爱华网孤岛危机2将不同于原作，原作中调查了神秘的陨石后，最后美军舰队被全数击沉，主角诺曼携科学家海伦娜逃离之后，外星人入侵了世界的各个地点，并极大的改变了环境，幸存的人类不得不联手起来对抗入侵者。
孤岛危机2的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet(Crynet是由哈格瑞夫带领的人为研究奈米生化装的公司)出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激，画面更加清晰真实。
孤岛危机2的主角变为了阿卡特兹，一位海军陆战队员，在与CEPH(入侵地球的外星种族)的战斗中，他被前作中生化装特种部队的队长普费(先知)救起，普费在自尽前留下了生化装给阿卡特兹，阿卡特兹穿上生化装，开始与CEPH和C.E.L.L作战。
《孤岛危机2》在游戏内容上与一代也有很大变化，已经从秘密的丛林作战转向了公开、大规模的现城市战争。故事发生在距一代3年后的2023年。外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，人口锐减，玩家将要进行捍卫地球的末日战争。
背景剧情讲，千万年前，地球上的章鱼进化了，成为了地球上第一个出现的智慧种族，等章鱼们的发展出太空科技后，不知什么原因全种族就离开地球了，只在地球上留守下了一个基地，和一个通讯站，并且封闭，留守人员也进入沉睡，为将来的回归做准备。
NNN年后，猴子进化成了人类。一直到20世纪初的时候，有个叫桀可布·哈格瑞夫的人发现了这个秘密(就是2代里的白发老头。)，并且发现当初章鱼留下的那个基地其实就在美国纽约地下。于是他成立了CRYNET公司，开始研究章鱼科技，50年后，因为寿命原因，他利用章鱼科技将自己的身体冰冻，将意识和电脑联接以继续研究与控制公司的运作。终于在100年后研制出了结合章鱼和人类科技的“生化装”。
生化装具有半生物半机械的特性。可以大幅度增加装备者的各项能力。且理论上其生物科技可以使生化装真正的融入人体，修复身体组织，使其不再是一件衣服，而是变成“皮肤，内脏，骨骼”成为人体的一部分。某种意义上来说，就是使人类进化。他认为只有人类获得这样的进化，才能在将来在章鱼有可能回归的情况下赢得生存空间，并且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰败的身体可以通过穿上生化装后得到进化和修复，得以再次活过来。可惜因为章鱼基地是被封闭的，人类科技无法打开，他得到的技术和样本非常的少，不足以使生化装达到完美。只有最基本的功能，高端功能虽然预留了接口，但是缺少“硬件”而无法使用。
终于在2023年的时候，太平洋上的灵山岛上突然出现了章鱼的通讯信号，一直没有被发现的章鱼通讯站被激活了，哈格瑞夫第一时间就发现了这个情况。于是他认为机会和危机同时都到了，机会是，终于可以获得完整的资料来完善生化装了。但是同时通讯站的恢复，也说明章鱼快要回归了。于是他把生化装支援了美国军方，并让自己的特工Prophet(普费)混入了军方探查灵山岛的任务，其目的是为了进入基地取得样本和资料。(接下来就是1代的剧情了，至于朝鲜怎么会有生化装的，就看游戏公司怎么圆这个故事了，我敢打赌，他们做一代的时候根本就没有考虑到二代的剧情。)
普费在灵山岛进入了章鱼的通讯站后虽然取得了部分样本，但是却感染了章鱼时代的病毒孢子，其实这种孢子并不是章鱼的生物武器，就像哥伦布发现新大陆后，首先给本地土著带去的不是贸易，也不是战争，而是剧烈的疾病一样。人类的生态从没有接触过这种病毒，所以完全没有抵抗力，也没有产生抗体的的时间。
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普费通过章鱼通讯站和基地之间的链接通道，直接从海底回到了纽约。回归后的普费去质问哈格瑞夫关于其隐瞒了的病毒的情况，而哈格瑞夫却以“牺牲是必要的”论点来回应。普费怒而出走。并找到了另一个科学家“古德”继续对生化装中的章鱼技术，和病毒进行研究，以期找到对抗病毒和章鱼的方法。不久，纽约地下的基地也开始复苏，全球气候受到能量的异常而变得恶劣。3年后章鱼人破土而出，同时带出了病毒大规模感染了纽约的人类。也许章鱼认为人类是在自己睡着的时候霸占了家园的垃圾。于是战争爆发。(接2代剧情)
普费因为感染达到极限，将生化装交给了主角，同时为了断开和纳米服的意识链接而自杀。(其实突变进化了的生化装已经将普费的思想融入了自己的计算机，在生化装被进一步完善的过程中被一点一点的激活。)而2代一开始，哈格瑞夫为了复活自己，需要得到普费身上那套进入过章鱼基地被完善过的生化装，而不停的追杀主角，然后又欺骗主角自投罗网。在最后全部失败后，大彻大悟。将最后一部分完善生化装的基因交给了主角，注射基因后，主角成为反章鱼用人形毒气弹。进入章鱼的设施改变了孢子病毒的基因，使其对人类无害，反而成为章鱼的剧毒。并且释放出来。最终地球上留守的章鱼人灭绝了。
媒体评分《孤岛危机2[8]》已经上市，各大媒体都纷纷给出了该作的评分，真可谓一路好评，IGN更是给出了9.0的领头高分。再看IGN各项都给出了9分以上的好评，以画面闻名的《孤岛危机》系列，这次在画面上也获得了难得的9.5高分，不过我们不知道IGN是否满足它在PC平台上的表现水平。
各项点评内容
整体感觉9.0分：《孤岛危机2》将它所有的交互功能糅合进了简洁完美地令人沉浸的游戏内解决方案。虽说故事剧情有漏洞，但整体还是相当饱满，引人入胜。
画面表现9.5分：《孤岛危机2》Xbox360版已荣登主机平台最棒的画面效果。动画表现非常逼真，特效华丽，不过光照表现才是这场演出的亮点。
声效表现9.5分：非常出色的音效表现，由广泛赞誉的制作人(汉斯季莫)打造的交响乐原声是我迄今在游戏作品里听到的最好的。
上手体验9.0分：《孤岛危机》呈现了独特的游戏玩法，强调以精巧的方法对战智能AI-当它凑效时，玩起来相当美妙。
耐玩性9.5分：战役模式大概持续11小时，通关解锁newgame+。掌控玩耍多人模式，《孤岛危机2》会让你沉浸好一阵子。
总评：9.0分
最后点评：
《孤岛危机2》对它的开发商来说任重道远。PC玩家希望拥有全新的硬件杀手游戏来展示他们的硬件系统，主机玩家也拥有了“迄今画面最好的游戏。”在一波接一波的现代战争主题游戏下，《孤岛危机》的Fans忧虑系列登陆主机会导致越发局限，简化的游戏体验。
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