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胃镜是对付胃病的，结肠镜是对付结肠和直肠疾病的，那么小肠疾病怎么办？因为小肠是消化道中最长的也是最弯曲的，所以，胃镜和结肠镜很难直接探到里面。
小肠疾病相比胃和大肠来说会少很多，很多都是出血性疾病，尽管小肠出血约只占所有胃肠道出血的5%，但最难诊断的也正是这5%。目前诊断小肠病变的方法数起来也不少，如小肠钡餐双重造影、血管造影、核素扫描、剖腹探查等，这些检查相比内镜检查不够精确，也很容易漏诊和误诊。所以，科学家们就发明了针对小肠疾病的小肠镜。小肠镜可以从口腔或者肛门进入，检查手段和胃镜、结肠镜类似。
但是小肠镜有几个缺点，就是价格昂贵，检查耗时长，由于小肠镜需在腹腔内盘绕数圈，病人难于耐受，常需在麻醉状态下进行检查，而且对检查医生的技术水平要求更高。针对这些问题，有一种更先进的内镜检查技术，就是胶囊内镜。胶囊内镜很小，大小只有1.1×2.6厘米。胶囊内镜也称无线内镜，胶囊内有电池、灯泡、摄像机、电波发射器，病人吞下胶囊后，随着胃肠蠕动从食管向胃、小肠、大肠顺序推进，摄像机自动以每秒2～3帧的图像连续拍摄，图像信号则传送到悬挂在病人腹部的传感器，并记录在数据记录仪上，它能使小肠病变一目了然。检查完毕，胶囊即随粪便排出体外，它拍出来的图像可达数万张之多，供医师分析以找出病变。胶囊内镜的优点还有可检出小肠镜不能发现的病灶。胶囊内镜属一次性用品，胶囊内的电池只发光8～12小时，难以重复使用以节约成本，目前检查一次的费用相当昂贵。另外，在有小肠道狭窄、梗阻等情况下，可能会造成梗阻等。
还有一种内镜也很特别，叫做超声内镜。这种内镜与胃肠镜最大的不同就是胃肠镜只能发现胃肠壁表面的疾病，对胃肠深层的疾病难以确诊。超生内镜就是为了这个目的而产生的，它可以通过对胃肠进行超声扫描来判断胃肠深层的疾病，对胃肠壁及其周围的肿瘤等病变的诊断有很大帮助。可以说，超声内镜不是真正意义上的消化内镜，而是超声，属于腔内超声的范畴，只是利用消化内镜，包括消化内镜技术将超声探头经由消化道送达病变附近进行超声探测而已。由于可以将超声探头紧贴病变部位进行探测，因而可获得比体外超声更细致的超声影像而可获得更准确的超声诊断。
无论胃镜、结肠镜、小肠镜还是超声内镜、胶囊内镜，都是比传统的诊断方法更为精确的诊断仪器，虽然价格稍贵，但相信再过不久这种检查手段就会普及，人们的胃肠健康也会多一分保障。
