ubuntu下安装R ubuntu16.04安装r

ubuntu下安装R ubuntu16.04安装r

在Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装

或者

添加源,然后通过apt-get安装:

  1. sudoapt-getinstallr-base
------------------------------------------------------

方法2

下载R的源码包(http://www.r-project.org/),比如:R-2.13.0.tar.gz

解压:

  1. tar-zvxfR-2.13.0.tar.gz
配置:
  1. cdR-2.13.0
  2. ./configure--prefix=/home/xxx/R--enable-R-shlib

prefix设置R的安装路径,enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享

如果提示G77错误

  1. sudoapt-getinstallbuild-essential
  2. sudoapt-getinstallgfortran

如果提示错误:configure:error:--with-readline=yes(default)...

  1. sudoapt-getinstalllibreadline6-dev

如果提示错误:configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

  1. sudoapt-getinstalllibxt-dev

安装:

  1. make
  2. makeinstall

link到bin目录下:

  1. cd/bin
  2. sudoln-sv/home/xxx/R/bin/R

至此安装完毕。

------------------------------------------------------

安装pkg:

终端【】下输入:R

  1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
  2. biocLite()

默认将安装一下几个包

affy affydataaffyPLM

annaffy annotateBiobase

Biostrings DynDocgcrma

genefilter geneplotterhgu95av2

limma marraymatchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

如果需要Bioconductor上别的包的话,可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如:

  1. biocLite(c("copula","pspline"))
安装CRAN上的包
  1. install.packages(c("pkg1","pkg2"))
来安装(pkg1和pkg2为需要安装的包)。
------------------------------------------------------

编辑器:

1.直接shell。终端输入R,就进入R命令行了。

2.安装GUI:Rcmdr
  1. sudoapt-getinstallr-cran-rodbc
  2. sudoapt-getinstallr-cran-rcmdr
运行R后,library(Rcmdr)就可以打开图形界面。

3.用emacs

通过软件中心搜索emacsess直接安装。打开emacs

M-xR

输入R的路径,就进入R编辑模式了。

emacs中可以用下面三条指令把正在编辑的程序文本送给R运行:

C-cC-n当前行
C-cC-c当前段
C-cC-b当前整个文件

  

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