爱华网公元617年，李渊攻克京师后，立炀帝之孙杨侑为恭帝。第二年，恭帝见形势不妙，即表示愿意让位。李渊推辞不受。这进，裴寂亲自出面，在众将前劝李渊迅即登基，他说：“夏桀、商纣虽然都有自己的后代，但没有象成汤、周武王这样的贤臣辅佐国家，所以他们终于被灭，这是可以作为一面镜子借鉴的。请您毫不迟疑地登位称帝，我们这些人都是受您的裁培才有今天的，您如果不当皇帝，我们就弃官而去。”李渊这才表示既然大家有这片心意，那我怎能再推辞呢！李渊受禅称帝，改国号为唐。他感激地对裴寂说：“我能当上皇帝，这是您出了大力啊！”于是任命裴寂为尚书右仆射。每天给裴寂下诏尚食奉御膳；李渊坐朝时，每次必请裴寂同坐，散朝回宫时也常留裴寂卧于内室；对裴寂只称他“裴监”，不直呼其名；裴寂所提建议，则“言无不从”。象裴寂这样高厚的礼遇，在当朝大臣中没有一个能和他相比。
当时，任民部尚书，领陕东道行台左仆射的刘文静，也是随李渊在太原起义的有功之臣，在唐统一天下的多次战斗中，屡建功勋。刘文静自以为功劳才干在裴寂之上，但却位居裴寂之下，意甚不平。每当建议之时，裴寂说是，刘文静故意说非；裴寂说非，刘文静又故意称是。自此两人间对立情绪愈深。刘文静在家酣宴，出言怨望，曾拔刀击说：“必当斩裴寂耳！”以后刘文静被人诬告有反上之心。唐高祖李渊派裴寂等人审讯刘文静。刘只承认有“觖望之心”，并无谋反之意，意思是说我只有企望高官厚禄的想法，并无反叛君王之心。但李渊素来对刘文静没有好印象，加之轻信谗言，便说：“文静此言，反明白矣！”裴寂也乘机进言说：“文静才略，实冠时人，性复粗险，忿不时难，丑言悖逆，其状已彰。当今天下未定，外有劲敌，今若赦之，必贻后患。”他这些话正合李渊之意，于是，李渊下令杀刘文静及其弟刘文起。刘文静临刑前，抚胸长叹：“高鸟逝，良弓藏，故不虚也！”死时年五十二岁。这件冤案直到九年后（公元629年）即李世民继位的第三年，才得到平反。
公元619年，刘武周派兵进犯太原，唐兵连吃败仗。李渊正在为此发愁时，裴寂自愿请行，被任为晋州道行军总管，并允许他便宜从事。裴寂领兵抵介休时，刘武周派部将宋金刚固守。裴寂所部在索度原驻扎，营中本来缺水，宋金刚又派人把山涧水路掘断，裴寂只好移营就水；宋金刚乘机拦截，唐兵大败，死散殆尽。裴寂仓惶逃回平阳，使晋州（今山西省临汾市）以东城镇全部丢失。宋金刚率部南下，逼近绛州，裴寂又一次上表抗贼，李渊再次任命他去镇抚河东。但由于裴寂性情素懦，又无御敌之才，再次遭到失败。当时他催督虞、秦州两州人氏，在城内把积聚之物烧掉，更引起老百姓恐慌万状，敌兵未至，人们已乱成一片。夏县有个叫吕崇茂的人，杀了县令，接应宋金刚攻打唐兵，因此裴寂又一次遭到失败。最后，终于被召回朝廷。李渊说：“起兵之时，你有辅佐之功，官爵也已显极。这次你去抵御刘武周，所率兵力足以破敌，而你败到如此地步，不感到有愧于我吗？”于是，李渊把裴寂发交礼部审讯，但不久又释放了他。从此，李渊对裴寂的照顾、款待，反而比以前更好。每逢出巡时，把留守京师的重任都交付给裴寂。有人诬告他谋反，高祖反而派贵妃去慰问，“宴乐极欢，经宿而去”。李渊还特下诏赐裴寂可自行铸造钱币，又与裴寂联姻，让自己第六子赵王元景娶裴寂之女为妃。
武德六年（623年），裴寂升迁为尚书左仆射，赐宴于含章殿。李渊那天欢乐异常，裴寂忽然下跪顿首说：“臣初发太原，以有慈旨，清平之后，许以退耕。今四海又安，伏愿赐臣骸骨。”李渊也泪下沾襟地说：“今犹未也，要相偕老耳。公为台司，我为太上，逍遥一代，岂不快哉！”不但不准裴寂告老还乡，每天还派一名尚书员外郎轮流去裴寂府第值守。
唐太宗即位后，对裴寂仍然待以厚礼。贞观二年（627年），唐太宗去南郊祭祀，命裴寂和长孙无忌同他共坐一辆车。裴寂辞让，太宗说：“你有佐辅之勋，无忌也效力于我，能够和我同车而乘的，除了你们二人还有谁呢？”
贞观三年以后，裴寂的政治生涯开始发生变化。先是有个名叫法雅的和尚，过去曾自由出入两宫。以后他被禁止自由出入，十分怨恨，吐露了许多不满之言。为此，朝廷将他拘捕法办。审讯时，法雅供称他的许多妖言，裴寂都知道。裴寂矢口否认，但法雅一口咬定作证。后来，朝廷就罢掉裴寂的官职，削食邑之半，放归本邑。裴寂不服，奔京师谒唐太宗。李世民说：“按你的真才实学和功劳，不可能有今天这么高的地位！只不过因为先王念你对皇家有功，才使你位居首辅。其实，我父亲在位时，政治法律方面纰漏谬误极多，地方官吏办事松弛、施政紊乱，这方面你也应该担负责任啊！但我还是念当年我们之间的旧情，不对你施以极刑，让你回归故里，你还有什么不满意的呢？”裴寂回归故里蒲州不久，有个居住在汾阳的精神病患者，名叫信行，经常向裴寂家僮说：“你们家裴公有天分，是帝王之相。”信行死后，裴寂的监奴恭命将信行的狂言告于裴寂。裴寂听后惊恐万分，又不敢将此事禀告朝廷，私下命令恭命将听过信行狂言的家僮杀掉灭口。但恭命只把家僮藏匿起来。后来，恭命得罪于裴寂，就向京师告发了信行狂言之事。唐太宗大怒，对侍臣们说：“寂有死罪者四：位为三公而与妖人法雅亲密，罪一也；事发之后，乃负气称怒，称国家有天下，是我所谋，罪二也；妖人言其有天分，匿而不奏，罪三也；阴行杀戮以灭口，罪四也。我杀之非无辞。议者多言流配，朕其从众乎。”于是太宗决定把裴寂流放到静州（今广西支平）。
裴寂到静州时，正值山羌族为乱，有人传说山羌族为乱的目的是要劫裴寂为主。唐太宗听此流言，自信地说：“我国家于裴寂有性命之恩，必不然矣！”不久，果然传来了裴寂率家僮平息山羌族变乱的消息。唐太宗想到裴寂终究是开国元勋，有辅佐之功，又把他召回朝廷。但裴寂回朝廷不久就病故了，终年六十二岁。
