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自南宋偏安杭州，制笔业也随之由宣州一带移往以浙江湖州为中心的江浙一带，形成新的毛笔产地。如前面提到的程奕、屠希、许頔等都是浙江、江苏的制笔名家。由宋入元，宣州地区受到战乱的严重冲击，昔日制笔业日渐凋敝，金代诗人元好问在《刘远笔》一诗中感叹说：“宣城诸葛寂无闻。”在这种形势下，宣州笔工大多星散，其中一部分迁往浙江湖州一带，也将精湛的技艺带到这一地区。湖州地区盛产长竹，清代江登云《素壶便录》载：“湖笔管出余杭县之文山。”毗邻的嘉兴地区盛产山羊，《笔史》说“羊毛，天下独出嘉兴，硖石(今浙江省海宁市)为第一”，所以湖州善琏镇一带，便逐渐兴起制笔业，因善琏镇隶属湖州，故所产之笔称为“湖笔”。善琏又名善练，市有四桥，即福善、保善、庆善、宜善，四桥联络市廛，形如束丝，故名善练。自元以后，昔日声名显赫的“宣笔”便逐渐式微，并为“湖笔”所代替，湖州成为新的制笔中心，善琏镇也就成为鼎鼎大名的“湖笔”之乡了。
随着制笔业的发展，湖州地区也出现许多技艺高超的笔工。据《西吴枝乘》记载，在元初“吴兴毛颖之技甲天下，元时冯应科者擅长，至与子昂、舜举并名，今世犹相沿尚之。其知名者曰翁氏、陆氏、张氏，皆兔毫也。”文中提到的子昂是指元代著名书画家赵孟頫，舜举是指元代著名画家钱选。冯应科的制笔声誉与赵、钱“并名”，足见其制笔技艺之卓越。据《归安县志》记载，当时把他们称为“吴兴三绝”(唐时曾改湖州为吴兴)。与赵孟頫关系深厚的张进中也是制笔高手。张曾以“一笔之工，数得持笔禁中”，他凭制笔技艺，得到宫中的认可与赏识。再有沈秀荣，元代文学家仇远曾有《赠笔工沈秀荣》诗：“近知沈子艺稀有，洗择圆齐易入手。不论兔颖与羊毛，染墨试之能耐久。”称赞他技艺高超，深谙水盆、择毛、圆齐各项工艺，不论用什么毫料，兔毫抑或羊毫，都能制出经久耐用的优质毛笔。
除此之外，元代在湖州以及江浙一带还有很多制笔名工，如范君实、许文瑶、温生以及陆文宝等人。还应注意到，元代有一位少数民族出身的学者，也是制作毛笔的专家，名叫周伯温(原名沙剌班)。他曾参与编修《辽史》、《金史》及《宋史》。他指导笔工，利用西北所产黄羊尾毫制成的毛笔，很受欢迎。
元代，除湖笔外，湘笔也很著名。湘笔原为唐代郴州笔，元代则为在现湖南省长沙市兴起的一种名笔。关于郴州笔，唐代诗人柳宗元曾有诗咏赞，在《杨尚书寄郴笔，知是小生本样，今更商榷使尽其功，辄献长句》中说：“截玉铦〔xian先〕锥作妙形，贮云含雾到南溟〔ming名〕，……桂阳卿月光辉遍，毫末应传顾兔灵。”诗中对郴笔从外形到性能都作了很好的描绘。“湘笔”在制作工艺上，不像“湖笔”分层匀扎，而是杂扎不分层，不重笔锋颖。以水毫、兼毫见长。
湖笔在元代兴起绝非偶然，是与当时文化发展分不开的。元代在文化的许多方面都有巨大成就，出现许多书法家，著名的有赵孟頫、鲜于枢、邓文原以及蒙古族书法家康里巎〔nao挠〕等。其中尤以赵孟頫的书法，后世评价最高，以为可与晋代王羲之、唐代颜真卿相媲美。元代的绘画成就更加辉煌，著名画家除赵孟頫外，还有被称为“元四家”的黄公望、王蒙、吴镇、倪瓒。书画艺术的发展自然推动了制笔业的发展，促使“湖笔”兴起与发展。
入明以后，随着社会逐渐稳定，文化艺术得到进一步发展。明代在中国书画艺术史上是一个重要的阶段，出现了一些以地区为中心的名家与流派，尤其在江南地区，鸾翔凤集，荟萃了大批书画家。明代书画艺术的繁荣，促进了文房四宝的发展，制笔业也出现了新的面貌。“湖笔”声誉日隆。明代文学家屠隆在《考槃余事》中说：“大抵海内笔工，皆不若湖之得法。”说明当时全国各地笔工不少，但技艺都达不到湖笔的水平，“湖笔”至此已取得天下众笔之冠的地位。
明代“湖笔”产地也出现了许多制笔名家。元代已经出名的陆文宝及其子陆继翁，到明代时，声望更高，名声更盛。曾棨〔qi启〕在《赠陆继翁》一诗中便记叙了陆氏父子的制笔成就，诗中说：“吴兴笔工陆文宝，制作不与常人同。自然入手造神妙，所以举世称良工。”又说：“制成进入蓬莱宫，紫花彤管飞晴虹。九重清燕发宸翰，五色绚灿皆成龙。”说明陆文宝所制之笔不仅质量优异，外观造型也极华美，曾入贡成为皇家御用之品。诗中又说道：“国初以来成绝艺，光价自此垂无穷。美哉文宝名已久，当有家法传继翁。我时得之一挥洒，落纸欲挫词伤锋。枣心兰蕊动光彩，栗尾鸡距争奇雄。”曾诗先是惋惜陆文宝已于明初去世，使他的制笔技术成为“绝艺”，继而称颂其子陆继翁继承父传，也制出极好的毛笔，尤其在“枣心”、“兰蕊”、“栗尾”、“鸡距”等品种上更是青出于蓝，达到新的水平。陆文宝父子不仅擅长制笔，也广结文人名士，吸收采纳书画家们的灼见，改进制笔技术。明代陆树声《清暑笔谈》中记载，陆文宝在与当时著名书法家杨维桢交往中，就深得“切磋之惠”。杨亦为陆著论笔书。
“吴兴笔工”施文用亦为“湖笔”翘秀，明中期曾“造笔进御”，其贡品“有细刻小标记云笔匠施阿牛”，明孝宗“鄙其名”，恶其俚俗，令改名施文用，后来，施以技高扬名。
由于绘画与书法艺术的发展，绘写工具分工也越来越细，毛笔也开始出现画笔与书笔的区分。《遵生八笺》中的《燕闲清赏笺》里就说：“余取杭人旧制笋尖笔桩最佳，后因湖州扎缚笔头为细腰葫芦样制，杭亦效之，最为可恨。初写似细，宜作小书，用后腰散，便成水笔，即为弃物。杭笔不如湖笔得法，湖笔又以张天锡为最，惜乎近无传其妙者。然画笔向以杭之张文贵首称，而张亦不妄传人……扬州之中管鼠心画笔，用以落墨白描，佳绝。水笔也妙。”由这段记叙中，我们知道当时对写字作画用笔要求各有不同，看来当时画笔以杭、扬所产为佳，其中又有区别，杭州张文贵所制画笔最好，而扬州的中管鼠心画笔“用以落墨白描，佳绝”。然而，书写还以湖笔为最好，是杭笔模仿不了的。笔种的分工与专门化，反过来也促进了书画艺术的发展。从这些也可以看出，明代制笔技艺已达到了极高水平。
明代著名笔家，湖州地区除上面介绍的陆、施等人外，尚有张天锡以及《笔史》上介绍的王古用等。江南其他地区，除“杭之张文贵”外，尚有许颖、刘节文、傅子封，以及郑伯清等。
清代制笔名家，据《笔史》上说：《朱竹垞〔cha茶〕集》赠笔工钱叟序中写道：“我朝名人诗文集中，标笔工姓名者，当复不少，予寡陋疏懒，不能遍检录出，倘有好事者为予补之则幸甚。”由此可知，清代笔家“当复不少”。但“遍检录出”工作一直未做。梁同书除录有朱彝尊提到的钱叟外，又补十几位。其中有刘必通、孙枝发。梁同书说：“今世京师散卓水笔，此二家最擅长。”梁又说：“夏岐山、沈茂才、潘岳南、王谔廷、陆锡三、姚天翼、沈秀章、王天章、陆世名，以上九人予常用其笔，歧山、岳南制尤佳。”梁同书还为已亡故的夏岐山、潘岳南写诗悼念：“曾闻笔是文章货，健锐圆齐制必良，可惜夏潘亡已久，一番抽管一悲凉。”表达自己对两位制笔良匠去世的“悲凉”、惋惜与深切怀念。
此外，清代书法理论家包世臣在《艺舟双楫》中提到笔工王永清，说他制笔精良。书中还叙述了清代湖州笔工到其他地方发展制笔业的情况。如湖州善琏镇笔工王兴源，到江苏扬州开拓制笔业等。从清初直到近代，全国各地开设笔庄的，如北京的戴月轩、贺连清、李玉田，以及前面提到的刘必通、孙枝发；上海的周虎臣、李鼎和、杨振华；苏州的贝松泉等，大都是湖州善琏镇人。湖州笔工外流到京、沪、江浙各地，将制作“湖笔”的高超技艺传播开来，从而推动了各地制笔业的发展，对文化事业的繁荣起了巨大的作用。清代也出现了一些集产、供、销为一体的笔庄。据传乾隆初年，湖州王姓笔工，在京卖笔，其时正值闱试，某举子购得其笔，竟中状元，王笔立成奇货，人人争购，遂号其笔为“一品笔”，王后在湖州建场设肆“王一品笔庄”。
“湖笔”兴起之后，宣州笔业渐趋凋敝，但仍有一些工匠，保持“宣笔”传统工艺，继续生产。据记载，至清代仍有“刘、程、崔三姓聚族各千余家，强半攻其业”(《素壶便录》)。此外，流散的宣城笔工，也有一些依附于墨业，使不少墨庄也能制作毛笔，出现了兼制与兼营毛笔的墨店。其中有些还兼营纸业，出现全面综合经营文房用具业的商家。这也是文房四宝业的新发展。
明清时代，随着经济和文化的发展，在日常活动中，毛笔已成为必不可少的文具。从而也促进了制笔业的发展。柔软圆转的羊毫笔，坚硬锐利的紫毫笔，刚柔相济的兼毫笔，坚挺锐健的狼毫笔等，各种特性应有尽有，相辅相补，各扬其长，出现了毛笔品种的完整系列，形成具有不同功能的笔种体系。
明清两代，羊毫笔盛行。以羊毫制笔虽较早，但明以前，纯羊毫笔使用很少，书写绘画多用较硬的兔毫、狼毫或兼毫。
自明代起，羊毫才真脱“颖”而出，明代文学家瞿佑在《羊毫笔》诗中称赞说：“刚柔何必吹毛问，耐久真堪作友朋。”清代乾隆皇帝以及高官显宦翁方纲、刘墉、梁同书等人皆喜使用较紫毫、狼毫柔软的羊毫笔。邹缨齐紫，上行下效，羊毫笔更加盛行。如邓石如、伊秉绶等书法家，用羊毫笔书篆、隶，婉转自如，流畅舒展，别具一番新趣。湖州盛产山羊毛，以锋颖细长，粗细均匀，柔润适宜而著称，特别宜做长锋羊毫笔。羊毫笔的流行更加促进了湖州笔业的发展，时至今日，羊毫笔仍是湖笔中主要品类，也是书画界最常用的笔种。
明清众多制笔名家不仅在笔毫上大展技艺，各显其能，在笔的外形上，也多彩多姿，有管笔、斗笔、楂〔zha扎〕笔(楂笔笔管短粗，宜书大字)等。在管料上更是各显其华，穷尽奢豪。有金管、银管、镂金管、玉管、瓷管、象牙管、犀角管、琉璃管、斑竹管、琮竹管、紫檀管、花梨管、漆木管等，真是林林总总，美不胜收。此外，在笔管的装饰上，更是巧用绘雕，精施镶嵌。使枝枝笔翰，管管毛颖，都成为精刻华饰的工艺品。藏之用之，真如怀瑾握瑜了。明清两代，以“湖笔”为代表的制笔业，确已达到了我国毛笔制作史上的巅峰。
