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1981年11月，牛满江阻止《中国科学》和《自然辩证法通讯》刊出批评他的文章
1980年11月，应《中国科学》编委邹承鲁之约，发育生物学权威、美国加州理工学院生物系教授戴维森（Eric H. Dividson）以给主编严济慈来信的方式向《中国科学》投稿，对牛满江的多项工作进行评论：牛的工作方法有问题，结论完全不可信；中国把牛捧到很高的地位，对中国科学的国际形象构成了很坏的影响。最后，他恳切提醒中国当局：“我们这些在国外对中国科学事业的进展和国际威望关心的人，认为他在中国科学院内的地位，是一个严重的错误。牛满江的事例在中国国外，已经引起广泛关注。类似于曾经在苏联导致李森科的灾难性统治体制的那些不科学的标准，现在正威胁着将对中国的分子生物学的成长造成严重的影响。”
经过激烈的争论，《中国科学》编辑部最后以多数编委通过的方式决定发表戴维森的文章（英文版）。稍后，《自然辩证法通讯》杂志也打算同时发表该信中译本，以及施履吉1980年相关论文的节录和中国科学院昆明动物研究所李靖炎研究员的一封质疑文章。1981年11月，《中国科学》和《自然辩证法通讯》分别将戴维森的文章和译稿寄给在美国的牛满江，要求他在12月5日前将看法或反驳意见寄回。
11月27日，牛满江飞回中国奔母丧。次日，他给邹承鲁和中国科学院领导写“公开信”。他称有意见应向他当面提出，不应该写文章，向外国人约批评稿尤其不当。他威胁邹承鲁说：“如果你可以请外国人来搞批评我们，难道别人就不能向你学习做同样的事吗？”
12月4日晚上，中国科学院院长卢嘉锡宴请牛满江，《自然辩证法通讯》杂志副主编范岱年等作陪。卢院长认为，应当把学术问题和其他问题分开，主张刊发戴维森等人的批评，并要牛写反驳文章。
12月9日，牛满江离京返美。他流着泪对送站的中国科学院外事局负责人冯因复说：“如果《中国科学》不考虑我们意见，一定要发表戴维森的信，我也没有办法阻止，只好干到底了。我也有支持者，我也有朋友，我是中国人，我也是美国人，逼得没办法就打官司……你看要打倒我，我不是没有地方去，给祖国这几年做了一些工作，说不上什么功劳，但最后落到了这个下场，很伤心。我清楚地知道，他们的矛头不仅对准我，而是要打倒曾与我合作的已故童老和支持过我们工作的邓副主席、方副总理。所以我总认为这不是什么学术问题。”
1982年2月3日，中国科学院党组发文阻止《中国科学》和《自然辩证法通讯》杂志刊登批评牛满江在华科研工作的文章。
而1989年由美国科学院对华学术交流委员会出版的《中国的生物工程》（Biotechnology in China）一书，收录了戴维森的另一篇相关文章《对牛满江RNA转化研究的分析》（An Analysis of Niu Menchang's Research on Transformation by RNA）。
本年，中国科学院生物物理所沈淑敏研究员（1915-1996）等给国务院写信，建议高层领导听取国内外众多著名科学家的意见，不要一味轻信牛满江的吹嘘。方毅副总理指示说：攻击童、牛，就是攻击我，就是把矛头指向邓副主席。
1982年，牛满江继续来华工作。发育所为他申请中国科学院科学基金，未能通过生物学部组织的同行评议
1982年4月28日，中国科学院发育生物学研究所继续邀请牛满江来华。该所为牛配备科技人员，建立了一个研究小组，与其共同进行有关“核酸（mRNA和DNA）在发育和遗传中的作用”的合作研究。本年3月2日，中国科学院科学基金委员会成立，开始受理申请项目。为保证牛满江的研究经费，发育所替他申请了科学基金（因他本人不肯申请），但未能通过生物学部组织的同行评议。
7月，牛满江夫妇应邀去台湾参加了第十五届中央研究院院士会议。他从大陆经美去台，再经香港返回大陆，为大陆带回了不少院士会议的资料和情况。
8月10日上午，中共中央副主席邓小平、人大常委会副委员长邓颖超会见了包括牛满江夫妇在内的十多位外籍科学家。
1983年，牛满江夫妇继续来发育所工作，仍未能通过同行评议申请到科学基金
下半年，牛满江夫妇来发育所工作。发育所继续替牛满江申请中国科学院科学基金，仍未能通过生物学部组织的同行评议。
11月14日晚上，国务委员兼国家科委主任方毅会见并宴请了牛满江夫妇。
1984年，赵紫阳总理拒绝牛满江的提议，不同意接受坦普尔大学的荣誉博士学位
本年，牛满江夫妇第十一次来发育所工作。鉴于牛满江的研究申请通不过生物学部组织的同行评议，发育所替他向中国科学院院长卢嘉锡申请研究基金。后来，院外事局批准给他专项研究经费——1984年，7万；1985年，7万；1986年，6万。牛满江夫妇来华的国际旅费及其它在京的生活费用也均由外事局支付。
7月3日下午，国务院总理赵紫阳接见了牛满江夫妇。牛提议，由他联系坦普尔大学，请其授荣誉博士学位给赵紫阳。赵没有接受。
11月9日下午，国务委员陈慕华会见了牛满江夫妇。牛满江提出自己作为中间人从国外引荐一些企业来华投资，然后用获得的佣金建立基金。11月12日下午，国务委员兼国家科委主任方毅会见并宴请了牛满江夫妇。他答应，以后替牛夫妇订头等舱机票。
12月，牛满江再次赴台参加了第十六届中央研究院院士会议。
1985年，牛满江从美国坦普尔大学完全退休。他就个人待遇问题向科学院提出多种要求，未获充分满足
5月27日，牛满江夫妇来到北京，开始例行的合作工作。此前，牛满江以给院、所领导打电话、写信等方式，多次表示希望解决他的发育所的身份问题，意思是要当发育所的所长或名誉所长。考虑到“与我院交往的华人教授中，身份和学术地位比牛先生高的大有人在”，中国科学院没有同意这个要求。他想进入发育所学术委员会，考虑到所内外有很多人强烈抵制，科学院领导也没有同意，只同意聘他为发育所国际学术顾问小组的成员（后因美籍顾问Ebert等不同意牛加入，牛退出）。牛还提出，南开大学用美国薪金标准支付陈省身薪金，发育所也应参照执行。科学院答应提高牛满江夫妇的每月生活费标准（从200+200元/月提高到600+400元/月），但由于经费紧张，对他们夫妇生活、出行和研究所需庞大费用，深感棘手。牛满江还对住房、用车等提出了新的更高的要求。
本年，牛满江从美国坦普尔大学退休。从此以后，改为每年到发育所工作6个月左右。
1986年，发育所举办“庆祝建所仪式暨发育生物学国际研讨会”，国际同行强烈抵制牛满江。牛满江来北京后通过内参向中央状告发育所。澄清事实后，牛不得不向中国科学院秘书长书面认错
1986年2月，在答应出席中国科学院发育生物学研究所“庆祝建所仪式暨发育生物学国际研讨会”之前，国际发育生物学会主席冈田节人教授提出条件：如果牛满江作为应邀参加的国外科学家之一，则多位有名的科学家将不会来京参加会议。此前（1985年11月），美国洛氏基金会人口部主任西格尔博士也曾来信提出，在发育所成立纪念大会上，不要请牛满江作报告，以免引起与会者的反对。西格尔还曾致信张致一教授说：洛氏基金会资助发育所的目的是资助中国政府的科学事业，而非资助牛满江。基于以上原因，发育所在筹备会议时一度未把牛满江列为应邀科学家。
因已持续数年（1982-1985）未发表论文的牛满江通不过同行评议、申请不到科学基金，而中国科学院的经费也十分紧张，发育所只好协同中国科学院外事局向联合国开发署为牛满江夫妇申请外国专家来华工作的“Toktent”项目。经过多方努力，方使项目得以批准。
5月16、17日，刚到京不久的牛满江会见记者，流着眼泪诉说自己在科学院所受“委屈”。相关内参于6月初被送到中央政治局并转科学院党组处理。胡启恒副院长于6月7日批示：“应把真情向中央报告。”不久后，发育所写下详细的书面澄清材料上报。其中包括牛满江长期受国内外科学界强烈质疑，可他并未以实际的成果来回答那些质疑，却要求当发育所所长或名誉所长，并冒用“中国科学院顾问”名义在国内、外做生意等事。
6月6日，中国科学院秘书长顾以健会见牛满江夫妇，向其澄清了一些情况，并要求他对一些事情做出解释。顾以健强调，关于牛学术方面的工作，国内国外都有争议。这个争议只能通过实验工作结果来解决，希望他做出成绩，用工作来证明自己的学术观点……6月23日，牛满江给中国科学院顾以健秘书长写信，承认中文面头衔为“中国科学院发育研究所科学顾问”，英文面头衔为“中国科学院顾问”的名片“内有不对处……深感过去我的大意，请予原谅”。
10月13日～15日，“庆祝建所仪式暨发育生物学国际研讨会”在发育所举行。会议开始前，西格尔博士特意划掉了发育所所长严绍颐发言稿中关于牛满江的部分——他希望不要在有各国来宾参加的这次会议上宣传牛满江。美国洛氏基金会主席Lemen博士在发言中也没有提到牛满江。随后美国大使举行午宴，他们也没有邀请牛满江参加。牛满江虽然争取到了在会上发言的机会，仍觉得很不痛快。
10月25日，牛满江给国务委员方毅写信求助，称“总没意料到我退休后仅两年，这里的经济就发生问题……我很知道我该有自知之明，自动要求退出发育所，藉以保持我的名誉。前思后想，总觉到不对头……”10月31日，方毅批示：此事要妥善处理，“勿忘故人”是中国为人的好传统，万不能给人以“过河拆桥”之感。
收到方毅的指示后，中国科学院表示明年将继续从各种途径筹划资金，邀请牛满江继续到发育所进行合作研究。卢嘉锡院长还亲自宴请牛满江。卢嘉锡说：根据体制改革的要求，我院将不再在研究所中设顾问，将聘你为发育所名誉研究员。牛满江当时未表示异议。但来年发育所欲举行相关仪式时，牛却断然拒绝，令此事不了了之。此后他外出访问仍用科学顾问名义。
11月19日下午，方毅会见了牛满江。牛满江跟方毅解释了外界说他想当发育所所长、跟司机吵架事等。方毅说：刚才说到以后不再请你了，没有过这种事情。牛满江提出由他自己出钱或国家出钱在北京为他盖一个“guest house”。
1987年，牛满江从中国科学院院长基金获每年20万元经费
1987年，牛满江以搞优生学为题，给国家科委主任宋健写信，要求每年支付他20万元经费。后经卢嘉锡院长批准，由院长基金批拨20万元作为牛满江夫妇来华的包干费（其中科研经费10万元，国际旅费和生活费用10万元）。
从1988年起，中国科学院领导在支付这笔经费上遇到种种困难，并对如何支付这笔经费做过研究。由于房租、物价上涨等原因，20万元包干费分配如下：科研经费7万元，生活费用13万元。
1989年，美国马里兰大学教授孔宪铎等批评牛满江；薛国雄等要求调离牛满江的实验室
1988年，美国科学院对华学术交流委员会派遣生物学代表团访华，考察10年来中国生物技术的发展情况，参观了中国科学院发育研究所等机构。1989年，由美国国立卫生研究院的Dean H. Hamen博士和美国马里兰大学植物系教授孔宪铎（Shain-dow Kung）将访华报告编辑成了《中国的生物工程》一书。其中，有一节专门介绍发育所的情况。在这一节里，孔宪铎等批评了牛满江在中国所做的多项工作。该书还将美国科学院院士戴维森（Eric H. Davidson）更广泛地批评牛满江的工作的文章《对牛满江RNA转化研究的分析》收为附录。
本年，因长期出不了成果和不愿忍受牛满江的辱骂等原因，牛满江实验室副主任、副研究员薛国雄以及其他4人要求调离。
1990～1991年，牛满江要求发育所支持其状告孔宪铎等，遭中国科学院拒绝
自1990年初以来，牛满江多次给发育所写信，称自己打算上法庭告孔宪铎等，要求得到发育所的支持。考虑这件事在国内外都会造成影响，发育所需要好的国际、国内环境进行安定的研究工作，1991年3月12日，发育所提出，牛本人和美国科学家之间的学术分歧由他们自己解决，发育所不参与。3月25日，中国科学院国际合作局致函发育所，称学术分歧应自己解决，中国科学院不参与其中，这一点应让牛教授了解。
1991年，中国科学院生物局请国内外专家公开评议牛满江的工作，多数专家认为继续支持牛的工作意义不大。于是，中国科学院按程序停止供给牛满江科研经费
1991年6月5日，中国科学院发育研究所给院国际合作局去文，介绍牛满江课题组的情况：1、组内缺乏尊重的气氛。不是中美双方平等合作研究，而是牛满江教授一人为主。因而发生过发表论文不标参加人员名单的现象……某些年轻的科技人员感到，在牛满江教授组工作没有前途，要求调离该组。牛满江教授现已78岁高龄，脾气暴躁，往往听不进不同意见。有时训斥、谩骂组内科技人员，甚至院、所的领导。语言粗鲁，往往不分场合地点，因而刺伤了一些人的自尊心。有的科技人员气愤地说：“为什么我们国家每年花20万，请一位外籍华人来管我们、骂我们”。他组内有的人说：“我们大家伺候他，反而遭到责骂”。目前留在组内人员有的也是表面顺从，而背后怨言牢骚很多。由于种种原因，一位副研究员、一位高级实验师、二位助研、一位技术员已先后离开。牛满江教授曾经招收10名研究生，后来其中4位中途退学……牛满江教授本人曾亲自写信或找所内研究人员谈话，请他们与其合作，但双方未达成协议。发育所曾多次向所内十几位副研以上科技人员征求意见，询问与牛满江教授合作的可能性。除一位副研表示有条件的提供一些技术协助外，其余人员都表示没有余力与其合作。2、与牛先生合作工作过的我所研究人员反映，对待研究工作的数据，牛满江教授有时不够科学和冷静，并且听不进与其配合的科技人员的意见。在国际上，对牛先生的工作也有不同意见……牛满江教授和孔宪铎等人的学术之争，也使得支持和资助发育所的美国洛克菲勒基金会遭到指责。目前，牛满江教授在花费精力，请律师与孔宪铎等人打官司。这件事不仅牵涉发育所，也会影响到科学院……
发育所认为，“现在实际上是牛先生在美国退休后，科学院用院长基金支持他在发育所继续他的研究工作”。他们指出：“随着科研体制和管理方面的改革的深入，各类研究项目的立项和取得支持，都要经过一定的咨询、评议和论证程序，牛先生的课题没有经过同行专家的评议和论证”；他们不好继续用行政方式勉强为牛的课题组挽留研究技术人员；研究所经费非常紧张，无法支付20万元/年的合作费用。
6月25日，中国科学院副院长李振声召集生命科学与生物技术局（以下简称生物局）局长钱迎倩、国际合作局副局长程尔晋、发育所常务副所长马诚等开会专门研究了前述问题。他们很想顺应牛满江课题组内科技人员的意见，不再支持牛满江，但鉴于牛“会哭”，有高层领导人受蒙蔽而说过要支持他的话，未能想出让他离开中国科学院的良方，只是决定将发育所的前述报告报送给国家科委的领导。
邹承鲁教授知道后，建议对牛满江近年来的工作进行公开评议，以决定是否继续经费支持。经中国科学院主管国际合作的副院长胡启恒、主管生物学的副院长李振声和牛满江本人同意，生物局邀请3位国内专家、三位国外专家（分别为Temin、 Jacobson和吴瑞，均为牛本人推荐）对牛满江的工作进行了书面评议。结果是，多数专家认为继续支持牛的工作意义不大。于是，李振声副院长亲自约牛满江谈话，决定按程序停止供给牛满江科研经费。牛满江十分不满，对李振声等大拍桌子。
停科研经费后，院决定由国际合作局每年继续邀请牛满江来中国，科学院负责其食宿交通与医疗等生活和交流费用。
1992年后，牛满江夫妇及其助手在全国许多省市游历并广泛从事经济活动，涉及金额十分巨大。在进行经济活动时，他们动用了中国科学院的名义
1992年6月14日，牛满江夫妇到山东大学威海分校考察，与分校就合作组建、经营牛满江海洋生物工程研究中心事项达成意向。1993年2月13日，山东大学决定成立牛满江海洋生物工程研究中心，设在山东大学威海分校。后来，他们又合作成立了山东大学（威海）牛满江海洋生物工程研究开发有限公司。
1993年10月28日，牛满江为中国食用菌技术开发有限公司（下称“中菌公司”）的产品灵芝孢子粉题词两幅。一幅为“自航灵芝孢子粉，生命科学之光”；另一幅为：“贺自航灵芝孢子粉赴美展览育天下灵丹，除人间绝症。”牛将上述题词面交该公司法人代表潘自航。1994年，该公司用牛的题词进行宣传。1995年5月，牛满江以使用其题词侵犯其著作权为由，起诉中菌公司，索赔500万元。1997年9月，北京市高级人民法院二审判中菌公司赔偿牛满江30万元。
1994年1月，牛满江等注册成立牛满江基金会，地址设在北京市昌平区王府花园别墅巡礼府15号，“有关部门无偿划给基金会200公亩地”。“主要经营筹集、使用、管理资金，奖励生命科学领域有重大贡献者，促进国际学术交流，开展专业人员培训等。注册资本100万元”。
1999年10月5日，牛满江携带合作项目到深圳参加“中国国际高新技术成果交易会”，得到了xxxxxxxx、xxxxxxxxx等人的会见。
2000年10月，牛满江再次来到深圳高交会。他创立的牛满江基金会与深圳红达公司签署协议，组建内蒙古丰镇绿海有限公司，共投资2.03亿元，分三期进行，首期投资9800万元。同时，牛满江基金会还和深圳罗湖区高新技术创业中心等单位共同投资成立了牛满江生物工程孵化基地。总投资10亿元，首期项目2亿元。
2002年4月9日，“牛满江生物科技园”在青岛高新区举行奠基仪式。这一科技园是由牛满江领导的实验室提供技术支持、香港经纶投资有限公司投资、并与山东安纳科技开发有限公司合作的，总投资5.8亿元。
2004年5月18日，牛满江夫妇到吉林省白城市考察。该市政府与牛满江基金会合作建设“白城高科技玉米城”，其具体项目有赖氨酸、多蛋白转基因玉米、药用玉米等10余项，其中仅药用玉米制药基地的总投资就达9亿元。
2004年12月18日，“牛满江实验室”在河北省、石家庄市和高新区的关注和大力支持下，正式挂牌运营。
2005年11月，河南省省长李玉成接见了牛满江，决定依托河南农业大学组建“牛满江河南生命科学研究院”。2006年上半年，省财政一次性安排800万元支持研究院建设。
2005年11月，牛满江“根据‘外基因理论’而发明的“大豆蛋白玉米和人白蛋白玉米两项专利技术”，以高价转让给了许昌元化生物科技有限公司。2005年11月15日河南《大河报》的相关报道称，牛满江的这两项专利，“经中国科学院有关部门初步评估，价值达30亿元人民币”；“大豆蛋白玉米”项目总投资2.1亿元，年产值可达15.3亿元，实现出口创汇7200万元、利税6.1亿元。
……
据《南方周末》2006年12月7日刊发的“由牛教授身边工作人员提供的文章”《牛满江：执著的追求卓著的贡献》称，牛满江“在国内被98个学术科研单位或企业聘为名誉教授或顾问”。
牛满江的这些生意所涉及的“成果”包括对癌症、糖尿病、血友病、冠心病、心肌梗塞、高血压、中风等的治疗，“白色污染”的治理，奶牛的改良，大豆蛋白玉米的研制和推广等，都是在他的不为国际科学主流所承认的“外基因理论”的指导下“做”出来的。
在进行这些经济活动时，他们除声称牛满江得到了xxxxxxxxxxxxxxx国家领导人的“充分肯定”外，也动用了中国科学院的名义。譬如，一些广告声称：某药物的“完美新配方”由“国际顶尖科学家”、“世界生物学泰斗”、“中美双院士”、“中美两国科学院院士”、“中国科学院博士研究生导师”牛满江提出，“对心功能不全、冠心病、冠状动脉粥样硬化、心绞痛、胸闷气短等心血管疾病起关键作用”。
2002年，中国科学院受命恢复给予牛满江每年20万元的补贴
据《牛满江：执著的追求卓著的贡献》记载，“2002年7月，xxxxxxxxxxx会见牛教授夫妇，xx部部长xxx和副部长xx参加了会见。当xxxxxx知道牛教授在华工作住房和实验室费用有时需要动用个人养老金补贴时，非常不安。为此，xx部和中国科学院领导达成共识，从2002年起恢复由中国科学院每年支付牛教授在华工作20万元的补贴费用。”
2006年，中国科学院研究生院受命聘请牛满江为博士生导师
据《牛满江：执著的追求卓著的贡献》记载，“2006年6月29日，xxxxxxx在北京钓鱼台会见了牛教授及夫人张葆英教授，对国家教育部和中国科学院研究生院为牛教授每年招收2－3名博士生作了安排，目前正在申报成立牛满江博士后流动站。”
2006年8月24日，《南方周末》刊登“邹承鲁与30年前的两起学术腐败事件”，这是国内的大众媒体第一次公开发表批评牛满江的文章。牛满江利用行政力量等给批评者施压
2006年8月24日，《南方周末》刊登署名“石希生”的文章——“邹承鲁与30年前的两起学术腐败事件”（下称“《邹》文”）——探讨如何遏制学术腐败问题，其中涉及对牛满江的批评，对行政干涉学术的批评。
牛满江让助手傅仲华和原发育所副所长徐一志等出面，给《南方周末》编辑部和《邹》文的执笔人施压。牛、傅、徐等宣称，批评牛就是攻击国家领导人，就是犯了政治诽谤罪。如果执笔人不就《邹》文向牛道歉，将被公安局直接抓入大牢，在监狱中度过后半生。如果《南方周末》不刊登道歉文章，他们将令其遭到关闭。他们还称自己得到了中央领导的支持。
尽管邹承鲁院士发布了由他对《邹》文的内容负全责的三点申明（“1、《邹》文是“邹承鲁传记”中的一章，该书作者为“中国科学院生物物理研究所”。2、《邹》文原系邹承鲁的口述，内容完全由口述者邹承鲁负责。3、《邹》文可以坦然面对历史。而牛满江、傅仲华等所讲的与此相关的每一句话都会被记录在案，也将面对历史、科学共同体以及全国乃至全世界的媒体。”），牛满江等人仍坚持要找执笔人的麻烦，除让派出所传讯执笔人外，还于2006年10月27日、2007年9月28日两次上门威胁执笔人。
《南方周末》在压力之下，于2006年12月7日发表署名“郑世厅”的文章——《牛满江：执著的追求卓著的贡献》——为牛满江作辩护。文前还有“编者按”：“牛满江教授是世界著名的发育生物学家，是国人记忆犹新的爱国科学家。今年8月，本报曾发表一篇涉及牛满江教授的来稿，本版责任编辑未向牛教授方面核实相关内容，给牛教授的名誉带来负面影响，这里谨向牛教授表示诚挚的歉意，并刊发这篇由牛教授身边工作人员提供的文章，敬请读者关注。”但该文未能指出《邹》文具体哪些话语有错。
2006年12月中旬，中国科学院领导开会研究了牛满江的问题，派人告诉派出所，不应越权介入学术争鸣问题。
2007年4月，北京大学生命科学院院长饶毅发表文章评价牛满江及其工作
在2007年4月发表于《科学文化评论》第2期的《邹承鲁：善者好之不善者恶之》一文中，饶毅教授如此评价牛满江及其工作：“牛满江……研究发育生物学，学术上有一定水平，但是并不突出……他提出的RNA做诱导分子，历史证明是错的。本来也没有关系，只是不应该称为重要成果……我在哈佛时听Gilbert的同事说过，2006年还听另外一个代表团成员说：美国一个代表团在中国访问时，诺贝尔奖得主、哈佛大学教授Walter Gilbert等对牛所号称的发现提出尖锐的批评。可是很奇怪的是，牛满江不是通过做更多的实验，或让别人做更多的实验，在国际科学期刊来以科学事实进行科学探讨、科学辩论，而是靠在中国用行政压力、用媒体运作，令人生疑。中国的官员接见多少次、中文的媒体报道多少回，都不能改变科学事实。有这三十多年的时间，牛有经费，就应该拿出科学事实来。科学史上，不被人马上理解和认可的例子不少，都是靠科学事实来说话。”
2007年11月8日，牛满江教授在北京逝世
中国科学院遗传与发育研究所在牛满江教授病逝后成立了治丧委员会和治丧办公室，发布了讣告。…
（完）
