http://primer3.sourceforge.net/primer3_manual.htm#installLinux
$ unzip primer3_1.1.4.tar.gz
$ tar xvf primer3_1.1.4.tar
$ cd primer3_1.1.4/src# 如果系统不带 gcc, 则修改 makefile, 设置所使用的 C 编译器。
$ make all# pr_release being unused 的警告提示可以不用理会# 编译后应该可以看到 primer3_core, ntdpal, olgotm, long_seq_tm_test 这4个可执行程序
$ make test# 没有显示 'FAILED' 则表明通过测试,可以安装
$ sudo cp primer3_core ntdpal olgotm long_seq_tm_test /usr/sbin
如果你的 perl 程序名字不是 perl 而是其他名称比如 perl5,则需要 link 一个 perl 名称,或者修改 test/目录里的 Makefile 文件以通过测试。 ntdpal (NucleoTide Dynamic ProgrammingALignment) 是一个 st and-alone 程序,它给 primer3 提供比对功能,文档将在以后版本中添加。
Note
一些主流发行版例如 Ubuntu 等,有二进制包可以直接 apt-get install primer3来安装。详细内容参见各发行版的软件安装和管理方法。(其实我就是用apt-get的方法安装的,并且bioperl是在软件中心直接装的)