爱华网在宗教领袖产生方式上，前者主张由穆斯林公社根据资历、威望选举产生。因而认为穆罕默德的门徒、由穆斯林公社推选的哈里法（政教合一的领袖，共四人）是合法继承人。拥护这个主张的穆斯林，即成为后来的“逊尼派”（该派把穆罕默德早期追随者的言论和事迹编成《圣训经》，称为《逊奈》。“逊尼派”的名称即由此而来），并自称“正统派”。后者主张实行世袭原则，认为穆罕默德的堂弟、女婿阿里作为合法继承人符合世袭原则，认为只有阿里是穆罕默德的合法继承人。支持这一主张的穆斯林后来被称为什叶派。什叶派认为伊斯兰社会应该由阿里及其后裔领导，否认逊尼派所拥戴的哈里法作为宗教领袖的合法性，称宗教领袖的最高领袖为伊玛姆，尊阿里为第一任伊玛姆。此后，共有12代伊玛姆，均是阿里的嫡传子孙。
在教义方面，什叶派将信奉伊玛姆作为基本信条之一，而逊尼派对此却不予承认。由于在伊马目的数目和人选上存在分歧，什叶派又分为不同支派。其中主流为十二伊玛姆派，此外还有伊斯马仪派、宰德派等非主流派。在历史上，什叶派形成了包括大阿亚图拉、阿亚图拉和霍贾特伊斯兰在内的宗教学者等级制度，这在逊尼派里是没有的。什叶派规定信徒必须追随一位宗教学者，这使得高级宗教学者具有巨大的社会影响力。
目前，全世界伊斯兰教穆斯林90%属于逊尼派，约10%属什叶派。逊尼派广泛分布在西亚、北非的大多数阿拉伯国家；什叶派则主要分布在伊朗（其中近一半在伊朗）、伊拉克、巴林和阿塞拜疆（分别占这些国家人口的大多数），在黎巴嫩、也门、土耳其、沙特、阿联酋、科威特、叙利亚、阿富汗、印度和巴基斯坦等国也有一定数量。
苏菲派（又称苏非行者或苏菲主义）是伊斯兰教神秘主义派别（或称密契主义），在逊尼派和什叶派中都有，各国穆斯林中也都有。产生于7世纪末至8世纪初，既以《古兰经》的某些经文为依据，又吸收新柏拉图主义和印度瑜伽行派等外来的宗教思想而逐渐形成。是对伊斯兰教信仰赋予隐秘奥义、奉行苦行禁欲功修方式的诸多兄弟会组织的统称。早期的苏菲是一些虔诚的穆斯林奉行以苦行禁欲为特征的个人修行方式，认为透由沉思冥想，即能直接认识并与安拉结合，他们把安拉人格化、伦理化，把敬畏之心化为对安拉无私的爱。一般穆斯林都希望死后经历最终审判之后，在后世的天堂中与真主靠近；而苏非行者们则认为在此生可以更加靠近真主。12世纪起，苏菲派在世界各地先后建立了互不隶属的教团组织，通过游方传教师将伊斯兰教传播于世界各地。
瓦哈比派是兴起于18世纪中叶的一股逊尼派支脉，也称伊斯兰复古主义、原教旨主义，是近代伊斯兰教复古主义派别，为沙特阿拉伯国教。以首倡者穆罕默德·伊本·阿布多·瓦哈比（1703－1792年）而得名。以原始的《古兰经》和圣训为其理论基础，宣传唯一神论思想，反对具有多神崇拜倾向的行为和言论。在教义上极度保守，严禁人们瞻仰圣墓以乞福，并捣毁了一些圣徒的坟墓；对日常生活中的某些习惯也加以禁止，认为有损伊斯兰信徒的德行，曾一度不准吸烟、喝咖啡。信徒主要在沙特阿拉伯和卡塔尔。他们称自己为唯一神教徒。瓦哈比教派传入中国新疆后催生了极端主义者，并成为恐怖主义的产生根源之一。
