爱华网利吉丹岛和西巴丹岛位于婆罗洲岛东北海岸的西里伯斯海，两岛相隔15.5海里。1891年6月20日，为了"确定荷兰在婆罗洲岛上的领地与处于英国保护下的岛屿上国家之间的边界"，荷兰和英国缔结了一项专约，该专约第4条规定："从北纬4°10'起，东海岸上的边界应继续向东沿着这条纬线，横穿塞巴蒂克岛：该岛位于这条纬线以北的部分应无条件的属于英国北婆罗洲公司，以南部分属于荷兰。"1969年，独立后的印度尼西亚和马来西亚就两国间的大陆架边界进行谈判，并于同年10月27日达成了两国大陆架边界的协议，但包含两个岛屿在内的婆罗洲以东的海域并没有包括在这次协议之内，也就是在这次谈判中，两国关于利吉丹岛和西巴丹岛的主权争端得到明确化（crystallized）；1991年10月，双方设立了联合工作组以研究利吉丹岛和西巴丹岛的情势，但不能得到共识，于是双方于1997年5月31日缔结了特别协议，将争端提交国际法院解决。
参加诉讼的申请。在案件书面程序中，菲律宾于2001年3月13日根据《国际法院规约》第62条向书记官处提交了要求参加诉讼的申请，但法院以14票对1票判决对该请求不予准许。[ ICJ, Case Concerning Sovereignty over Pulau Ligitan and Pulau Sipadan (Indonesia/Malaysia), Application by the Philippines for Permission to Intervene, Judgment of 23 Oct., 2001.]
双方当事国主张的根据。印度尼西亚对利吉丹岛和西巴丹岛主权主张的主要依据是英国和荷兰之间1891年6月20日的《专约》，除此之外，印度尼西亚还继承和有效占领原则：印度尼西亚在口头程序中主张，如果法院驳回其依据1891年《专约》的所有权，那么她仍然可以作为布伦干苏丹的继承人对争议岛屿拥有主权。马来西亚则主张，在由前君主苏禄苏丹最初拥有的主权经过一系列传递之后，马来西亚取得对利吉丹岛和西巴丹岛的主权；马来西亚声称，两岛主权从苏丹接连传递给西班牙、美国代表北婆罗洲岛国的英国，最后传递到马来西亚手中；她还主张，如果法院判定争议岛屿最初属于荷兰，那么她的有效占领行为无论如何也已经取代了荷兰的上述任何主权。
1891年《英荷专约》。1891年的《英荷专约》、特别是其中的第4条是印度尼西亚对两个小岛主权主张的主要根据。对于《专约》第4条的措辞，印度尼西亚认为，它并没有表明分界线在塞巴蒂克岛东海岸停止，"按照专约的措辞、上下文及其目的，专约确定北纬4°10'作为当事国在现争议地区各自领土之间的分界线······这条线必须被看做是分界线：位于北纬4°10'以北的包括岛屿在内的陆地······被认为属于英国，以南的部分则属于荷兰。"由于争议岛屿位于这条纬线以南，"因此，根据专约的规定，这些岛屿的主权归属荷兰，而现在则归属印度尼西亚。"马来西亚则声称，"横穿塞巴蒂克岛"措辞的明显和通常意义是为了"用英文和荷兰文描述一条从西海岸到东海岸横穿塞巴蒂克岛并且不再进一步延伸的线。"由于双方对应该如何解释《专约》第4条第一句中的介词"横穿"（across，英文）或"越过"（over，荷兰文）存在分歧，法院先后分别从《专约》的上下文、目的、嗣后惯例以及有关地图等四个方面对该措辞进行解释。法院最后得出结论：根据《专约》的上下文和目的，第4条确定双方当事国之间的边界至塞巴蒂克岛最东端为止，并没有确定进一步向东的任何分界线；该结论得到了《专约》准备文件及嗣后惯例的证实。
继承。在解释了《专约》第4条的措辞之后，法院转到是印度尼西亚还是马来西亚通过继承取得利吉丹岛和西巴丹岛主权的问题。法院忆及，印度尼西亚在第二轮口头程序中曾经主张，如果法院驳回其根据1891年《专约》对争议岛屿的主张，那么她作为荷兰的继承者仍然拥有荷兰通过与最初主权者布伦干苏丹（Sultan of Bulungan）的协议所获得的对岛屿的主权。马来西亚则坚持认为，在由前君主苏禄苏丹最初拥有主权经过一系列的传递之后，马来西亚取得对利吉丹岛和西巴丹岛的主权。对于印度尼西亚的主张，法院忆及，在1878年苏丹和荷兰的协议中，苏丹对岛屿的占有权被描述为"塔拉坎岛和纳努坎岛以及塞巴蒂克岛，连同其所属小岛"，经过1893年的修订，此名单涉及到这三个小岛及其周围的小岛，这与1891年《专约》使用的措辞相类似；法院进而忆及，上述"其所属小岛"措辞只能被解释为涉及到三个被提名岛屿附近的小岛，而没有涉及到距离40海里以外的岛屿，因此，法院不能采纳印度尼西亚的主张。对于马来西亚的主张，法院在考察了有关历史事实之后指出，利吉丹岛和西巴丹岛属于苏禄苏丹领地的事实从未得到肯定的确定，也没有任何所谓的后继主权者在基于条约的基础上拥有这两个岛屿的主权，因此，法院不能认定马来西亚从其被继承人英国那里集成了条约所规定的主权。
有效占领。双方都主张她们所依据的"有效占领"只是作为她们根据条约取得的权利的证明，但法院指出，由于其查明双方对利吉丹岛和西巴丹岛都没有根据条约取得的权利，因此法院将把有效占领作为一个独立的问题来考虑。为了支持其关于有效占领的论点，印度尼西亚援引了荷兰皇家海军船只在该地区的巡逻、印度尼西亚海军的活动以及印度尼西亚渔民的活动；对此，马来西亚辩称，荷兰和印度尼西亚海军的活动次数极其有限，因此不能作为支持两个岛屿权利主张的管理活动持续行使的证据，而且，印度尼西亚1960年2月18日划定领海水域外部边界的第四号法案并没有将利吉丹岛和西巴丹岛作为基点纳入其领土。对于自己的有效占领，马来西亚则列举了对捕捉海龟和收集海龟蛋的控制，马来西亚称，这是西巴丹岛多年来最重要的经济活动；马来西亚还举出了1933年在西巴丹岛建立鸟类保护区的例子，并进而指出，英属北婆罗洲殖民当局在1960年代早期在利吉丹岛和西巴丹岛上建造了灯塔，这些灯塔直到今日一直存在并得到马来西亚当局的维护。法院首先忆及常设国际法院在东格林兰案中的解决办法：有效占领"涉及两个必备的要素：作为主权行为行事的意图和意愿，以及对此种主权行为的实际行使或展示"。接着，法院根据这一办法对双方当事国所援引的有效占领进行审查。对于印度尼西亚声称的有效占领，法院首先指出，在印度尼西亚所实施的行为中，没有一项属于立法或管理行为，而且，法院不能忽视这样一个事实，即划定印度尼西亚群岛基线的第4号法令极其随附的地图都没有提到或指明利吉丹岛和西巴丹岛作为有关基点或转折点，至于她所援引的荷兰海军和印尼海军在两个岛屿周围水域的存在，法院认为，无论是从荷兰驱逐舰指挥官的报告，还是从印度尼西亚提交的任何其它与合理或印尼海军监视和巡逻活动有关的文件中，都不能推断出有关海军当局认为利吉丹岛和西巴丹岛及其周围水域属于荷兰或印尼主权之下的结论；法院最后注意到，印尼渔民等私人活动，如果不是在正式规章的基础上或根据政府授权进行的，就不能看做是主权行为。法院最后得出结论：印度尼西亚所依据的活动并未构成"以主权名义"的行为以及反映以该种名义行事的意图和意愿。对于马来西亚所声称的有效占领，法院认为，无论是为管理和控制收集海龟蛋所采取的措施，还是设立鸟类保护区，都必须被看做是对具体指明的领土在立法和行政上行使主权的行为；对于灯塔和导航设备的建造和运行，法院注意到，这一般不被认为是国家权力的展示，但法院忆及，在卡塔尔和巴林间海洋划界和领土问题案的判决中，法院陈述："巴林所援引的某些类型的活动——如钻探自流井的活动——作为行使主权的行为将被认为是有争议的，然而在另一方面，在很小的岛屿上建造导航设备可能具有法律上的关联性。在本案中，考虑到吉塔特杰拉达沙洲的面积，巴林在该岛上所开展的活动必须被看做是足以支持巴林对其提出的主权要求的。"法院认为，同样的理由也适用于本案；法院最后注意到，马来西亚以自己的名义和作为英国继承国所依据的活动，虽然在数量上有限，但它们形式多样，包含了立法、行政和准司法活动，它们也涵盖了相当长的一个时期并显示了马来西亚在管理范围更广泛的岛屿的背景下对这两个岛屿行使国家职能的意图。考虑到本案的各种情况，尤其是鉴于双方所提供的证据，法院在上述有效占领的基础上判定，马来西亚拥有对利吉丹岛和西巴丹岛的主权。
最后，法院以16票对1票作出判决：利吉丹岛和西巴丹岛的主权属于马来西亚。[ ICJ, Case Concerning Sovereignty over Pulau Ligitan and Pulau Sipadan (Indonesia/Malaysia), Judgment of 17 Dec., 2002.]
