爱华网在地球的一个遥远的年代，人们已经获得了高度的机械文明，渐渐的，人们发现了新的能源－－“魔光”，而浓缩了魔光的力量的物质就是魔石。这种特殊物质可以释放出极其强大的能量，可以应用于科研和军事等许多方面。魔光的开发利用使人类的文明突飞猛进。
关于魔光和魔石的使用被一个称作“神罗”的巨大企业所控制，由于魔光的巨大应用价值，神罗很快就统领了整个星球，并全力投入开发魔光的工作中，魔光的使用遍及世界。然而，魔光中似乎隐藏着什么可怕的秘密……
魔光都市，是世界上最大的都市，也是神罗的总部所在地。这里终日被阴云所笼罩，是繁华的上等街市与充满暴力和穷困的贫民窟的集合。就在这繁华都市的一角，一个卖花姑娘正在慢慢地走着，轻轻地叫卖。这时她哪里知道自己背负着什么样的命运……
城市的另一角，雇佣兵克劳德正和反神罗军一起攻打一号魔光炉。反抗军的领袖，大个子巴瑞特告诉克劳德，魔光是星球的生命源泉，如果长期开采下去星球会毁灭。但是克劳德并不在意，现在他感兴趣的只是金钱和自己的生命。
作战还算顺利。在逃离时，克劳德看到了那个卖花姑娘。在惊慌的纷乱的人群中，她的出奇的镇静显示出了非凡的气质。虽然此刻时间无多，克劳德还是忍不住向她买下了一束花。
跟着巴瑞特好不容易逃到了他们的秘密基地－－一个小酒吧，那里的老板娘竟是克劳德儿时的玩伴迪芙！这时候，克劳德和巴瑞特为了报酬的事情争执了起来，不过既然有迪芙在旁边劝阻，克劳德当然也就不会再多说什么。
没想到这么快就要分离，在攻打下一次的目标－－5号魔光炉时却出了意外，克劳德险些跌死。不过，这一跌却使他终于和那个卖花姑娘走到了一起，而且知道了她叫艾莉丝。她真是一个奇特的姑娘，她的住处在这个昏暗肮脏的都市中简直就是个世外桃源，而且不知为何神罗也要抓她。她有一颗奇怪的魔石，和克劳德他们作战用的魔石不同，她的是一颗白色的魔石，而且从来不知道有什么用处。
-- 神罗不断地追逐着艾莉丝，同时也要颠覆巴瑞特的基地。众人虽然努力阻止，但还是没能守住基地；同时也中了敌人的调虎离山之计，艾莉丝也被抓走了。
神罗军临走曾说出了艾莉丝是什么“古代种”……巴瑞特的基地所在的7号街几乎被神罗整个炸毁了。
大家愤怒于神罗的恶行的同时也很奇怪，什么是“古代种”？难道艾莉丝不是和我们一样的人吗？大家在艾莉丝的母亲那里了解到，艾莉丝不是她的亲生女儿，她的真正母亲早已死去了；但是艾莉丝绝不是一个普通的女孩，她对死亡的态度，和她亲生母亲留下的那颗白色魔石……
大家为了救出艾莉丝，直接冲到神罗总部，意外地得到了同伴，狮子模样的“红色十三”，而且他竟然也会讲话！在他的帮助下，大家终于打败了神罗的试验体，但是却被抓到了监牢。不过在这里，大家又了解了关于“古代种”的一些事情。
古代种是数千年前的自称“塞特拉”的民族，现在似乎已经灭绝；只有古代种知道“盟约之地”的地点，那里有无穷的魔光能源……艾莉丝是古代种的后代，她可以和星星交流，但是她也只是能够听到许多人在讲话，而不能了解它的意思……
一夜之间，神罗大厦中的所有人似乎都被杀死了，情景实在可怖。这肯定是样品怪物杰诺瓦干的！但是最令克劳德惊诧的是杀死神罗董事长的长刀，那是曾是最强的战士－－萨非罗斯的刀！难道他还没有死吗？
众人趁机逃出了魔光都市。克劳德念念不忘萨非罗斯的事情，他向大家讲起了自己的往事……
5年前，克劳德曾随萨非罗斯调查故乡附近的废弃的魔光炉，在这里发现神罗的博士宝条正在利用魔光制造怪物。萨非罗斯非常愤怒，在任务完成后，萨非罗斯用了很多天独自在神罗秘密实验室中查询资料。当他再次出现时，整个人都变了，杀害了迪芙的父亲，还防火烧毁了整个村子，并说要到“盟约之地”去。克劳德追至魔光炉，正看到萨非罗斯一刀斩落了迪芙。愤怒的克劳德拔刀冲向萨非罗斯……
后来的事情克劳德完全不记得了，但是他清楚自己是不可能在萨非罗斯的刀下活过来的；而迪芙也不知道自己是怎样活下来的。后来，听说萨非罗斯死了，可现在……
讲完的时候，迪芙的表情有些异样，似乎有什么话要说。
众人开始了追踪萨非罗斯的旅程。旅途中，大家结识了新同伴凯特·西、僵尸文森特和忍者尤菲。而巴瑞特和红色十三也各自在故乡回忆起了自己辛酸的经历……
巴瑞特的故乡当年曾为是否装配魔光炉而有过争论，巴瑞特的好友戴恩不同意安装，但是巴瑞特却因为不忍心看到村民继续过贫穷的生活而说服了戴恩。然而魔光炉爆炸了，神罗却推说是村民的责任而进行屠杀。在逃跑的过程中，巴瑞特的妻子不幸遇难，戴恩落下悬崖，而巴瑞特为了救戴恩而失去了手臂。
在巨大娱乐都市中，发现了令一个手臂上装枪的男人在滥杀无辜，巴瑞特知道那一定就是戴恩。面对神志早已失常的老友，巴瑞特终于扣动了扳机……而戴恩也终于在临死前恢复了神志。
红色十三在自己的故乡也说出了自己的过去。原来，红色十三原名是拿拿歧，他们一族一直担负着保卫这个峡谷和古代种。但是，在一次异族的进攻中，他的母亲战死，而父亲却临阵逃脱。红色十三一直以父亲为耻。
这里的长老带领红色十三来到了封印已久的神秘洞穴，在这里，红色十三惊奇地看到了自己的父亲，他已经化为一座石像，身上插满了敌人的长矛。原来，红色十三的父亲为了不让敌人从这条秘道侵入，一个人在这里死守，并请求长老将暗道封印起来，并且永远不再向人提起，自己则背负起懦夫的罪名……
最后，众人终于来到了克劳德的故乡，但是他们惊奇地发现村子似乎并没有象克劳德所说的那样被烧过，让人觉得有些不可思议。这个时候迪芙似乎又有话要说，但是还是没说什么。众人调查了村中的神罗别墅，意外地在地下室中发现了宝条博士制造的人造人－－文森特，受到神罗人体试验摧残的文森特在沉睡了多年之后，毅然地加入了克劳德他们。
终于，在图书馆中，众人见到了萨非罗斯，克劳德在与他的交谈中得知萨非罗斯要去古代种的神殿。在与克劳德说完这些之后，萨非罗斯飞走了。
克劳德等人沿着萨非罗斯飞去的方向追入了村子北面的山中，这里的一切都是那么的熟悉，那一段往事不断地闪现在克劳德的眼前，而每一次却都似乎略有不同……
一直追过了山，也没有看到萨非罗斯的影子，于是众人进入了山脚下的一个小村子。这里有一个火箭发射场。克劳德他们找到了负责火箭研究的工程师席德，了解到这火箭原本是用来进行神罗的宇宙开发计划的，但是在发射的一刹那，席德意外地发现自己的助手－－一个年轻的姑娘还在火箭上，为了救他，席德放弃了自己一生的梦想，阻止了火箭的发射，而计划也就因此被停止了。谈到这里的时候，席德似乎很不高兴，因此也就对克劳德想借用他的飞机的事情不屑一顾。在这个时候，神罗的社长突然来到了这里，席德误以为计划又要重新开始，兴奋之后才知道神罗只是想取走那架飞机。
在席德的助手的帮助下，克劳德他们抢先一步抢到了飞机，并和席德一起试图逃走，但是飞机却被神罗击中，被迫降落在海上。
众人没有办法，只能把飞机当做船使，一路向西来到一片大陆。上岸的时候，尤菲提醒众人这里很危险，可是当克劳德他们应付一小队神罗士兵的时候，她居然将众人身上的魔石全部偷走后逃走了。一路追到了一座很有中国古代特色的城市，这里是尤菲的故乡。在经历了一番周折后，终于捉到了尤菲，而她也终于诚心诚意地加入了。
众人又回到了娱乐都市，因为据说古代种神殿的钥匙就在娱乐都市的园长手中。因为克劳德曾经帮助园长解决了戴恩的事情，所以没费什么力气就得到了园长赠送的钥匙。因为缆车意外地出现了故障，当晚众人只能睡在娱乐都市里面，可是意外又发生了……
凯特·西竟然偷走了古代种神殿的钥匙，并交给了神罗。在大家的质问下，凯特·西承认自己是神罗的间谍，而他身下的布偶是受神罗控制的，所以他自己也没有办法。众人了解了凯特·西的苦衷后，决定追随神罗去往位于南方小岛的古代种神殿。
来到刻有古代种知识的壁画之间的时候，萨非罗斯的身影在这里不停地闪现，让人感觉到他就应该在附近。在战胜一头巨龙之后，克劳德找到了威力强大的黑魔石，萨非罗斯到这里的目的也就是它。但是，魔石一被取走，神殿也就将随之倒塌，克劳德于是决定离开，这个时候，凯特·西后悔自己把钥匙交给神罗，决定用自己的身体来换取黑魔石……
神殿倒塌了，克劳德得到了黑魔石，而更令人惊喜的是，凯特·西居然没有死，只不过换了一个身下的布偶！但是，就在这时，萨非罗斯出现了，令所有人惊异的一幕突然发生了：克劳德似乎受到了萨非罗斯的控制，不由自主地将辛辛苦苦得到的黑魔石交给了萨非罗斯！然后，一道白光闪过……
梦中，艾莉丝的身影不断地在梦中闪现，而她的话语也隐约从远方传来。
“克劳德，我要走了，我要去古代种的文明之都，寻找对抗萨非罗斯的力量……”
克劳德从梦中惊醒的时候，知道了自己做了什么，几乎丧失了战斗的信念。但是在巴瑞特和迪芙的帮助下，克劳德终于明白了，要了解他自己的秘密，必须打倒萨非罗斯。众人告诉他艾莉丝不知道到哪里去了，于是大伙出发去寻找艾莉丝。
眠的森林，这里就是克劳德梦中的地方，后面就是古代种的都市了。在古代种的都市里面，克劳德他们发现了一条通往地下的水晶道路，顺路走下去，来到了神殿。艾莉丝果然在这里，她跪在地上祈求着什么。克劳德慢慢地走近，却突然精神恍惚地拔出了刀，慢慢地向艾莉丝砍去……
一道白光，艾莉丝的胸口插入了一柄刀。
那不是克劳德的刀，迪芙的喊声在关键时刻唤醒了他。
那是萨非罗斯的刀！
一颗白色的魔石从艾莉丝的身上滚落，沉入了神殿下面的水潭中。
愤怒的克劳德无法阻止飞去的萨非罗斯，只能流着眼泪把艾莉丝的身体轻轻地
放入了水中，美丽的姑娘慢慢沉入了水底。
背负着巨大的伤痛，克劳德又上路了。为了追寻萨非罗斯，一行人向极北的约束地带进发。途中，他们路过了艾莉丝的故乡，从那里的一间小屋里面，克劳德了解到了艾莉丝出生的经过。经过艰苦的旅程，众人登上了大冰原的山顶，这里原来是一个巨大的陨石坑！而坑的中央就是约束地带。
在不断的追击中，克劳德终于找到了萨非罗斯，就在这个时候，一个熟悉的幻觉又闯入了克劳德的脑海，还是那次随萨非罗斯调查魔光炉的经过。然而，这次的回忆似乎和以前有了很大的不同，依稀中，克劳德似乎听到了跟随而来的宝条的话……
“克劳德，你和萨非罗斯一样，是他的复制品……”
克劳德的思维再一次混乱了，他唤醒了萨非罗斯的真正力量。约束地带毁灭了，变成了一个巨大的空洞，上面还有结界保护。
随后乘坐飞空艇赶来的神罗抓走了巴瑞特和迪芙。当迪芙从昏迷中醒来的时候，巴瑞特打开了窗户，让她看到了一幅可怕的景象，天空中竟然有一颗巨大的红色陨石缓缓下落！原来由于萨非罗斯真正力量的觉醒，黑魔石中的究极魔法终于发动了，这个世界马上就要毁灭……
然而，此刻迪芙更担心的是克劳德在约束地带毁灭时落入了海中，生死不明……
神罗正要处死巴瑞特和迪芙的时候，一只巨大的史前生物突然袭击神罗的基地，巴瑞特，迪芙和赶来帮助的凯特·西一起乘坐飞空艇趁机逃了出去。
飞空艇降落在世界东南方的一个小岛上，岛上有一个温泉村。在与村民的交谈中，众人得知几天以前，一个昏迷不醒的青年在海滩上被发现，现在正在一生那里治疗。迪芙惊喜交加，那是克劳德吗？他还活着！她飞快地冲进村中的医院，终于见到了日夜思念的克劳德，两行泪水从她美丽的眼睛中流下……
然而，无论迪芙怎么呼唤克劳德，克劳德仍旧不省人事，嘴里说着一些谁也听不懂的话。医生说，克劳德是因为受到了过于强烈的魔光的作用而中毒，而且很难痊愈。伤心欲绝的迪芙决心留下来陪伴克劳德，而巴瑞特等人又踏上了征程。
在飞空艇上，凯特·西偷听到了神罗总部的会议内容。神罗想收集各地魔光炉中的能量结晶来击毁陨石。巴瑞特得知以后很愤怒地决定去阻止神罗。
在众人的努力下，神罗的两次收集计划都没有成功，众人决定回到温泉村看望克劳德和迪芙。
回到了温泉村，众人发现克劳德的病情丝毫没有好转，而陪伴她的迪芙似乎已经绝望了。
就在这个时候，一头巨龙突然袭击了这个小村子，并引起了海流，巨大的冲击波毁坏了村子。
迪芙奋不顾身地用轮椅推着昏迷的克劳德逃走，但是却掉入了温泉……
恍惚之间，迪芙进入了一个神秘的场所，这里竟然有四个克劳德！原来，这里是克劳德的精神世界，而四个克劳德的身影就是克劳德已经支离破碎的记忆。
在迪芙的帮助下，克劳德的记忆一部分一部分地融合着，终于想起了事实的真相。
原来，克劳德并不象自己原来所回忆的那样是一个神罗的高级战士，只不过是一个小小的神罗士兵。在那次行动中，身背大剑的战士其实是艾莉丝的初恋情人萨克斯，在萨非罗斯冲进魔光炉的时候，试图阻止萨非罗斯的是萨克斯，但是被打倒，这时候，克劳德为了给迪芙和村民报仇，拾起了萨克斯的大剑，冲进去刺伤了萨非罗斯，但是自己也被萨非罗斯杀死。数年以后，在宝条的研究下，克劳德重新复活了，但是却变成了萨非罗斯的复制品，原来的记忆也都被修改……
得知真相后，克劳德终于恢复了正常。两人被巴瑞特等人救起，克劳德重新站了起来，回到了大家中间。而最为此感到高兴的，当然是迪芙。
巨大陨石依然不停地下落。神罗将能量结晶装到了火箭上，准备用它来冲击陨石，但是却没能将陨石摧毁。现在似乎没什么力量能够阻止邪恶的陨石的下落了。绝望之余，众人
来到了红色十三的家乡，与这里的长老，老星象学家商量。长老让大家再次到古代种的都市去。
尽管克劳德实在不愿再到这个有着如此悲伤的回忆的地方，但为了星球，大家还是遵从了长老的嘱咐。
在古代种的都市的调查，长老得出了对抗萨非罗斯发动的究极黑魔法的方法，那就是究极白魔法“神圣”。可是，究竟什么是“神圣”呢？从长老那里得到了惊人的答案：艾莉丝的那颗白色魔石就是“神圣”！但是，那颗魔石已经随艾莉丝长眠于湖底了。众人的心又一次落入了谷底。
众人刚刚回到地上，便发现一个史前怪兽从海中站起，向魔光都市缓缓走来；同时，大家惊奇地发现，魔光都市中架起了一台巨大的炮台。原来，神罗在一连串的失败后，决定使用最后的所有力量建造这样的大炮，将约束之地上空的结界打破。史前怪兽正好在大炮与结界之间……
“轰～～～～～～～～～”
大炮开动了！
怪兽被大炮强大的力量击得粉碎；约束之地上空的结界也在这股能量下烟消云散；但是怪兽在死前发出了最后一击，神罗大厦也因此而淹没在大火之中……
大家趁乱冲入神罗大厦，在最顶部发现了幸存的宝条。谈话间发现，他竟然是
萨非罗斯的父亲！而萨非罗斯的母亲，竟是文森特原来的女友！是宝条夺取了文森特的女友并娶她为妻，和他生下了萨非罗斯，还将文森特改造成了僵尸一样的怪物；而后，又用自己妻儿的身体作试验，使得萨非罗斯成了现在这副模样……宝条可以说是这一切的罪魁祸首！
面对0愤怒的众人，宝条向自己的身体注射了杰诺瓦的细胞！真是可怕的科学家。
众人打败了宝条，神罗终于完全毁灭了。
神罗虽然消灭了，但克劳德的使命还没有结束。萨非罗斯一定还在约束之地！
大家再次向着已经打破结界的约束之地进发。
萨非罗斯果然出现了！此时的他，仿佛已经拥有了神的力量！但是，大家面对强敌豪无惧色，在众人的勇气面前，在强大的敌人也会被消灭！终于，萨非罗斯的身体消失在空间里……
战斗结束了，但克劳德却再次感到萨非罗斯的存在。原来，克劳德是萨非罗斯的复制品，他的身体中存在这萨非罗斯的意识。这时，克劳德勇敢地举起了刀……
萨非罗斯的最后一点意识也随着克劳德的“超究武神霸斩”烟消云散了。
当克劳德恢复神志时，约束之地已经开始崩塌，迪芙在上面的岩石上奋力伸手想要救克劳德，却不慎失足落下。克劳德见状急忙跃起，一手抱住迪芙，一手抓住了岩石的边缘。迪芙惊吓之余欣慰地依偎在克劳德的怀里，克劳德也很高兴终于用自己的手救出了自己所爱的人……
大家一起乘飞空艇逃离了约束之地。
但是地球的命运却不妙，巨大的陨星已经降临到地球上空，地球和陨星之间由于引力已经出现巨大的旋风，疯狂地破坏着地表。所有人的生命危在旦夕！众人在飞空艇上看着这代表着邪恶和死亡的陨星，谁也说不出话。
奇迹发生了，在大家的期盼之中，一片白光从古代种之都的湖中流出，很快汇成一道屏障，挡在了陨星和地球之间！
“神圣”发动了！
然而，为时已晚，陨星的能量已经不是“神圣”所能阻挡的，它正慢慢地穿过白色的屏障……
这时，从世界各地开始出现了一道道绿色的光芒，这光芒很快地合流，壮大，一条一条流到了白色屏障之下，越来越多，渐渐将整个地表都覆盖了起来……
这一定是地球的生命之源！
在整个地球力量的冲击下，陨星终于被摧毁了。
天空中，众人仿佛又看到了艾莉丝那美丽的脸庞，和她的微笑……
五百年后，红色十三带着他的两个孩子，来到了山顶上。遥望着已经成为草木之家的魔光都市的废墟，红色十三向他的孩子们讲起了当年那难为的往事……
