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成吉思汗及其后继者在50多年的时间里，以总数不到40万人的军队，先后灭亡40多个国家，征服720多个民族，消灭各国军队人数超过千万，征服各民族人口数目达六亿，建立了人类历史上版图最大的国家---蒙古帝国。其稳定时期版图面积超过3500万平方千米，版图最大时期面积超过4500万平方千米，占当时整个人类世界的五分之四还多。
元朝（1271—1368年）
元朝是中国历史上第一个由少数民族建立的大一统帝国。元朝在地方实行行省制度，开中国省级行政制度之先河。元朝是中国历史上面积最大的王朝，被誉称“东尽辽左西极流沙，北逾阴山南越海表，汉唐极盛之时不及也”。元朝的统一，结束了自唐末藩镇割据以来国内的南北对峙、五六个民族政权长期并存的分裂和战乱局面，推动了多民族统一国家的巩固和发展。但元朝整体生产力不如宋朝，后期因统治腐败和民族压迫，导致农民起义而灭亡。
元朝的前身为蒙古汗国，1206年元太祖成吉思汗成立时领有大漠南北与林木中地区（今贝加尔湖一带）。经由成吉思汗等蒙古诸汗的经营，以及三次西征之后，蒙古汗国东达日本海与高丽、北达贝加尔湖、南到安南、西达东欧、黑海与伊拉克地区。成吉思汗时期分疆裂土给东道诸王与西道诸王，东道诸王是成吉思汗的弟弟，大多分封于塞北东部与东北地区，从属性很高。西道诸王是成吉思汗的儿子，独立性很好，其中分封长子术赤于咸海、里海以北的钦察草原，后由拔都成立钦察汗国；封次子察合台于锡尔河以北的西辽旧地，史称察合台汗国；三子窝阔台分封于乃蛮旧地，后由海都建立窝阔台汗国；蒙古本部由幼子拖雷获得，后由蒙古大汗直辖。至于又称汉地的华北地区、阿姆河与锡尔河之间的河中地区、伊朗地区与吐蕃由蒙古大汗直辖。拖雷三子旭烈兀远征西亚建立伊儿汗国，位于高加索、伊朗、伊拉克等地。到1304年，元朝作为钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国与伊儿汗国这四大汗国的宗主国的地位才得以承认。
1260年忽必烈即位大汗并建元“中统”，1271年忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意改国号为元，1279年灭南宋，统一全中国地区。当时的疆域是：北到西伯利亚南部，越过贝加尔湖，南到南海，西南包括今西藏、云南，西北至今新疆东部，东北至外兴安岭、鄂霍次克海、日本海，包括库页岛，总面积超过1200万平方千米。
1310年元武宗时期，元朝和察合台汗国先后攻灭窝阔台汗国，元朝取得窝阔台汗国东部部分领土，西到吐鲁番，西南包括西藏、云南及缅甸北部，北至都播南部与北海、鄂毕河东部，东到日本海；西藏第一次被纳入中国版图。领土达1500万平方公里。
根据《中国历史地图集》所写的。当时边境的具体情形有限，大概是，今天的内地、满洲、新疆、西藏、内蒙古、外蒙古、澎湖，济州岛及南海诸岛，都在蒙元统治范围之内，还包括东西伯利亚大部分，中西伯利亚，东到白令海、锡金、不丹、库页岛，克什米尔东半部、东南亚印度支那半岛、朝鲜半岛北部。
元朝的藩属国有高丽、缅甸、安南、占城、爪哇及钦察汗国、察合台汗国、与伊儿汗国等国。北有漠北诸部、南有南洋诸国、西有四大汗国。其中有两个直属的藩属国，即高丽王朝与缅甸蒲甘王朝，分别建立征东行省与缅中行省。元朝设立的行政机构（如行中书省和宣政院）也未包括这些领土。到1310年元武宗时期，元朝和察合台汗国先后攻灭窝阔台汗国，于元文宗年间编纂《经世大典》时，将钦察汗国、察合台汗国与伊儿汗国作为元朝的藩属国。
1368年明军攻占大都，元朝在全国的统治结束，其残余势力退回蒙古高原史称北元。
蒙古帝国（1206-1635年）
蒙古帝国简介
成吉思汗及其后继者在50多年的时间里，以总数不到40万人的军队，先后灭亡40多个国家，征服720多个民族，消灭各国军队人数超过千万，征服各民族人口数目达六亿，建立了人类历史上版图最大的国家---蒙古帝国。其稳定时期版图面积超过3500万平方千米，版图最大时期面积超过4500万平方千米，占当时整个人类世界的五分之四还多.而现在整个亚洲的陆地面积(包括所有岛屿)不过4400万。
成吉思汗时期
蒙古族古已有之，唐朝之后，蒙古各部移居到蒙古高原。公元10世纪到12世纪，蒙古高原先后臣服于辽朝和金朝。至公元1200年左右，随着金朝的逐渐衰落，蒙古不再向金朝进贡。公元1206年，首领铁木真率蒙古乞颜色统一了原本分裂、互相攻伐的蒙古各部，在斡难河（今鄂嫩河）源头召开大会，即蒙古大汗位，号“成吉思汗”，国号“大蒙古国”。
公元1205年起，成吉思汗率蒙古军三次征讨西夏。公元1211年蒙古军征讨金朝，公元1234年占领金朝首都中都，金朝灭亡。公元1218年，蒙古军灭亡西辽政权，并在此处建立窝阔台汗国。
公元1219年至1222年，成吉思汗为报复蒙古商队500人被枉杀，率军队征讨花剌子模（今乌兹别克斯坦、土库曼斯坦一带），攻占多个主要城池。花喇子模统治者摩诃末苏丹逃至里海孤岛病死。公元1223年成吉思汗派速不台继续西征，在现乌克兰战胜基辅大公，后撤军。公元1226年成吉思汗再次征讨西夏，次年西夏国王投降。
公元1227年成吉思汗在贺兰山病死。当时的蒙古帝国包括蒙古高原，中国西北、东北、和华北的一部分，和中亚、西亚大部。后此处建立察合台汗国。
蒙古帝国扩张
公元1300年—1405年间的蒙古帝国。成吉思汗死后其子窝阔台继任蒙古大汗。1235年蒙古大军征讨钦察、罗斯，攻占莫斯科等城市。公元1240年成吉思汗的孙子拔都攻占基辅。1241年拔都率部征讨波兰、匈牙利、斯洛伐克、捷克，直至在奥地利的维也纳附近受阻于奥地利、波西米亚联军。公元1242年窝阔台的死讯传来，拔都率军东归争夺汗位的继承权。这是蒙古大军所到最西的地方。后在此处建立钦察汗国又称金帐汗国。
公元1402年安哥拉之战（Battle ofAngora），帖木儿军队与奥斯曼土耳其军队在安哥拉（今安卡拉）附近的交战。帖木儿企图重建大蒙古帝国，不断向外扩张，征服察合台汗国全境后，于公元1399年侵入土耳其的安纳托利亚（小亚细亚中部，土耳其亚洲部分）。土耳其苏丹巴耶塞特一世为保卫都城,率军7万在东部不利于蒙军主力骑兵作战的山林地带设防。帖木儿为诱歼土军于平原，便迂回前进,从南面逼近安哥拉。土军被迫放弃预设的阵地回师驰援。1402年7月,两军在安哥拉附近交战。蒙军约15万人以逸待劳，土军经急行军而精疲力竭，交战开始便陷于被动，左翼被包抄，右翼原小亚细亚各埃米尔国的军队纷纷倒戈，土军溃败。巴耶塞特一世在逃跑中被俘，翌年死亡。帖木儿令诸埃米尔复位后率军继续西进。安哥拉一战，土军几乎全军覆没，奥斯曼帝国内部危机加深，被迫推迟了对拜占庭的扩张。
中东
窝阔台之后经过贵由的短暂统治，成吉思汗的小儿子拖雷的儿子蒙哥继位。公元1252年蒙哥派其弟旭烈兀西征。1258年，西征军攻占巴格达。1259年旭烈兀征讨叙利亚，1260年攻克大马士革。当年蒙哥在征讨南宋时于四川战死。旭烈兀回师争夺汗位，之后留下的少量蒙古军队在大马士革战败于埃及。埃及占领叙利亚全境，并使得蒙古帝国无法延伸到非洲。此处建立伊儿汗国，又称伊尔汗国或伊利汗国。
东亚
窝阔台时，1230年至1234年，蒙古灭金朝。窝阔台之后，在旭烈兀西征的同时，蒙哥于1258年率三路大军征讨南宋。1259年蒙哥在四川合州的钓鱼城久攻不下，在一次战斗中中箭而亡（一说病死）。正在攻打湖北鄂州的蒙哥的弟弟忽必烈遂班师，自称大汗。在战胜也自称大汗的弟弟阿里布哥之后，1267年忽必烈定都中都，后改称大都。1271年改国号为“元”，是为元朝的开始。1267年至1279年，经过对南宋多年的战争，南宋终于为蒙古军所灭。蒙元军队于1257年、1285年和1287年曾三度征讨越南北部的地区，即当时的大越。大越与其宿敌占婆（越南南方的印度教政权）联合击退了入侵军。1287年元军攻入缅甸北部的蒲甘王国，之后在1303年又退出该地区。蒙古军于1292年至1293年对爪哇发动的海上远征也无功而返。1274年和1281年，忽必烈两次试图征服日本，但由于台风而失败。也有研究说当时蒙古军在高丽和山东建造的舰队所用船型是内河船，所以经不起海上的风浪。日本人认为台风是天神对日本的保佑，于是有神风一说。
四大主要汗国
忽必烈迁都大都（现北京）之后，支持阿里布哥的窝阔台汗国拒绝归附忽必烈而独立。察合台汗国被忽必烈、阿里布哥等势力多次争夺。这两个汗国位于新疆、中亚一带。钦察汗国为拔都所创，位于现在的保加利亚、俄罗斯联邦的欧洲部分、北高加索、和花剌子模的一部分，罗斯诸公国为其藩属国。伊利汗国为旭烈兀所创，包括现在的高加索、伊朗、伊拉克等地。钦察汗国在忽必烈与阿里布哥争夺汗位时已事实上独立，而伊利汗国在忽必烈去世后也独立，蒙古帝国分裂，“大蒙古国”不复存在。这四大汗国虽然是原属于大蒙古帝国，但已互不隶属、各自为政，也不属于忽必烈的大元帝国，即元朝。
蒙古帝国与元朝
蒙古帝国与元朝，是容易被许多中国人混淆的、既相互联系、又有所区别的两个概念。元朝是中国的疆域，不包括蒙古帝国其它的四个汗国。
13世纪伊始，在（南）宋与金的冲突之中，北方草原的游牧民族蒙古人的力量借机壮大。公元1206年，铁木真陆续统一蒙古各部后，被推举为“成吉思汗”。成吉思汗统领的政权实体就是一个军事奴隶制国家，它当时的疆域东起大兴安岭，西至阿尔泰山，南起大沙漠，北抵贝加尔湖。蒙古汗国的建立，是蒙古人真正意义上的军事扩张的开始，此后蒙古不断向外扩张。
1209——1218年，蒙古人先后征服高昌回鹘与西辽，为其打开了挺进中亚与欧洲的门户；接着便是蒙古人的三次大规模的西征战争。三次西征奠定了这个世界性帝国的大部分版图，将现在的俄罗斯与欧洲大部、地中海东岸、两河流域、波斯与印度西北皆收入势力范围。
这些帝国的版图上，成吉思汗的儿孙统治着四大汗国。早期的四大汗国虽然是附属于蒙古大汗的“诸侯”，然而后来它们其实只是军事征服下的联合体，各自独立发展成为几个不相统属的国家。
而元朝是蒙古人在征服中原及击败南宋后建立的少数民族政权。元朝的第一个皇帝——元世祖忽必烈也是蒙古大汗的继承者，并且基本上与上述汗国保持着友好的关系。
蒙古帝国的分裂
元朝末期，蒙古贵族统治集团的统治昏庸腐朽。1351年，刘福通率白莲教教众和被征挖黄河河道的河工起事，组织“红巾军”对抗元军。1368年，农民起义军首领朱元璋率军推翻曾经盛极一时的元朝，建立明朝，将蒙古人赶出中原，塞外的蒙古政权沿用大元国号，史称北元，至15世纪初去国号。
四大汗国中，窝阔台汗国在1309年灭于察合台汗国。察合台汗国和伊儿汗国经多次分裂，最终均在1388年被帖木儿征服。钦察汗国到15世纪分裂成了几个小汗国，最终在16世纪中被沙皇伊凡四世治下的莫斯科公国全部占领。
西察合台汗国突厥化的蒙古人贵族的后裔帖木儿是成吉思汗的七世孙。他在1369年自立苏丹，征服察合台汗国和伊利汗国之后，进攻钦察汗国、印度（攻陷德里）、小亚细亚（击败奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特）。帖木儿帝国的版图，东起印度河，西到小亚细亚，北自里海，南达波斯湾。当时中国是明朝。帖木儿死后，帝国分裂，1500年亡于乌兹别克人。帖木儿的后裔巴布尔南下印度，建立莫卧儿帝国。帖木儿帝国不是蒙古帝国的一部分，但它是蒙古后裔所创，疆域大部在四大汗国的地方。
帝国的灭亡
（一）残元政权的灭亡
1368年，昙花一现的大元帝国被明太祖朱元璋领导的红巾军起义成功推翻，元顺帝妥欢帖睦尔率领着王族和所剩的军队逃到了自己祖地——蒙古高原，。逃跑的成功这得归功于从成吉思汗开始的近似于疯狂的扩张，使得蒙古帝国幅员辽阔，汗国、部落林立，而元朝的版图只算蒙古帝国的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝国的大汗，对于蒙古各大汗国和部落享有宗主权。元朝的灭亡，只是使蒙古帝国失去了占领中国的领土，而蒙古帝国依然存在。
元顺帝是元朝皇帝中少有的接触汉文化较深的一个，大都陷落仓皇北归的打击，对于他来说是极大的，虽然依然还是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去国怀乡”的忧愁，尤其是明朝军队对于他的继续打击又接连不断，更使他惶惶不可终日。终于，1370年5月23日，他怀着悲愤和郁闷，在沙拉木伦河畔的应昌去世。
元顺帝的儿子爱猷识里达腊获悉父亲去世的消息后，便在哈拉和林继位，他将残元政权又维持了八年，并砺兵秣马盼望着有朝一日重登中国皇位。然而，他非但没有机会实现这一愿望，还面临着深入到蒙古地区的明朝军队的攻击。1372年，明朝大将徐达率军攻向哈拉和林，这是蒙古黄金家族的大本营，是权力和荣耀的象征，一旦被明军攻破，蒙古帝国将彻底在世界上消失，因此，蒙古人的抵抗十分激烈，但是，被誉为“万里长城”的徐达一路上势如破竹，爱猷识里达腊几乎到了绝望地边缘。所幸，明朝的大军由于战线过长，后援不继，受阻于土拉河畔。
1378年，爱猷识里达腊去世，其子脱古思帖木儿继位，这位第三任名义上的元朝皇帝所能控制的领土已经缩小到蒙古帝国最初兴起时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无可能了。
1388年，一支10万人的明朝军队在大将蓝玉的率领下在合勒卡河和克鲁伦河之间、贝尔湖南岸大败脱古思的军队，元诸王、平章以下官员三千多人及军士七万余人被俘，脱木思帖木儿逃走后被其部将缢杀。
这次的失败使黄金家族——忽必烈家族的元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以至于大多数蒙古部落宣布脱离它而自立。1399年，分布在叶尼塞河上游沿岸的乞儿吉斯部首领贵力赤，否认了最后一任残元皇帝额勒伯克的宗主权，于1399年将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的元政权从名义上正式灭亡了，合法的蒙古帝国大汗不复存在了，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
（二）群雄纷起争汗位
元的灭亡，使明朝失去了政治上的敌人，蒙古已经成为了“边患”，而不再是前一王朝残余势力。因此，永乐皇帝对于贵力赤表示了极大的友好，承认了他对于蒙古各部的主权。但是，无能的贵力赤也并没有保持汗位有多久，便在1400年被阿苏特部首领阿鲁台和卫拉特部首领马哈木的联军打败。阿苏特部是蒙古化了的伊朗人，起源于高加索，因蒙古西征而进入中国，元朝军队中有一支由他们组成的军团。而卫拉特部是森林蒙古人中的一个强大的部落，在成吉思汗时代被称为“林木中百姓”，定居在贝加尔湖西岸。
阿鲁台和马哈木都不想成为蒙古帝国的大汗，他们希望自己的部族独立于蒙古人之外而获得明朝的承认，因此，在打败贵力赤后，便向明朝效忠，表示自己不同于其他争夺蒙古帝国汗位的部族。明朝给了他们极大的支持的支持。依靠这种支持，卫拉特部将其霸权扩张到从贝加尔湖西岸到额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区。
然而，阿苏特部和卫拉特部对于蒙古中部和东部控制都没能长久，贵力赤之子额色库重新崛起，要与阿鲁台和马哈木争夺大汗宝座，双方进行了十几年的战争，直到额色库于1425年病死。
在额色库不停的与阿鲁台和马哈木争夺最高宗主权的同时，在1403年，残元末代皇帝额勒伯克之子本雅失里复辟了自己的汗位，宣布自己为蒙古帝国的大汗。作为黄金家族的后代，本雅失里无疑要比阿苏特部和卫拉特部具有号召力，不久，包括阿鲁台在内的各蒙古部落聚集在这位正统代表者一边。而好不容易盼到忽必烈家族衰亡的明朝，对这位新一任蒙古大汗的敌视是不言而喻的，永乐皇帝下旨要本雅失里作出臣属的明确表态。但希图重现祖上功业的本雅失里怎么会向推翻自己家族在中国皇位的朱氏家族表示臣服呢？于是，永乐皇帝亲自率军进入蒙古，直抵成吉思汗故地——鄂嫩河上游平原，于1410－1411年击溃了本雅失里和阿鲁台的军队。这次失败对本雅失里来说是致命的，因为这使他丧失了作为大汗的权威。1412年，卫拉特部首领马哈木乘机将他击败，夺取了汗位。在此之前，马哈木一直与明朝永乐皇帝保持着友好关系，但这时，他已经真正成为蒙古帝国的大汗了，于是立即与明朝皇帝断交。引得永乐皇帝再次亲征蒙古，马哈木被赶到了土拉河以西。
哈斯木逃走后，大汗宝座又悬空了下来，这时，居住在兴安岭以东、满洲边境嫩江附近的科尔沁部首领阿台在1425年率部众占领了蒙古中东部地区。那个见风使舵的阿苏特部首领阿鲁台，这回又支持阿台杀死了本雅失里，拥立阿台为蒙古帝国大汗。科尔沁人是成吉思汗弟弟哈撒儿的后裔，也属于黄金家族。虽然永乐皇帝对于卫拉特的背叛不能容忍，但为了消灭黄金家族，又开始支持卫拉特部。
（三）定鼎卫拉特
永乐皇帝所贯彻的为了打倒黄金家族而扶持卫拉特势力的政策，在他死后才发生了效力。在1434至1438年间，卫拉特首领、马哈木之子脱欢率军攻进蒙古东部，杀死了帝国大汗阿台和他的重要辅臣阿鲁台，夺得了大汗宝座。虽然，黄金家族——忽必烈家族的一个王子、额勒伯克之子、本雅失里的兄弟阿占在此时被拥护正统的首领们宣布为大汗，但在事实上，蒙古的帝国已经从黄金家族——忽必烈家族转到了卫拉特——绰罗斯家族入手中。
对于明朝皇帝来说，成吉思汗的黄金家族已经完结了，草原的这些新君主是一支没有显赫历史的民族，他们在蒙古帝国的历史上既不显赫也不重要，他们不可能如黄金家族那样具有号召力。那么，蒙古人对于中原的威胁就应该自此结束了。
但是，卫拉特人并没有忘记他们继承的是蒙古帝国的汗位，虽然在表面上，他们把自己和其他蒙古人尤其是黄金家族的距离拉得很远，但他们无时无刻不在想着恢复蒙古帝国原来的疆域。
当然，在明帝国还很强大的时候，卫拉特人是不敢随便捋虎须的。因此，恢复帝国的第一刀他们向东南地区的察合台汗国砍去。脱欢的儿子额森（也先）击败了察合台汗国的卫思汗，强娶了他的妹妹哈尼木公主，因为卫思汗是黄金家族，一次强娶，使得卫拉特人认为自己有了号召所有蒙古人的血统。
额森继承其父脱欢的汗位时，蒙古帝国的疆域从巴尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又从贝加尔湖延伸到长城附近地区，象征正统的都城哈拉和林也是帝国的领土之一。1449年，他向中国公主求婚遭到悔婚，于是，额森袭击了山西北部、大同附近的中国边境。明朝英宗皇帝及太监王振前往迎战。在土木堡展开战斗。明英宗被俘。但大同和宣化的顽强抵抗，额森无法，只得带着俘虏英宗皇帝返回蒙古。
三个月以后，他卷土重来，进军至北京西北郊，但是，他遇到明朝名将于谦的抵抗，发动的各次进攻都被打退，不久明朝的各路援军赶来。他沿居庸关败退。1450年，额森决定释放英宗帝，并于1453年与中国议和，并宣布自己是中国的属臣，这一行动表明他抛弃了蒙古帝国的宗主权，把自己看成是一个独立的可汗，原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立。
1455年，额森被暗杀。额森之子阿马桑赤台吉继其父汗位，在1456入侵察合台汗国，在伊犁河附近打败了在位的羽奴思汗。而在这时，皇后哈尼木（察合台汗国卫思汗妹妹）在后方制造混乱，她的儿子亦不刺忻和也里牙思两兄弟对阿马桑赤发动叛乱，却没有成功。但经过这次内乱，卫拉特的实力严重的被削弱了。
（四）黄金家族的复辟
在卫拉特人实力削弱的时候，成吉思汗后裔们并未立即组织反攻，因为他们正在家族战争中互相残杀。1467年，成吉思汗的第27代继承人满都古勒大汗在讨伐他的侄孙和继承人博勒呼济农的一次战争中去世。而博勒呼济农在他能够称汗之前的1470年也被暗杀。一度人丁兴旺的黄金家族中，可怜地仅剩下一个5岁的男孩、博勒呼济农之子达延。达延的命运及其不幸，家族的长辈都在内讧中死去，小小的孩子孤苦无依，连他的母亲都抛下他改嫁了，这简直比成吉思汗年幼时的遭遇还要悲凉。所幸，满都古勒汗的年轻遗孀满都海赛音可敦把他置于自己的保护之下。满都海赛音可敦是一个了不起的女人，她不但抚养了达延，还在1470年宣布他为大汗。后来满都海赛音可教率领军队打败了卫拉特人，将他们彻底赶出了蒙古中东部地区。为达延汗日后的统治奠定了基础。
达延汗是蒙古帝国统治时间最长的大汗，从1470年到1543年整整73年。在1481年亲政之后，达延汗镇压了右翼土默特人、兀良哈人的叛乱。并从1497年到1505年间，他对从辽东到甘肃的明朝边境地区进行了攻击，使得明朝无法与卫拉特人联系。
1543年达延汗去世之后，他的孙子博迪继承了汗位。虽然广大的领土被达延汗的众多子孙瓜分，但从1544年到1634年蒙古帝国的汗位一直稳固的在达延汗的长支后裔察哈尔部中传承，历经博迪汗（1544－1548年）、库登汗（1548－1557年）、图们札萨克图汗（1557－1593年）、彻辰汗（1593－1604年）和林丹汗（1604－1634年）。
（五）蒙古帝国的灭亡
虽然达延汗的长期统治稳定了蒙古帝国汗位传承，但并没有克服蒙古民族的最大弱点——实行瓜分家族遗产的习惯法。当帝国的创建者死后，帝国便成了一种类似联邦式的家族国家，国内的各级首领，都是兄弟或堂兄弟，他们虽然承认察哈尔部的最高权利，但处于相当的独立状态。
随着时间的流逝，察哈尔部的汗位继承者们逐渐失去了足以统治整个蒙古的力量，西方的卫拉特人和东方兴起的通古斯人（满人）都是他们可怕的敌人。但这个时候，卫拉特人正在对付哈萨克汗国、沙皇俄国以及内部的绰罗斯家族与和硕特家族的权力争夺，因此，结束蒙古帝国历史的，只能是女真族人建立的后金帝国了。
1604年，林丹继承汗位，接受黄教沙尔巴呼图克图的灌顶戒教，称林丹库图克图汗。林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他早已看出后金对于蒙古的野心，因此上从继位始，便开始从新统一各部，自称“统领四十万众蒙古国巴图鲁青吉斯汗”。1627年派兵吞并右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，与喀尔喀部却图汗结为联盟，所辖地域东起辽东，西至甘肃。但是，次年，朵颜兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、额尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部联合组成大军十万，在土默特的召城一战中，消耗了林丹汗精锐兵力四万余人，这使得林丹汗的实力大为削弱。
努尔哈赤时，科尔沁部、扎鲁特部便在联姻之下投靠了后金。土默特、喀喇沁、兀良哈等部为了避免林丹汗的报复，也投靠了后金。1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。皇太极即位后，把林丹汗做为主要的敌人。1628年，派遣贝勒阿济格与老哈河上游受林丹汗统治的喀喇沁部会盟，共击林丹汗。9月，皇太极率军至绰洛郭尔，宴会察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部领兵前来的诸首领。林丹汗空有大汗之名，但已经陷入了孤立，被迫退出西拉木伦河流域，至归化城（今呼和浩特）固守。
1632年4月，皇太极再率大军西进，多尔衮从征。至西拉木伦河畔，会集蒙古诸部兵，共击林丹汗。面对势力远胜自己的敌军，林丹汗无奈自归化城驱人畜十万渡黄河西逃。但部众十之七八在途中散去。林丹汗逃奔青海，两年后在青海打草滩病死。明帝国和蒙古帝国争斗了两百多年，谁也没能消灭对方，最后，在相差不到10年时间内，先后被清所灭。
1635年，多尔衮与岳托等领兵万人渡河，招降林丹汗部众于额哲，林丹汗的妻子和儿子归降，交出可汗印信，整个漠南蒙古完全纳入了后金帝国的版图，蒙古帝国的汗位至此断绝，而蒙古帝国，也永远的消失了。
对后世的影响
正面的看法
蒙古帝国在鼎盛时期统治了从东亚到中亚、西亚、东欧、南亚北部、东南亚北部的前所未有的巨大帝国。蒙古军队之所到摧毁了许多当地腐朽的统治，促进了历史的进程。蒙古帝国的建立加速了东西方的经济、文化、技术交流，加速促进了多民族的融合。整个丝绸之路第一次也是最后一次被只有一个国家控制，这使得东西方的商贸往来比其他战乱时期要容易得多。在中国，元朝的建立结束了几百年来长期处于各民族政权割据混战的状态，使再次中国获得了大统一，也为现代中国的版图奠定了基础。元朝的驿站制度，形成了当今邮政的原型。
负面的看法
成吉思汗曾梦想让“蓝天之下都成为蒙古人的牧场”。在蒙古帝国的扩张中，多个城池被夷为平地。在西亚，自巴比伦时期建立的农田灌溉系统被彻底破坏，大量良田成为荒芜。
在中国，繁华的城市被毁灭，经济、文化停滞不前甚至倒退。在花剌子模旧都玉龙赤杰、巴格达、佩斯等许多城市，蒙古军队屠城，大量杀死当地百姓，有的城市甚至被多次屠城，极大地破坏了当地的生产力。
蒙古统治者把属人分为四等，蒙古人统治下的汉人、南人是贱民。曾经有法令说杀蒙古人偿命，杀回回罚银八十两，杀汉人罚交一餐头毛驴价钱。老百姓不能拥有武器，只能几家合用一把菜刀（注：此说法有争议）。征服战争直接或间接造成大量人口死亡，无数财富和许多发达的文明在战火中湮灭，战争对所涉地区的破坏是非常巨大的。
蒙古帝国和黑死病
通常认为，1346年，在蒙古军队进攻黑海港口城市卡法（又译克法，现乌克兰城市费奥多西亚）时，用抛石机将患鼠疫而死的人的尸体抛进城内。鼠疫原产中亚，其携带者是土拨鼠。在蒙古帝国之前鼠疫曾多次传入中国，所以虽然中国也曾发生过地区性鼠疫传染，但中国人也逐渐有了对鼠疫的免疫力，而欧洲人则在此之前从未接触过鼠疫。在卡法的一个热那亚商人将带病的跳蚤无意间带到意大利，于是鼠疫在欧洲广泛传播，成为令人闻之色变的黑死病，因为鼠疫患者皮下淤血、全身发黑而死。也有一种说法认为鼠疫是丝绸之路上的商人把病菌带到中东，然后又传播到欧洲的。黑死病使得中世纪的欧洲失去三分之一的人口，对人的关心的人文主义随之觉醒。欧洲人文主义文学的第一部代表作《十日谈》就是卜伽丘在黑死病泛滥最猖獗的时期写成的，描述1348年发生在意大利的可怕瘟疫。欧洲就此迎来了文艺复兴的曙光。
对各国的影响
在欧洲，由于蒙古侵略军占领多个国家，整个欧洲十分恐慌。后来有了“黄祸”一说泛指所有东亚黄种人带来的威胁时，常回溯用于蒙古帝国时期。
蒙古人在中、西亚的侵略迫使奥斯曼突厥人西迁至小亚细亚半岛,并在该地建立奥斯曼土耳其帝国。1453年，奥斯曼苏丹攻占君士坦丁堡。之后奥斯曼土耳其帝国占领了欧洲东南部和北非。这是现在在一些如阿尔巴尼亚、波黑等欧洲国家有大量穆斯林人口的原因。奥斯曼土耳其帝国在第一次世界大战之后解体，其中一部分形成现在的土耳其。蒙古帝国横跨东、中、西亚和东欧巨大的疆域。在蒙古四大汗国衰败之后，前钦察汗国属国的俄罗斯崛起并占领了从前蒙古帝国中除中国外的大部。
在朝鲜半岛，高丽王朝被蒙古帝国征服之后归依蒙古。蒙古帝国在中国被明朝推翻后亲蒙古的高丽国王派大将李成桂征明。而亲明的李成桂从鸭绿江边回兵，推翻高丽王朝，建立朝鲜王朝。
综述
综上所述，蒙古帝国的起点应为1206年孛儿只斤氏.铁木真称成吉思汗，最终终结于1635年林丹汗交出可汗印信，蒙古帝国前后共计429年，鼎盛时期领土面积达到4500万平方千米，整个东亚、中亚、北亚、西亚大部分地区，东南亚、南亚部分地区，欧洲中部和东部，以及非洲最北部都在其统治范围内。而衰亡时，领土面积仅仅限于漠南蒙古这一弹丸之地而已。
当代各国学者虽然对成吉思汗的评论各异，褒贬不一，但在两点上是一致的，都认为：成吉思汗是世界上最大的成功者，是对人类历史产生过最大影响的人。上个世纪将要结束之际，美国、日本等国发起了评选千年伟人的活动。全球颇具影响力《华盛顿邮报》发布了评选结果，列成吉思汗为“千年风云第一人”。成吉思汗留给蒙古人一种民族的自豪。成吉思汗不仅在中国历史上具有重要地位，而且也是具有世界性影响的英雄人物。西方学者称成吉思汗为“全人类的帝王”．
对中国历史的影响。成吉思汗为中国的统一打下了基础，并由他的子孙完成了统一大业。1211年，新疆各地归属蒙古版图；1247年，西藏地区成为蒙古帝国的一部分；1253年，灭大理，结束了云南地区长达500年的地方独立局面，1277年灭南宋……从此，中国出现了第四次大一统。孙中山先生说："综观历史，元朝时期远比中国最强盛时期更强大了。”成吉思汗在客观上为中国的大一统做出了贡献，可以说没有元朝就没有今日的中国版图。
蒙古帝国灭亡了东亚和西亚的许多国家，在人类历史上空前绝后的把东西方文明在版图上连在了一起，人类的全球化从蒙古帝国开始，蒙古民族在人类发展史上写下了浓重的一笔。蒙古帝国征战过程中不断吸收优秀的其他各民族将领来充实蒙古军队，尤其是大量地提拔任用回民和汉族将领。到蒙古帝国全盛时期（忽必烈灭南宋后），汉族将领的数目已经超过蒙古帝国所有将领数目的一半，中华民族几千年来积累的战争思想在蒙古帝国的征战中发挥到了极至，创造了人类战争史上的奇迹。
