mothur处理454高通量数据节选rarefactioncurve稀释度曲线 rarefaction curves

首先,mothur处理流程的每个步骤,生成的文件都会多一些后缀或改变后缀名字。

对于sff 文件

> sffinfo(sff=*.sff)

会生成两个文件*.fasta和*.qual,但不是所有生成的文件都会在下一步用上,有时只用到其中之一,有时会在以后用到

接下来要去除barcode和引物

参考mothur Wiki 即可,注意barode 文件的内容格式

用到trim.seqs 等命令

生成的文件带着trim后缀,比如1.trim.fasta

> unique.seqs(fasta=1.trim.fasta)

>align.seqs(template=silva.bacteria.fasta,candidate=1.trim.unique.fasta,ksize=10,processors=2)#CPU是几核,这个processors就写几

>screen.seqs(fasta=1.trim.unique.align,name=1.trim.names)

> filter.seqs(fasta=1.trim.unique.good.align)

>dist.seqs(fasta=1.trim.unique.good.filter.fasta,calc=onegap,countends=F,cutoff=0.03,processors=2,output=lt)

>cluster(phylip=1.trim.unique.good.filter.phylip.dist,method=furthest,cutoff=0.10)

>rarefaction.single(list=1.trim.unique.good.filter.phylip.fn.list,label=unique-0.03-0.05-0.10)

最后一个命令就是生成rarefaction curve的基本数据的,文件名叫unique.good.filter.unique.fn.1.rarefaction

这个数据用excel 打开,绘制成曲线

更多方案和流程,参考:http://www.mothur.org/wiki/Costello_stool_analysis

其中在dist.seqs 这个步骤之后

如果用clearcut 可以生成一个tre

mothur >clearcut(phylip=stool.final.phylip.dist)

对生成的tre 可以用 UniFrac 进行β diversity分析

mothur > unifrac.unweighted(distance=lt,processors=2, random=F)
mothur > unifrac.weighted(distance=lt, processors=2,random=F)
参考:http://www.mothur.org/wiki/Unifrac.weighted

对于需要的groups文件,需要不同样品的序列合并而成。

方法如下:

用make.group命令生成

比如 mothur >make.group(fasta=1.fasta-2.fasta-3.fasta-4.fasta,groups=A-B-C-D)

就生成一个 mergegroups的文件,里面的的内容是各种序列分别来自A,B,C,D四个group


mothur处理454高通量数据节选rarefactioncurve稀释度曲线 rarefaction curves



感谢浙大杨海水同学提供的教程,我从他那里学到了很多。

虽然不认识他,但是很向他的分享精神致敬。

Mouthur图形用户界面

http://www.mothur.org/wiki/Download_mothur在页面最下方

其他Mothur数据处理流程:

http://www.douban.com/note/258493418/

  

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