爱华网一般运行一个R脚本的命令如下：
R CMD BATCHscriptname.R
`R` 表示Rinterpreter，`CMD` 表示一个 R工具会被使用。一般的语法是`R CMD 命令参数`。`BATCH`支持非交互式地执行脚本命令，即程序执行时不用与我们沟通，不用运行到半路还需要我们给个参数啥的。
http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html这个网址有R命令行的语法和选项说明。
=======读懂命令行 =======
为了展示命令行是如何invoke R的，我们用两个简单的R命令，显示Rinvocation的过程中传递给它的参数。
进入R环境。（句首'>'为interpreterprefix）
>args =commandArgs()
>print(args)
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
`commandArgs()`函数返回一个数组，其中包含命令行上的参数信息。
`print()`函数打印出数组的所有元素。
也可以不进入交互式的R环境，直接创建R脚本然后执行。脚本中包含三行：
args =commandArgs()
print(args)
q()
由于你配置和路径设置的不同，R所在的目录可能不一样。此例重要的一点是你可以看到print命令的输出结果，包括数组元素的索引号和命令行的具体参数。该输出结果显示命令行参数只有一个，即R本身。如果有其他参数，则依次是第二个，第三个，第四个……参数。
请注意R数组是从1开始索引，不同于C和perl数组的从零开始。
=======测试脚本=======
在linux环境下，输入如下：（句首'>'为interpreterprefix）
>cat> printargs.R <<EOF
>args =commandArgs()
>print(args)
>q()
>EOF
这样就在printargs.R脚本中写入了三行R命令。
我们可以通过'<'符号将这个脚本传递给R执行。这样就替换了输入通道，使R的执行变成非交互式的。R会执行脚本中的命令，完成后退出。既然我们在非交互式地执行此脚本，我们需要让R知道在它退出的时候需要做什么，因为一般退出的时候R都会问我们要不要保存状态（savestate）。我们不需要为这些测试保存状态，因此加上一个`--no-save`就好。
命令如下：
>R --no-save< printargs.R
当你执行上述命令时。输出如下：
R version 2.5.0(2007-04-23)
...<welcomemessage omitted>...
> args<- commandArgs()
>print(args)
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"--no-save"
>q()
注意现在我们的命令行参数有两个，R命令以及`--no-save`参数。还要注意的是'< printargs.R'并不是参数，因为它是在R运行之前，由Shell(eg,bash)进行处理的。
默认的R输出会包括R的版本信息以及一些欢迎信息，用`--quiet`参数可以不让R输出这些东西。通常R还会在输出结果中将命令再print一遍，看起来就像是在交互式地执行一样。用'--slave'可以不让R再print一遍命令。
因此我们的新命令看起来像这样：
>R --no-save--quite --slave < printargs.R
运行结果看起来像这样：
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"--no-save"
[3]"--quiet"
[4]"--slave"
现在我们只能看到'print(args)'命令的输出结果，少了许多额外的信息。一共显示了四个参数：R本身以及我们加上的三个参数，
其实`--slave`参数通常包括了`--no-save`和`--quite`，因此实际上我们只用`--slave`就好了。
$R --slave <printargs.R
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"--slave"
这样参数就减少到两个。
======= 使用 BATCH=======
我们也可以用`R CMDBATCH`来运行此脚本。
>R CMD BATCH printargs.R
如上所述，`BATCH`使得R非交互式地运行，没有一个终端/用户用于输入输出。这意味着必须给它的输出找个地方。BATCH命令默认会创建一个输出文件，前缀和我们的脚本相同，后缀为'.Rout'。因此上述命令会生成一个`printargs.Rout`文件，内容如下：
R version 2.5.0(2007-04-23)
...<welcomemessage omitted>...
> args<- commandArgs()
>print(args)
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"-f"
[3]"printargs.R"
[4]"--restore"
[5]"--save"
[6]"--no-readline"
>q()
>proc.time()
user system elapsed
0.8610.052 0.910
值得注意的几点：
1.输出看起来就像R是交互式地运行的。
2.输出结果中的参数多了一些。
3.最后有一个运行总结，显示运行脚本花费的时间。
用`--slave`参数可以不显示题头和命令信息。
>R CMD BATCH--slave printargs.R
运行总结信息仍然会显示，要不显示，我们需要将命令中的q()改为q(runLast=FALSE)。
======= 传递参数 =======
我们用commandArgs()`函数更多地是来传递我们自己的参数。使用`--args`参数可以传递我们自己的参数，而不被R当成是自己的参数。
例如：
>R --slave--args test1 test2=no < printargs.R
输出：
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"--slave"
[3]"--args"
[4]"test1"
[5]"test2=no"
除了R自己的参数，在参数位置4和5上是我们自己的参数。如果我们不用`--args`，R会将之解释为自己的参数，并报错。
$ R --slavetest1 test2=no < printargs.R
ARGUMENT'test1' __ignored__
ARGUMENT'test2=no' __ignored__
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"--slave"
[3]"test1"
[4]"test2=no"
使用`BATCH`命令时稍有一些变化。`--argstest1 test2=no` 语句必须用双引号括起来。正确的BATCH语法为：
R CMD BATCH--slave "--args test1 test2=no" printargs.R
输出文件`printargs.Rout`看起来像这样：
[1]"/share/apps/R/R-2.5.0/gnu/lib/R/bin/exec/R"
[2]"-f"
[3]"printargs.R"
[4]"--restore"
[5]"--save"
[6]"--no-readline"
[7]"--slave"
[8]"--args"
[9]"test1"
[10]"test2=no"
特别要注意的是，`BATCH`命令有一个很严格语法：`R CMD BATCH optionsinfile[outfile]`。如果你弄混了参数，输出结果可能会把你的脚本覆盖掉。例如，如果你把命令写成了`R CMD BATCH --args test1printargs.R`，此时`--args`将被视作R自己的参数，`test1`将被视作输入文件，而'printargs.R'被视作输出文件。结果是脚本文件'printargs.R'将会被运行`test1`的输出结果覆盖掉，而`test1`又不是一个R脚本，因此输出结果是报错信息：
Error: syntaxerror, unexpected SYMBOL, expecting 'n' or ';' in "Rversion"
Executionhalted
======= 只处理我们自己的参数=======
给`commandArgs()`加上TRUE选项可以只返回我们自己的参数（跟在`--args`后面的那些。）默认是FALSE。
将我们的脚本文件改为：
args= commandArgs(TRUE)
print(args)
q()
执行R--slave --args test1 test2=no <printourargs.R后
输出如下：
[1]"test1""test2=no"
