爱华网苏格拉底于是被投入监狱，等待雅典在提洛岛祭祀阿波罗神的活动结束后处决。其间，弟子们轮流探监，陪伴老师度过最后的日子。于是，便有了柏拉图记载苏氏狱中言论的那几篇著名的对话录。约摸一个月后，这位年已七旬的哲人遣退妻儿，在众位弟子面前饮下毒鸩，从容就死。
在苏格拉底一案中，一方是追求真理、舍身取义的伟大哲人，另一方则是以民主自由为标榜、被视为民主政治源头的雅典城邦。孰是孰非，谁善谁恶，不那么泾渭分明，感情上的取舍则成为一种痛苦的折磨，因而其悲剧色彩愈加彰显。在民主自由观念深入人心的现代世界，苏格拉底之死就不仅成了一个问题，而且成了现代人心里一个难以解开的结。
起诉苏格拉底的三人都是雅典公民，以美莱特斯为首，他们依法提起公诉。对苏格拉底主要的指控是不敬神和敬事新神。
审判苏格拉底一案的陪审团由五百人组成，先是由原告和被告分别为自己辩护，并进行举证。之后陪审团举行第一次投票，决定被告是否有罪。
苏格拉底在第一轮的投票中以二百八十票对二百二十票被判有罪，在法庭上，他辩解自己非但无罪，反而于城邦有功，理应得到城邦的礼遇。对自己提出的处罚方案又近乎玩笑，仅希望罚款一百德拉克玛了事。
他那不合情理的刑罚意见，和藐视法庭的态度，反而迫使本来同情他的部分陪审员转向选择原告提出的刑罚，最后以三百六十票对一百四十票被判死刑。
用现代人的眼光来看，苏格拉底的罪名似乎是莫须有的，没有确凿的犯罪行为，其言论也没有导致直接的伤害。但在雅典，对犯罪行为的认定不同于现代。无论什么指控，无论犯罪行为是否确凿，也无论是否造成直接的伤害，只要陪审团投票认定，罪名即告成立。
有人会问，对于像苏格拉底这样一位大哲学家，雅典人似乎没有表现出应有的对权威人士的尊敬，仅以区区罪名，即判以极刑。这不是太难以令人理解了吗？
殊不知，当时在雅典是不存在任何个人权威的。既没有知识的权威，也没有道德的权威，甚至没有政治的权威。唯有一个权威，那就是人民的权威，一切都得服从人民群体。苏格拉底虽然是一位名人，但却并不是备受尊重的哲学权威。相比起来，他的名气更多地来自于他的怪诞。
古代希腊的民主政治同现代世界形形色色的民主政治并不一样。在现代的民主政治中，个体一面从属于群体，一面却享有作为个体的独立性，享有自由。但在古希腊，个体是完全从属于群体的，他没有脱离于群体之外的自由。按亚里士多德的说法，个体只有在属于城邦（亦即群体）时才具有存在的意义，不属于城邦的个体要么是鬼神，要么是兽类。
群体的意志和利益高于其它一切，为此可以牺牲个体的利益和权利。雅典一条独特的法律即最好地说明了这一点。依法雅典人每年可以放逐一位政治领袖，由公民大会投票选出。因以破碎陶片充作选票，而得名“陶片放逐法”。投票时只要在陶片上刻上名字即可。无需过失，也无需罪行，只要获得票数超过六千，即遭流放。
如果以现代人的眼光看，这纯属对个人自由与权利的践踏。但在雅典，像底米斯托克利等一批最著名的政治家都在流放之列。这就是说，在古代希腊，个人是没有现代意义上的自由的（即柏林所说的“消极自由”）。既没有脱离群体的自由，也没有言论的自由。苏格拉底的言论明确表示出他对“人民”这个群体的轻蔑，想要同它保持距离。同时在“人民”看来，他的言行实际上已经造成了某种伤害，因为他的弟子参与了推翻民主政治的活动。他的被处死，其实在情理之中。
而现代人惯于拿现代的民主来衡量古代希腊的民主政治，认为平等与自由理所当然都是民主政治的内容，因此苏格拉底之死才成了难以解开的结。
苏格拉底的一生是在辩论中度过的，他不是传道者，但所做的正是传道者的工作，如同中国的孔子一样，都不是一般意义上的哲学家。苏格拉底时代的雅典是个民主制国家，国家承认法院的权威和权力，判处苏格拉底死刑的正式这个民主制国家的民主法律制度。简单的说，这是一次不公正的审判，苏格拉底没有认罪，而是坚持自己的意见，但同时也接受法庭对自己的审判和定罪，没有越狱，慷慨伏法。他认为，不公正的审判和是否服从国家法律的审判是两码事，尚使一个国家的法律没有公民的服从和执行，那么，民主和法制从何谈起？这就是西方历史上一次著名的审判和死刑。几百年之后，一个叫耶苏的人也因类似的遭遇而被钉在十字架上。这两次死亡让后人深深地思索民主和法律的意义，特别是对苏格拉底的死及其态度，人们认为那是雅典民主法制几千年的耻辱，而苏格拉底死亡本身，正是西方法制思想的开端。
二说是他腐蚀或者败坏青年。苏格拉底的言论不仅仅是反民主的，实际上还是反社会的。处死苏格拉底似乎是合情合理的，如果一个人宣扬唯有自己掌握了宇宙的绝对真理，并号召大家脱离现在公认的生活方式，按照他的想法来实践一种全新的生活方式的时候，这种主张显然是“人民的公敌”，全国人民共诛之，不仅在肉体上加以消灭，而且要在思想上肃清流毒。因为人民就是一个群体中的大多数，他们支配着这个群体的生活方式，他们与其说掌握着真理，不如说掌握着权力，用法律来捍卫他们所崇尚的生活方式。苏格拉底的错误在于他没有区分人的纯粹理性和实践理性，社会生活面对的不是一个正确与错误的真理问题，而是一个可行与不可行的规则问题。
