爱华网下载地址：http://i.cs.hku.hk/~alse/hkubrg/projects/idba_ud/idba_ud.php$ ./configure$ make
IDBA-UD - Iterative de Bruijn Graph Assembler for sequencingdata with highly uneven depth.Usage: idba_ud -r read.fa -o output_dirAllowed Options: -o, --out arg (=out) 生成文件的文件夹 -r, --read arg fasta文件(<=128) -l, --long_read arg fasta长read文件(>128) --mink arg (=20) 最小的k值 (<=124) --maxk arg (=100) 最大的k值(<=124) --step arg (=20) 每次增加的k-mer --inner_mink arg (=10) inner minimum k value --inner_step arg (=5) inner increment of k-mer --prefix arg (=3) prefix length used to build sub k-mer table --min_count arg (=2) minimum multiplicity forfiltering k-mer when building the graph --min_support arg (=1) minimum supoort in each iteration --num_threads arg (=0) number of threads --seed_kmer arg (=30) seed kmer size foralignment --min_contig arg (=200) min size of contig --similar arg (=0.95) similarity for alignment --max_mismatch arg (=3) max mismatch of error correction --min_pairs arg (=3) minimum number of pairs --no_local do not uselocal assembly --no_coverage do notiterate on coverage --no_correct do not docorrection --pre_correction perform pre-correction before assembly
CommentIDBA接受fasta格式的reads.Fastq格式可以通过fq2fa程序被转化为fasta文件$ bin/fq2fa read.fq read.fa
IDBA-SC需要将paired-endreads存在一个FastA文件中，一对reads保存在两行，如果不是，可以用fq2fa来合并两个FastQ为一个。$ bin/fq2fa --merge --filter read_1.fq read_2.fq read.faor convert a FastQ read file to FastA file.$ bin/fq2fa --paired --filter read.fq read.fa
最后输入如下命令即可：/sam/idba_ud/bin/idba_ud -rtotal.read.fa --maxk 90 --step 10 -o output_dir1--num_threads 12 --min_contig 200
ps: 1，我的50G的数据，用48G的内存，大概1天就出结果了，对这个结果还是比较满意的 2，上面的很多的参数的设置还不是太明白，一边用一边理解吧。
