爱华网寥落风（剑冢）：沧海几番桑田，繁华落尽之后，满眼历史的苔痕，将旧日宫阙的庄严，今朝荒冢的衰败共冶一炉。剑冢主题音乐。
凄凉雪（九顶山、雪岭镇）：带有西藏风格和游牧民族特色的音乐，混合严谨、宏伟、神圣的气氛，表现雪域高原的风情。大量运用打击乐器，节奏悠扬、不急不缓。
凄凉雪·变奏（酆都、海底城遇水碧溪风）：整首乐曲流畅哀婉，自然流露出凄凉感，其间类似打更声的节奏，加强了音乐中萧瑟凄凉的感觉，也衬托出游戏地图——酆都的特色。
萧瑟霜（宾化、德阳、蓬莱邪剑仙事变、精精去世、唐益毒伤景天、四长老牺牲）：宾化和德阳特有的音乐，乐曲中古筝隐隐约约的弹奏声，使整首乐曲流露出南方小镇特有的宁静祥和的感觉。
失魂雨（蜀山雪见牺牲、回魂仙梦雪见牺牲、剑冢选剑剧情）：女主角雪见牺牲后独有的背景音乐，带有很强烈的悲伤气氛，同时带也有绝望的意味。
流转虹（璧山、神树、新仙界、神树回到蜀山、雪见还魂重生）：神仙两界的音乐，悠长的旋律带着淡淡的犹豫表情，逐渐转向温柔的抒情色彩，好似薄雾散开，显出蔚蓝的天空，阳光自云隙中射向闪闪发光的水面，虹霓自瀑布的水雾中跨过。呈现静谧而祥和的氛围。
月迷踪（雪见探百毒楼、夜探永安当、夜探雷州刺史府、夜探黄泉路、雪见偷解药、魔剑追踪、万玉枝逃跑、仙人洞遇险、子时去鬼界外围、冰风谷遇邪剑仙）：夜间场景的音乐，诙谐而欢快，有跳跃感，表现夜间暗中活动的紧张刺激，带有小心忐忑和跃跃欲试的意味。
紫陌桑田（安宁村、蛮州）：清淡如牧歌的曲调，表现田园风光和丰收景象，平稳从容中带有丰收的喜悦和对未来的憧憬，充满诗情画意和盎然生机。
紫陌桑田·变奏（草海、山洞初体验）
临江仙（船、蓬莱御剑堂、雷州、神界天门）：在江南丝竹的基础上变化，配合打击乐器，营造出道教音乐的气氛。表现虚无缥缈的神仙世界中平静恬淡的生活，无欲无求的无为心境。望海潮（船·海、海底城）：江海迷宫主题音乐，变幻莫测，带有强烈神秘感，风格雄浑大气，结构紧凑而绵密，表现在巨大自然力面前，天人互感应和的情境。
降妖谱（蜀山派）：蜀山仙剑派的主题音乐，表现通达六界的人间第一门派的庄严恢弘的气势，充满严谨、宏伟、神圣的气氛。具有持剑卫道，匡扶正义的使命感。
幽林蔽日（九龙坡、古藤林）：乐曲中以笙和箫的演奏为主基调，体现出原始密林的那种神秘的特点。
洞天福地（蓬莱迷宫、星森、灵山仙人洞、茶壶中）：洞穴类迷宫使用，表现曲径幽深，灯火明灭，滴水凿岩的环境气氛，黑暗中隐隐潜伏的生灵，以井为天，不知晦朔，蒙昧而自得其乐的生存状态。
紫鸦乌（霹雳堂、熔岩地狱、宾化打霹雳堂弟子前、邪剑仙夺镇妖剑、冰风谷遇罗如烈、剑冢遇邪剑仙、与邪灵作战前）：火焰主题迷宫使用，旋律激烈，节奏感强。带有阴森恐怖的气愤。激昂的旋律体现出环境的险恶和复杂多变。（注：紫鸦乌，一种红色宝石。）
沧桑叹（唐家堡、古城镇）：带有秦汉古风的旋律，庄严舒缓，中正平和。表现对历史沧桑兴亡的慨叹，更有盛极而衰的悲凉。
沧桑叹·变奏（大渡口、冰风谷、天妖皇战败）
铁索镇妖（蜀山战斗关、锁妖塔、回魂仙梦遇邪剑仙、邪剑仙铸剑伤景天、蜀山与邪剑仙和四长老作战前）：锁妖塔主题音乐，表现庄严肃穆的气氛，处处机关密布，妖魔憧憧。令人产生极度紧张，危机四伏的感觉。
魔剑诀（神魔之井、鬼界外围）：魔界主题音乐，怪诞而诡异，体现魔界无未来无过去，现在无限扩大，无欲而无不欲的价值观，跳跃感强烈，带有游戏人间的诡异味道。
步云登仙（船·长江、蜀山故道、船上备战）：清越婉转的曲调，用高远，空阔的音乐语言，表现仙人御风而行，畅快淋漓的情境。同时也流露出凡人修仙的漫长与艰苦。
水岸风堤（镇江、安溪）：轻快悠扬的曲调，体现温婉和谐的气氛，小桥流水人家的江南市井生活画卷，春风里。杨柳、舟楫与流水的相逢与错过……
楚天谣（交易音乐、当铺经营、古董鉴定小游戏）
仗剑（滑雪小游戏、战斗音乐，璧山、九龙坡、大渡口）：战斗用音乐，表现轻松热闹的战斗气氛，用于一些具有可爱感的迷宫的战斗，以及一些造型可爱、敌意不强的BOSS战。仗剑·变奏（战斗音乐，船·长江、船·海、蓬莱、灵山仙人洞）：战斗音乐，表现轻松热闹的战斗气氛。
临危（战斗音乐，一些BOSS战）：战斗音乐，表现危机四伏，艰难的战斗，节奏感强烈。适用于紧张艰苦的战斗场合和部分强大而邪恶的BOSS战。
临危·变奏（战斗音乐，一些BOSS战）：战斗音乐，配合危机四伏，紧张艰苦的战斗。
魔剑斩妖（战斗音乐：九顶山、蜀山故道、神树、锁妖塔、熔岩地狱、冰风谷、剑冢）：战斗用音乐，表现爽快激烈的战斗，使用于复杂而连续战斗多的迷宫场合，表现堂堂正正的战斗气氛。
魔剑斩妖·变奏（战斗音乐：古藤林、神魔之井、草海、黄泉路、海底城、新仙界）：战斗音乐，用于爽快激烈的战斗。
玉满堂（景天主题、渝州、完美结局后段）：景天主题音乐，活泼欢快，具有强烈跳跃感，表现无忧少年的开朗心境、对金钱珍宝的小小贪欲和满足，有轻松又不失 典雅的感觉。
玉满堂·变奏（完美结局前段）：以轻松热闹的曲调，烘托出喜庆欢快的气氛，节奏感强烈，具有极强的情绪感染力。
还魂草（雪见主题）：雪见主题音乐，倔强明朗而喧噪的少女，笑容后流露出内心的柔弱无助和寂寞，渴望关爱与矜持自尊的矛盾挣扎，婉若风中之草。
还魂草·变奏（雪见结局前段）：用抒情柔婉的音乐语言，刻绘活泼少女成长为女人的瞬间，将坚强与温柔的完美交融，赋予了更强烈的抒情色彩。用于雪见结局。
朱砂变（红葵主题、山洞初体验）：率直轻快略带俏皮的旋律，勾画出这样的形象——快乐、娇横、没有任何掩饰的自信，带有强烈占有欲和一点点妖媚的感觉。鬼状态龙葵的主题音乐。
水柔声（紫萱主题、紫萱结局后段）：紫萱主题音乐，温婉舒缓，至柔而母性的感觉。混合有对人世的不舍，对命运的无奈，对恋人的付出等多重复杂情感，欲言还休，脉脉难诉。水柔声·变奏（紫萱结局前段）：温柔抒情的旋律，宁静安逸的意象，表现出波澜不惊，平静如止水的恬淡心境，更有一分惘然淡淡融入其中。用于紫萱结局。
青玉案（蓝葵主题）：公主状态龙葵的主题音乐，温柔而彷徨，无所依持，楚楚可怜的感觉，节奏舒缓，古典而抒情。
青玉案·变奏（龙葵结局）：最深最浓的依恋，超越现实的空灵，以舒缓平静的旋律，描述别离的淡淡哀伤和对未来的憧憬。用于龙葵结局。
玄色风（重楼出现）：重楼主题音乐，节奏变化强烈，冷俊而带有知性色彩，表现人物的威仪与强大，和一点点被遮盖住的温柔情感。
情牵（宾化景雪被囚禁、宾化雪见离开、万玉枝吐露实情、雪见欲求唐益救景天、夜晚云霆与雪见对话、雪见不想去神树、轮回井救下雪见、水碧溪风携手赴黄泉、花楹结局）：具有倾诉感的曲调，表现两情相悦，心灵互通的和谐美好。
旖旎情（宾化城外找到雪见、神树夕瑶剧情、雪见结局后段）（仙剑三唯一一首继承仙剑二的乐曲）
轮回（片头动画）：游戏片头音乐，配合动画，表现飞蓬重楼两人的争斗对立的处境和惺惺相惜的情感，同时带有梦中前生记忆片段的虚无感和不真实感，体现游戏的轮回主题。
