爱华网医学理论来源于临床实践，又反过来指导临床实践，并在实践中不断得到充实和发展。蒙医药学之所以在千百年来能够为蒙古族的民族繁衍昌盛和防病治病服务，因为它不仅仅是医疗经验的积累，而且具有从实践中升华出来的一整套学术理论。在漫长的历史发展过程中，接受古代朴素的唯物注意和辨证思想，阴阳、五元学说的影响，吸收了藏医及印度医学的部分基础理论和汉医学知识，并不断的得到充实和提高，逐步形成了独特的民族医学理论体系。
传统蒙医疗法很早有以寒热来解释疾病本质的理论萌生。如古代北方民族灸（即蒙古灸），就是以热制寒的原理治疗寒症的疗法，又如传统的冷罨法和酸马奶疗法，也是以冷制热的原理治疗热症的疗法。由此把疾病的本质归纳为寒和热两大类。这是建立在人体生命活动，是在寒热平衡状态下进行的基本观点之上的，这就是蒙医学对人体生理及病理的寒热理论的起源。蒙医学在临床实践中，虽然应用阴阳、五行学说和印度的占星五元学说，但更主要的是以三体液（三根）七素理论为指导，同时强调整体观念，以此解释人体是一个复杂的矛盾统一体，人体内部各脏腑之间，脏腑与体表感觉器官之间通过黑脉与白脉的运行传导作用，互相联系，构成整体。
14世纪，印度《全光明最胜王经》被译成蒙文，其中之古代印度医学《圣心八部医法秘书》的“vayu体风素”，“pitta胆汁素”，“kapha粘液素”生理病理学说首次传播于蒙古地区，给蒙医理论的萌生以很大的影响，16世纪末叶，藏医学巨著《四部医典》及印度的《寿命吠陀（Ayur-veda八支心要集）》等经典著作以及占星五元学说传入蒙古，为古考的蒙医学基础理论的系统化创造了条件，这样，蒙医学吸收了藏医学及印度医学的以阴阳五元学说为基础的赫依、希拉、巴达干的三体液（三根）理论和七素理论及临床治以及汉医知识，结合本地区的特点和民间疗法，创造性地加以改造和发展。17世纪，蒙医学家们编写了许多医书，如依稀班觉在他编著的《甘露四部》里，专章论述了“寒症治疗”，“寒热搏症的治疗”和“寒热互相转化”等，阐明了寒热症的病理理论。并提出了“所有疾病可归纳为赫依病、希拉病、巴达干病、血病、黄水病、虫病等六种基本病症（简称六基症）”奠定了六基症理论，也就是六因辨证学说。18世纪，蒙医学已形成了以寒热理论为指导的独立理论体系。
蒙医学突出的特点是以阴阳五元学说哲学思想为指导的整体观和对六基症的辨证施治。六基症理论则把引起疾病的主要原因归纳为赫依、希拉、巴达干、血、黄水、虫等六种。把疾病的本质归为寒热两种，把发病部位归纳为脏腑、黑脉、白脉、体腔、肢体、五官（皮肤）等。
生理包括胚胎形成，三体液（三根），七素、脏腑、白脉、黑脉、五官（皮肤）系统等内容，认为人体的生命现象是一个综合性的复杂的动态过程，内而消化循环，外而视听言行，都不是孤立进行的。在三体液（三根）七素的作用下，人体脏腑之间，脏腑与体表之间的生命活动彼此协调，相互制约，维持人体内外环境的相对平衡。某一部分发生病变，就会影响到其他部分以至整体，引起平衡失调，功能障碍，出现一系列症状。因此，在治疗疾病时，对病人不仅头痛医头，而应从整体出发考虑，人和自然界也是对立统一的，人体通过感受器和外界自然环境保持着密切联系，自然环境的变化，必然对人体产生影响。在正常情况下，通过人体内部三体液的调节，使与自然环境的变化相适应，保持正常的生理功能。
病理则包括病因、疾病的外缘、发病、六基症和寒热症等内容，认为三体液之任何一方出现偏盛、偏衰或三体液与七素之间的平衡失调，相互为害，或由于某种外缘，人体内外环境的相对平衡状态受破坏，则导致发生疾病。根据这一原理去观察疾病的发生和发展趋势以及各种致病因素的性质、特点和所致病症的临床表现，疾病的过程是正（三体液七素）与邪（疾病的外缘）的相互斗争的过程。所以“扶正”与“祛邪”是使人体战胜疾病，恢复健康的重要措施。诊断是收集疾病情资料，诊察疾病的手段，包括望、问、切三诊。通过三诊所获得的病情资料是辨证论治的依据。对现症和既往病史等资料加以综合分析。去粗取精，去伪存真，使能全面认识疾病的本质，对疾病的原因、本质、部位作出正确的诊断。此外，对疾病诊断过程中还必须遵循十项注意事项。对一时难以确诊的特殊疾病要用试诊的方法进行确诊（参见相关内容）。治疗原则，即治病首先强调“治本病”的原则，要注意“求本”，“扶正祛邪”“强调三体液”以及“因人、因时、因地制宜”等几个方面。具体包括主病与三时（有关三体液的生物钟变化）相结合施治；将病的性质归纳为寒热两型施治；药物、饮食起居、外治、护理要准确地针对疾病的性质。治疗方法则在治疗原则指导下确定的治疗措施。
阴阳学说：阴阳是我国古代用以解释自然界一切事物相互对立而又统一的朴素的唯物论和自发的辨证法思想。据蒙古古代史以及许多文学艺术作品中记载，古代蒙古人称苍穹为“父天”，称大地为“母地”。这是在蒙古民族中形成阴阳概念的根源。蒙医学理论就是在对自然界有了这种认识的基础上发展起来的。可见蒙医药学历史沿革中阴阳学说成为蒙医学理论体系的重要组成部分。阴阳学说认为，世界是物质性的整体，世界本身是阴阳二气对立统一的结果，所以宇宙间的任何物质都包含着阴阳相互对立的两个方面，如白昼和黑夜、晴天与阴天、热与冷、动与静等。火与水为例，火为阳，因为火性热而上炎故属阳，水性寒而下走故属阴。再以蒙医理论三体液（三根）、七素为例，三体液为阳，七素为阴。由此可见，宇宙间的任何事物都可以概括为阴和阳两类，任何一种事物的内部又可分为阴阳两个方面，以至无穷。以上，阴阳的相互对立，依存，消长、转化等方面的关系，是阴阳学说的基本内容。这些内容不是孤立的。而是相互联系，互相影响、互为因果的。蒙医学运用阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化和探求药物性能，并广泛用于疾病的诊断和治疗以及确定治疗原则等方面。
五元学说：早在两千五百年前，古代印度朴素唯物论者认为世界并不是上帝创造，而是由某种原生物质资生、演变、发展的结果。他认为原生物质是土、水、火、气等四种。后来在以上“四大要素”之上加了物质存在、增长和运动之间的空间，即“空”便形成了五元学说，亦称天文或占星“五元学说”。天文“五元学说”很早被应用于古代印度医学。据文献记载，十四世纪初经西藏传播到蒙古地区。在蒙医学理论中，对构成人体之“三体液”、“七素”和生理、病理、诊断、治疗原则、四施（药物、外治、饮食、起居）等的解释，均以“五元学说”为理论指导。因此，五元学说成为蒙医学理论体系的纲要。
用天文“五元学说”认识和解释世界一切事物及其资生、演变、发展、终结时有以五种物质之特性、性能为依据的特点。把事物按照不同的性质、作用与形态分别归属于土、水、火、气、空。如土元素之性质为硬、强、重、以气味为主，具备味、色、感、声等五种性能，为一切物质的本基，对物质有重、稳之功能；水元素性质为湿、润，以味为主，具备感、声四种性能，对物质有滋养、湿润的功能；火元素性质为热，以色为主，具备感、声三种性能，对物质有成熟、溶解、烧灼的功能；气元素性质轻、动、以感为主，具有感、声两种性能，对物质有轻、动、发的功能；空元素性质是空虚，只有声一种性能，为物质之存在、增长、运动的空间，具有间隔的功能。
医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素内在规律相关。将其部分内容列表如下：
蒙医药学中运用五元归类理论的部分内容说明表
五元三体液五脏六腑人体组织五官五位五觉
土巴达干脾胃精骨、筋、肉等人体强健组织鼻气味嗅觉
水肾膀胱五
元
素
聚
合津液、白脉、脑髓、阴脉舌味味觉
火希拉肝胆体温、血液、阳脉、黑脉目色视觉
气赫依肺大肠呼吸、中脉、感觉皮毛感触觉
空循环心小肠外窍、脉窍、经络、孔窍各部耳声听觉
阴阳、五行学说在蒙医学生理、病理、方药及临床治疗等各方面，均成其所遵循的基本的理论基础。
五行学说：古人在生活实践中，通过对自然界的长期现实与体验，把世界上的一切事物，概括为日常生活中最熟悉而不可取少的五种物质?D?D木、火、土、金、水，即“五行”。并以五者之间的相互资生，相互制约的内在关系和规律来阐述物质世界的构成和事物的变化，这就是五行学说。五行学说传播至蒙古地区虽然为时已久，但从16世纪只在蒙医学脉诊上开始应用，因为它与蒙医学之“赫依”“希拉”“巴达干”三体液理论还不能完全结合。
蒙医药学运用五行归类的部分内容简表
五行五气脏腑脏脉腑脉四季五 方五色
木生肝胆肝脉胆脉春东青
火温心小肠心脉小肠脉夏南赤
土合脾胃脾脉胃脉四间四隅和中央黄
金分肺大肠肺脉大肠脉秋西白
水温胃膀胱精肾脉膀胱
精脉冬北黑
蒙医学把五行在脉诊中的应用：四季、五行、脏腑与脉象的相互关系，春夏秋冬及四个土旺期共为五时。即春属木，命脉为肝；夏属火，命脉为心；秋属金，命脉为肺；冬属水，命脉为肾；每季末的十八天，计七十二天则为脾土脉旺盛运行之时。从而，以五行的生克乘侮的变化规律，具体地解释人体生理和病理的现象，并指导临床诊断与治疗。
三体液学说：这是蒙医学生理和病理主要学说，据有一定的理论价值和科学研究的价值。人体赖以进行生命活动的三种能量和基本物质赫依、希拉、巴达干成为三体液（三根）。蒙医学古籍中记载：“人胚在演化过程中随其形态的变化，初成脉由其脐部分出三岔，一根上行形成脑。巴达干依属于脑，存在于身体的上部。另一根伸向中路，形成命脉，希拉依属于命脉与血，故存在于身体的中部。另一支则伸向下延伸，形成密处。赫依依属于密处，存在于身体的下部。”根据三支脉的不同走向及所在部位，把人体分成上中下三个部分，即心脏以上为巴达干部位，心至脐部为希拉部位，脐部以下为赫依部位。本学说认为人体的生命现象，都是三体液（三根）调节、平衡作用的结果。因此，三体液是生命赖以生存不可缺少的生命基本物质。
在正常情况下，三体液（三根）之间互相依存、互相制约，处于相对平衡状态，故人体功能得以正常运转。这是正常三体液的生理作用。如果三者之任何一方出现偏盛偏衰，致便平衡失调时，势必引起反常变化，导致疾病的发生。因此，三体液的功能不仅表现在正常的生理活动中，同样也表现在异常的病理变化中。总其大要，一方面三体液是维持人体生命的主要生理活性物质，另一方面，又是导致人体罹病的内在因素，故称“三弊”。三体液（三根）各有不同之特性，这些不同特性在生理病理方面也反映不同的特点。三体液（三根）各有五种类型，各寓于人体内相应的脏腑及器官，各尽其不同之职能，并相互为用，共同维持生命活动。
综上所述，三体液（三根）是人体主要矛盾的主要方面。所谓人体无病健康存在，即是指三体液处于相对平衡而言。即当它们的部位容量没有发生变化时，则表现为无病。在三体液中希拉与巴达干则形成对立的两个方面，没有希拉也就无所谓巴达干，没有巴达干也无所谓希拉，二者之任何一方，各以对立着的方面为自己存在的前提。赫依则是希拉、巴达干二体液运动的保证，对任何一方的盛衰均起到使其保持平衡的作用，故称赫依为调节之根。希拉属阳属火，是温热疾病的主要原因；而巴达干则属阴属水土，是寒性疾病的主要原因；赫依属阴阳之间属于气，与希拉相合则促热，与巴达干相合则促寒，寒热疾病均由赫依唆使。因此，平息巴达干性疾病时，宜用火元性热性药物，饮食及术疗施治；平息赫依性疾病时，宜用土元性重腻性能之药物，饮食及术疗施治；如上所述，赫依具有六种特性，希拉与巴达干各具有七种特性，故在理论上惯称为三体液（三根）的二十种特性。所谓三体液之间处于相对平衡或失调，即指其二十种特性的相对平衡或失调而言。在病理方面三体液（三根）各自显示其不同之症候。又各具五种类型及其功能，故在理论上惯称为三体液（三根）的十五种类型及其功能，这些不同之功能在生理情况下保持相互紧密相连、密切配合和协调的关系。共同负担人体的正常生理功能活动。但在各种致病因素的影响下，三体液（三根）出现偏盛偏衰，太过不及等反常状态而失去相对平衡状态时，人就产生疾病。因此，治疗一切疾病的过程实质上就是调整三体液（三根）使之趋于平衡的过程。
七素三秽学说：构成人体和维持生命活动之七种基本物质食物精华、血、肉、脂、骨、骨髓、精液统称为七要素，简称七素；三种主要排泄物粪、尿、汗称为秽。七素为人体三体液（三根）赖以生存之物质基础。由食物精华再分解产生的精华和在新陈代谢过程中由血、肉等六要素中分解产生的精华，称为滋养七精华。在人体生命活动中，滋养七精华反转来滋养着七素。以保身体发育成长。
七素分解的全过程，互相间保持着极为密切的关系，按其分解的顺序，如前者不发生病理变化，则为后者提供所需之营养，以保证其功能的正常，因此，它们是不可分割的一个整体，决不能忽视。
三秽：大便能使内脏吸收食物的养分，并排出污物、残渣等；尿能使存在于内脏的糟粕排出；汗液能使皮肤柔润，还起固表的作用等。
除此之外，蒙医基础理论还包括“人体体质特性论，热能，脉道，胚胎，脏腑，肌肉，腺体，发病，疾病的分类论”等诸多有一定的科学研究价值的基础理论学说。指导临床各门学科。
蒙药、方剂学基础理论：蒙药方剂学的理论来源同样于上述的基础理论。都是以阴阳、五行、五元学说为理论基础。主要理论为“药味、药力、药性、药能”等，方剂学理论为“药味作用配伍法，消化后的三化味作用配伍法，药物的功能配伍法”，以及传统的“平息剂型”和“传统的清消剂型”等理论，正是历代医学家根据阴阳、五元学说的理论体现所总结出来的用药规律。这是研究蒙药及方剂学的重要部分，也是研究蒙医基础理论的切入点。
常用专业术语注释：
1、赫依：相当于中医的“气”、“风”，但其作用和含义广泛。从生理上讲，它的功能主呼吸、肢体活动的动力。从病理上讲，由于内外因素的影响，使“赫依”的平衡失调，而产生各种疾病。因发病部位不同，分为头赫依，心赫依、肺赫依、胃赫依、小肠赫依、大肠赫依、肾赫依、骨赫依等疾病；与其它疾病并发，形成赫依协日、巴达干赫依、赫依血等多种病症。
2、协日：相当于中医的“火”，但其作用和含义更广泛。它在生理方面的主要功能是产生热，调节体温，消化食物。在病理方面，因协日失调，产生症状为发烧、皮肤、巩膜、颜面及小便发黄，口渴，呕吐，下泻，腹部胀满、喜凉恶热等多种症状。
3、巴达干：相当于中医的“水”、“土”，但其作用和含义更广泛。它的生理功能为辅助消化、滋生和调节体液等。巴达干失调，病理方面可引起脾、胃、肠等消化系统疾病和体液失调，若与赫依、协日、血不伍，则形成多种复杂疾病。
4、心赫依症：指主心脏活动的“赫依”失调，出现心慌气短，神志模糊，心悸烦燥，背痛，失眠。
5、白脉病：蒙医解剖学中把人体的脉络分为白脉和黑脉。白脉指神经系统，包括大脑、小脑、延脑、脊髓及神经干支。白脉病是指神经的障碍或病理损害，症状一般为口眼歪斜，四肢麻木不仁、偏废不用，拘挛僵直，瘫痪，偏瘫，意识不清，头部震颤，失语蹇言等各种体征。
6、黑脉病：黑脉病是因血、协日异常增多，功能紊乱，侵入脉道导致所患部位血管增粗、肿胀、扭曲，甚至以出血为主要表现的一种病症。
7、黄水病：蒙医认为黄水是血的糟粕进入胆囊分解为胆汁，胆汗的精华便为黄水，主要存在于肌肤及关节中。由于内外因素的影响，黄水偏盛或者偏衰则产生黄水病。出现浮肿、水肿、湿疹、关节肿胀、脏腑积水和脓疡等各种体征。“燥黄水”为蒙药的一种功能，相似于排除“黄水”之意。
8、宝日病：宝日病又称宝日巴达干症。是赫依、协日、巴达干、血与黄水相凝结而引起的综合症。分热性、寒性两种。跌打损伤所致的血赫瘀肝脏或者过食热性、酸性食物引起肝血增盛，肝血不能生化为正精，逆行入胃、小肠，形成败血，引起热性宝日病。过食不易消化食物，胃液增多导致担负产生热和消化功能的“赫依协日”之机能衰败，引起寒性宝日病。宝日病的症状为嘈杂泛酸、胸腹灼痛、消化不良，中期呕吐胆汁，后期吐烟汁色粘液和血，大便燥结，肌肉消瘦，出现肝、脾、胃、肠痞瘤，印象为胃肠溃疡等症。患有宝日病，忌吃生、辣食、醋、酱油、泡菜及不易消化的食物。
9、班木病：风驱赶坏血注于肌肤，筋腱及骨关节而发病。病初上半身疼痛，胸闷、心跳、头痛、目赤鼻衄、齿龈红肿发青出血、嘴唇变为棕褐色等。病势严重时，足部疼痛肿大。然后，膝盖、?N窝、大腿、小腿、等部位肿胀疼痛，出现黑斑，屈伸困难等各种体征。
10、亚玛病：相似于鼻窦炎。
11、黑亚玛病：相似于鼻癌。
12、隐热： 体外都是呈现寒病症状，热病潜伏在体内。
13、陈旧热 蒙医认为陈旧热有合并“赫依”陈旧热和单一性陈旧热两种，合并“赫依”陈旧热是未成型的“赫依”的成份大，对它施治过早，病上加虚热，一病平息一病又起，蓄热未息，日久成疾，单一性陈旧热是处方剂量小，疾病未治愈，积热过久，形成陈旧热。
14、骚热 骚热有尿色红、黄，气、味大；痰色红、黄，气短，口渴；全身发软、无力；汗臭；消化不良等多种症状。
15、虫病 指各种寄生虫病。
16、“赫依”血相搏相似于中医的气血不调。
17、痞瘤症 痞瘤症也称痞块。是巴达士、赫依、协日、黄水等功能紊乱、平衡失调，聚集在身体某一部分形成痞块的一种疾症。相似于现代医学中的肿瘤。
18、血症 血症是由于人体内的血异常增多或减少导致的出血贫血或以红、肿、热、痛为其主要表现，并可累及多脏器、多系统、多器官的一组疾病。相似于现代医学中的血液病。
19、粘症 粘症系粘虫侵入人体所引起，以病势剧烈，突然骚扰机体正精为特征之疾病的总称。粘为肉眼看不见的致病虫类，钻入人体后，不仅可以单独致病，并可与其它疾病，如血症、寒症、黄水症等合并为患。
20、癫狂症 是以思维能力失调，意识狂乱为特征的一种疾病。临床上可分为赫依性癫狂症、协日性癫狂症、巴达干性癫狂病、聚合性癫狂症四型。癫狂症相似于精神病。
21、妇血病 系因月经而产生的，以显示血、协日偏盛征象为特征的妇女病之总称。主要由于在月经期，尤其在产后，饮食不节，起居不当，，或乱用药物外治等，致使三根失调，影响月经，引起生殖器各种疾病。
22、妇赫依症 到妇血病后期，与赫依性疾病合并形成的一种妇科病。由于赫依亢盛而紊乱，催动病邪扩散于全身，引起头部、骨胳、心脏、肾脏、胃及小肠等脏腑、器官的赫依症。
23、腮肿 系以耳下腮部肿胀疼痛为特征的儿科常见一种传染病，即流行性腮腺炎。
24、查嗄症 发生于角膜的一种党见病。现代医学所讲的各种角膜炎属该病范畴。
25、耳鸣 发病与赫依功能失调、肾寒等有关。主要症状是耳鸣，只有波涛声与鼓鸣声等外所不到其它声音。、
26、唇疮 系中唇发红、糜烂成疮、流黄水或出血的一种唇疾。
