黑的碰撞遗言
501红与黑的碰撞嫌疑
502红与黑的碰撞洁白
503红与黑的碰撞决死
504红与黑的碰撞殉职
507卡拉OK房间的死角（前篇）
508卡拉OK房间的死角（后篇）
563侦探团VS强盗团（前篇）564侦探团VS强盗团（后篇）578 召唤危机的红色前兆579 黑色与13的暗示580 逼近的黑之极限581 摇曳的红色目标667 婚礼前夜（前篇）668婚礼前夜（后篇）671侦探团的夜想曲（案件）672侦探团的夜想曲（绑架）673侦探团的夜想曲（推理）674侦探团的夜想曲（波本）681命悬一线的恋爱转播（转播开始）682命悬一线的恋爱转播（穷途末路）683命悬一线的恋爱转播（现场突入）699逼近灰原秘密的身影（前篇）700逼近灰原秘密的身影（后篇）701漆黑的特快列车（MysteryTrain）（发车）702漆黑的特快列车（MysteryTrain）（隧道）703漆黑的特快列车（MysteryTrain）（交叉）704漆黑的特快列车（MysteryTrain）（终点）706解密的波本734 1小时特别篇 茱蒂的回忆与赏花的陷阱
还有些集案件本身没什么，其间就一两句话和组织的事有点关系或者哀的话暗藏玄机
130-131竞技场无差别胁迫事件(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
222-224招致死亡的人鱼传说（人鱼小岛签名册有宫野志保的名字）
242元太的灾难（好像提到GIN是左撇子)
246-247 网中的谜事件（哀和兰握手）
253-254本厅刑事恋爱物语(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
279 -280迷宫的阴暗（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息。发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRETMAKES AWOMANWOMAN.另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本的前人气女明星也出席了葬礼。）
289-290迷惘森林中的光彦（上下集）（有提到哀对组织气味已经不敏感了。和沼渊已一郎是组织一员的事。）
312-313染上夕阳的布偶（哀说了关于夕阳的话）
329-330金钱买不到的友情(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。)
