爱华网第一步：双手十指相对，交叉，两个大拇指放在右手横着的食指上。药师佛的很多画像里有这个手印，手里托着药钵。两个大拇指不要挨着。放在丹田下，手心朝上，大拇指的指甲朝前，拇指尖相对但不接触。可名“承药”。保持手印数分钟，默念：“南无消灾延寿琉璃宝光药师如来”12遍。
第二步，手印不变，只是转手把手心对着下丹田的部位。两大拇指也不挨着，大拇指指甲朝上。可名“合药”。依然默念“南无消灾延寿琉璃宝光药师如来”12遍。
第三步，手印基本不变，只是，在胸前作抱拳状，两掌根接触，手印在胸前，大拇指朝上，两大拇指不挨着，两拇指指甲朝内，向着心脏方向。但手印离心脏有一尺距离，目光微微向下即可看到双手拇指指甲。先默诵“南无消灾延寿琉璃宝光药师如来”十二遍，即开始做观。
两眼微闭，盯着两个大拇指的指甲盖，通过指甲盖感受你的呼吸的节奏，感觉指甲盖也在呼吸；其次，观想两个指甲盖上有无量细小的明点在震动。我在做观时发现指甲盖上的明点非常细密，就好像针尖那么大小的明点在震动。有时候不做观，一看就能看到；接着做观，两个指甲盖，一个是日轮，一个是月轮，左手的指甲盖是日轮，右手的指甲盖是月轮，发光；再接着观想，两个大拇指发出光焰光柱，照射到虚空，虚空里有日月，大拇指的光明与虚空的日月相接。内外明彻。这个观想很重要，半眯眼，你会看到两个拇指会有光柱射出。可名“炼药”。
第四步，将这个手印不变，举过头顶，使两个大拇指朝天，拇指指甲朝后，大拇指的光明冲天，与虚空日月相连。内外之光照亮无量法界无量众生，无量众生离苦得乐。可名“施药”。
第五步，把手印降到胸部，降到下丹田。回复到起始的手印状态。感受无量的光明也随着手印的降落也进入了身体里。整个过程里手印基本不变，只是有一点微妙的变化。
默念：“身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月，幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。”
完成药师法门的修持。静坐时可能会自然出现一些景象，不喜不厌，不动心，只是觉察。我在做这个手印时，会自然出现一些图像，蓝天白云，绿树成荫。对这些景象只是觉察。不出现图像，就一心做观。
这里有个密意：基本手印变化一下就会有妙用。两个大拇指的指甲观想成日月，观想大拇指的光明与虚空日月结合。大拇指象征大愿力，而日月和日月光，象征药师佛的两个侍者月光菩萨和日光菩萨。观想大拇指的指甲盖，感受指甲盖在呼吸，观想指甲盖的明点是修法里“健康道”密意。身体健康与否，看看指甲就知道。指甲与身体健康，与骨骼、肾脏相关。我因踩冰摔倒受伤后，就如此做观，很快感受到了指甲的呼吸，看到两个指甲如针尖一样密密麻麻震动的明点，看到了两个拇指的光柱之后，身体的伤痛立马化解。密宗一些大成就者能虹化，但会留下指甲和头发，指甲不容易化光化气，观修此法，非常重要。
修药师法门还有个好处，初修佛道者不遇鬼魂阴灵的干扰。佛陀讲药师佛功德，文殊菩萨听后说：“若此经宝流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处无复横死；亦复不为诸恶鬼神夺其精气，设已夺者，还得如故，身心安乐。”
