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蘑菇菌种的优劣，是栽培成败的关键，因此制备优质菌种是蘑菇高产栽培的首要环节。
蘑菇栽培种目前常用的培养基有麦粒培养基、棉籽壳培养基，部分地区仍保留有粪草培养基。下面主要介绍麦粒菌种生产的方法。
小麦营养丰富，用其制作菌种，菌丝浓密健壮，播种后发菌快，生活力强，不易衰老退化，抗逆性强，产量高，且播种方便，播种量少，适合于大规模生产。目前蘑菇栽培已多采用麦粒菌种。麦粒菌种多采取高压灭菌制作，但也有部分地方采取常压灭菌制作。
1原料配比 小麦100kg，石膏1kg，生石灰1kg，辅料10％～20%。
2技术流程 麦粒浸泡—→捞出控水—→再浸泡—→蒸（煮）麦粒—→拌辅料—→装瓶—→封口—→灭菌—→冷却—→接种—→培养。
2.1 浸泡:麦粒倒入盛有2%～3%的石灰水（pH≥9）上清液中浸泡。浸泡至麦粒变软。时间随水温不同而不同。一般水温20℃左右约15h。低于16℃一昼夜。
2.2 捞出控水:从石灰水中捞出麦粒在草席等物上摊晾时注意不要让麦粒因风吹,日晒而失水。其目的是让吸水后的小麦进行萌发活动,促进内部物质转化,如淀粉转化成单糖或双糖。
2.3 再浸泡:仍于2%～3%的石灰水中,目的是让麦粒再充分吸水,时间一般12h左右(20℃水
温)。水温不同可适当调整。石灰水浸泡一方面可防高温时长久浸泡引起酸化,另一方面能杀死一部分因浸泡而活动的有害菌。
2.4 蒸（煮）麦粒 将麦粒捞出后装入蒸笼，用热蒸汽在100℃下蒸1h。麦粒蒸后稍加摊晾，除去表面多余水分，麦粒含水量为50%一52 % 。煮麦粒时将麦粒捞出后放入锅中加水煮沸20～25min，以煮至捏开麦粒时里面没有“白心”为度，切忌煮过熟使麦粒表皮破裂。
2.5 拌辅料:将蒸（煮）好的麦粒晾干过多的水份后加入总料量1%的石膏及1%生石灰粉,借助于麦粒表面附着的水份将石膏及碳酸钙与麦粒充分混匀。然后将麦粒总干重10～15%的辅料（干重）与麦粒拌匀即可。辅料则需先按料：水＝1：1.2～1.3调湿后再拌入。
2.6 装料:拌好辅料的麦粒装于洗净控干的菌种瓶,装时不宜过满,料面盖约1cm厚一层的辅料，辅料用量约为辅料总量的3～5%，盖过辅料的料面需要适当压紧。在麦粒菌种最上层装一层辅料称作封口料。接种时菌种首先落在封口料上，菌种萌发早并能很快布满料面，有效提高菌种的成功率。封口料应提前堆制，其堆制方法是将牛粪与棉籽壳混合发酵10d左右即可。辅料配方：牛粪50%，棉籽壳44%，硝酸磷肥2%，生石灰2%，石膏2%等。另添加微肥磷酸二氢钾2‰，硫酸亚铁1‰等。
装瓶后瓶口处内壁应擦干净。外壁最好用清水洗干净。
2.7 封口、灭菌：封口用棉塞，松紧要适中,外包以牛皮纸或两层报纸。经1.37200×105pa(约126℃) 2.5～3h高压灭菌。
2.8 冷却、接种、培养:灭菌后将菌种瓶搬入接种室内进行冷却，待瓶内料温降至常温时就可接种，一般冷却12～24h接种最好。灭菌后的菌种要自然冷却至30℃以下才能接种,并且最好在短期内完成接种。实践证明放置时间长会导致菌种吃料时间变长。接种要严格按无菌操作进行。接种时先将待接种的母种、原种、原种（栽培种）料瓶及接种用具等放入接种箱内，按每立方米用福尔马林10ml,加高锰酸钾7g进行密闭熏蒸消毒30分钟后开始接种。接种时要严格按照无菌操作规程，先用75%酒精擦手，然后伸入无菌箱内，无菌条件下将母种（原种）迅速移接到栽培种培养基上。一般每瓶原种可扩接25～30瓶栽培种。接种后的栽培种，应立即放在培养室进行培养，室内空气相对湿度宜70％左右，室温一般保持22℃～25℃。若在高温季节制种，则要千方百计做好降温工作。菌种培养期间要加强管理，及时检查，一般2～3d后接种块菌丝即可恢复生长并逐渐向纵深延伸，接种一周后，要全面检查一次，如有定植不好或杂菌污染的瓶子，要及时拣出淘汰。一般经25～30d的培养，菌丝即可长到瓶底。
3.优质菌种的标准
培养好的双抱菇菌种，要尽早使用。以免老化。若一时不用，应在5～7℃下保存，以延缓其衰老。
优质菌种标准:瓶内菌丝体洁白。有光泽，生长一致，分布浓密，茸毛状菌丝多，索状菌丝少，无菌丝团，拔起棉塞有蘑菇香味。
